Please use this identifier to cite or link to this item: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/42615
Title: การระบุชนิดและการหารหัสดีเอ็นเอของซิลิเอตที่พบในทรายชายฝั่งทะเล ที่หาดลูกลม เกาะแสมสาร จังหวัดชลบุรี
Other Titles: IDENTIFICATION AND DNA BARCODING OF MARINE INTERSTITIAL CILIATES AT LOOK-LOM BEACH, SAMAESARN ISLAND, CHONBURI PROVINCE
Authors: สุชา เฉยศิริ
Advisors: ชิดชัย จันทร์ตั้งสี
Other author: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
Advisor's Email: chantangsi01@hotmail.com
Subjects: แพลงค์ตอนสัตว์ทะเล -- ไทย -- ชลบุรี
ความหลากหลายทางชีวภาพทางทะเล -- ไทย -- ชลบุรี
การพิสูจน์ดีเอ็นเอ -- ไทย -- ชลบุรี
Marine zooplankton -- Thailand -- Chonburi
Marine biodiversity -- Thailand -- Chonburi
Issue Date: 2556
Publisher: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract: ซิลิเอตน้ำเค็มที่อาศัยอยู่ในช่องว่างระหว่างเม็ดทรายเป็นกลุ่มของยูคาริโอตขนาดเล็ก ซึ่งเป็นองค์ประกอบที่สำคัญของสังคมสิ่งมีชีวิตตามพื้นท้องน้ำ โดยแสดงบทบาทในการหมุนเวียนสารอาหารและในการควบคุมประชากรของแบคทีเรียและเชื้อรา แม้จะมีความสำคัญถึงเพียงนี้ ความหลากหลายของซิลิเอตเหล่านี้กลับมีการศึกษาไม่มากนักเมื่อเทียบกับการศึกษาซิลิเอตที่อาศัยอยู่ในแหล่งน้ำจืด และที่ดำรงชีวิตเป็นแพลงก์ตอน ยิ่งไปกว่านี้ความถูกต้องในการระบุชนิดของโพรทิสต์กลุ่มนี้บางครั้งทำได้ยากและบ่อยครั้งต้องอาศัยผู้เชี่ยวชาญ จากการใช้ข้อมูลร่วมกันทั้งในทางสัณฐานวิทยาและอณูชีววิทยาเพื่อศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพของซิลิเอตน้ำเค็มระหว่างเม็ดทราย โดยเก็บตัวอย่างทรายในช่วงเดือนกันยายน 2554 ถึง เดือนกรกฎาคม 2555 จากหาดลูกลม เกาะแสมสาร โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ 1) หาช่วงลำดับดีเอ็นเอสายสั้น ๆ หรือดีเอ็นเอบาร์โค้ดเพื่อใช้ในการระบุชนิดของซิลิเอตทะเลบริเวณหาดลูกลม และ 2) ประเมินความเป็นไปได้ในการใช้ช่วงรหัสดีเอ็นเอบาร์โค้ดในการระบุชนิดของซิลิเอต พื้นทรายชายฝั่งทะเลที่พบได้โดยทั่วไป จากการศึกษาภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง พบซิลิเอตจำนวน 61 ชนิด 29 สกุล ในจำนวนนี้พบซิลิเอตกลุ่ม trachelocercid มากที่สุดถึง 13 ชนิด และมี ซิลิเอตจำนวน 12 สกุล 13 ชนิด ที่พบรายงานเป็นครั้งแรกของประเทศไทย แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตหน้าดินขนาดเล็กที่ยังไม่ได้รับการสำรวจ การเพิ่มจำนวนและการหาลำดับ นิวคลีโอไทด์ของไรโบโซมอลดีเอ็นเอที่ครอบคลุม ยีน 18S, ช่วงลำดับ ITS1, ยีน 5.8S, ช่วงลำดับ ITS2 และส่วนต้นของยีน 28S rDNA ได้ผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอขนาดประมาณ 2,900-3,600 คู่เบส จำนวนทั้งหมด 33 สาย จากเซลล์ตัวอย่าง 20 ชนิด ใน 12 สกุล โดยเมื่อนำลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้ทั้งสายไปวิเคราะห์เพื่อหาช่วงที่เหมาะสมที่สุดที่จะใช้เป็นดีเอ็นเอบาร์โค้ดสำหรับการระบุชนิดสิ่งมีชีวิตที่ศึกษา พบว่าจาก ซิลิเอตจำนวนทั้งหมด 12 สกุล มี 9 สกุล ที่สามารถระบุชนิดได้ถูกต้องด้วยการใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาดประมาณ 500-600 คู่เบส ในบริเวณยีน 18S ขณะที่อีก 3 สกุล สามารถระบุชนิดได้ถูกต้องด้วยการใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาดประมาณ 500-600 คู่เบส ในบริเวณ ITS1, 5.8S, ITS2 และบางส่วนของ 28S จากการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของดีเอ็นเอบาร์โค้ดที่เสนอ พบค่าความห่างระหว่างชนิดเฉลี่ยสูงอยู่ในช่วง 1.31-15.98% และภายในชนิดต่ำอยู่ช่วง 0.00-3.91% แสดงให้เห็นว่าดีเอ็นเอบาร์โค้ดในช่วง 500-600 คู่เบส มีประโยชน์สามารถใช้ในการระบุชนิดของสิ่งมีชีวิตที่ศึกษาได้ การศึกษาครั้งนี้ ไม่เพียงแต่เป็นการริเริ่มนำข้อมูลทางอณูชีววิทยามาประยุกต์ใช้ในการระบุชนิดทางอนุกรมวิธานของ ซิลิเอตตามพื้นทรายใต้ท้องทะเล แต่ยังชี้ให้เห็นถึงความต้องการของการสำรวจในเชิงลึกและวงกว้างของความหลากหลายทางชีวภาพของโพรทิสต์ตามพื้นน้ำใต้ท้องทะลในประเทศไทยอีกด้วย
Other Abstract: Marine interstitial ciliates are a group of microeukaryotes constituting one of major components of benthic communities and playing crucial roles in nutrient cycling and regulation of bacterial and fungal populations. Given their importance, diversity of these ciliates has been less well explored comparing to freshwater and planktonic ones. In addition, accurate species-level identification of this particular group of protists is sometimes difficult and often requires help of experts. Using combined morphological and molecular data, biodiversity of marine interstitial ciliates in sand sediments collected during September 2011 to July 2012 from Look-Lom Beach, Samaesarn Island was investigated in order to 1) find a short DNA sequence or DNA barcode for determining species of ciliates dwelling in this beach and 2) evaluate the feasibility of using the DNA barcoding approach in identifying marine benthic ciliates in general. Sixty one morphospecies belonging to 29 genera were documented using light microscopy. Trachelocercid ciliates were the most abundant group and 13 morphospecies of them were recorded. Of all identified, 12 genera and 13 species, were reported for the first time in Thailand, suggesting unexplored diversity of the meiofaunal ciliates. Amplification and sequencing of ribosomal DNA, covering 18S, ITS1, 5.8S, ITS2, and partial part of 28S rDNA, giving the amplicons of about 2,900-3,600 bp were conducted for individually isolated cells of the examined 20 morphospecies from 12 genera. A total of 33 sequences were obtained and their full-length nucleotide compositions were analyzed to determine the most suitable portion as a DNA barcode for identifying species of marine interstitial ciliates studied. Of all 12 examined, nine could be identified correctly using a 500-600 bp fragment of the 18S rDNA sequences while the remaining three could be diagnosed accurately with the 500-600 bp portion comprising the ITS1, 5.8S, ITS2, and partial part of the 28S rDNA. Nucleotide sequence analysis of the proposed regions demonstrated high mean interspecific sequence divergences of 1.31-15.98% and low mean intraspecific ones of 0.00-3.91%, indicating the 500-600 bp barcoding regions of rDNA sequences as useful molecular signatures for distinguishing species of the studied taxa. This study not only pioneers the application of molecular tools in taxonomic identification of marine benthic interstitial ciliates but also provides the first comprehensive data on their biodiversity and underpins the need for more intensive and extensive investigations into biodiversity of marine benthic protists in Thailand.
Description: วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2556
Degree Name: วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต
Degree Level: ปริญญาโท
Degree Discipline: สัตววิทยา
URI: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/42615
URI: http://doi.org/10.14457/CU.the.2013.91
metadata.dc.identifier.DOI: 10.14457/CU.the.2013.91
Type: Thesis
Appears in Collections:Sci - Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
5372362723.pdf11.6 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.