Please use this identifier to cite or link to this item: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/8710
Title: การคัดแยกเชื้อและการวิเคราะห์บน 16 เอส ไรโบโซมัล ดีเอ็นเอของเชื้อคลอสทริเดียมที่สามารถผลิตอะซีโตน บิวทานอล และเอทานอล : รายงานวิจัย
Other Titles: Screening and 16S ribosomal DNA sequence analysis of clostridium producing acetone butanol and ethanol
Authors: วรวุฒิ จุฬาลักษณานุกูล
Email: Warawut.C@Chula.ac.th
Other author: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
Subjects: คลอสตริเดียม
บิวทานอล
เอทานอล
แบคทีเรียแกรมบวก
Issue Date: 2549
Publisher: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract: แบคทีเรียสกุลคลอสทริเดียม เป็นแบคทีเรียแอนแอโรบส์ (Anaerobes) แกรมบวก (Gram positive) ลักษณะเป็นรูปท่อน (Rod shape) สามารถสร้างสปอร์ได้ในสภาวะที่ไม่มีอากาศ ปัญหาสำคัญที่เกิดขึ้นคือการจัดจำแนกชนิดของแบคทีเรียในกลุ่มนี้ค่อนข้างยาก งานวิจัยนี้จึงใช้ลำดับเบสบน 16 เอส ไรโบโซมัล ดีเอ็นเอ เพื่อวิเคราะห์และเปรียบเทียบแบคทีเรียสกุลคลอสทริเดียมที่คัดแยกได้ กับฐานข้อมูลที่ได้มีการศึกษามาแล้ว โดยเริ่มจากการคัดแยกแบคทีเรีย ทดสอบความสามารถในการย่อยเซลลูโลส ทดสอบความสามารถในการเปลี่ยนซัลไฟต์เป็นซัลไฟด์ การสร้างเอ็นโดสปอร์ จากนั้นทำการสกัดดีเอ็นเอด้วยวิธีต้มเดือด เพิ่มปริมาณ 16 เอส ไรโบโซมัล ดีเอ็นเอ ด้วยวิธีการพีซีอาร์ หาลำดับเบส และนำข้อมูลที่ได้มาวิเคราะห์และเปรียบเทียบด้วยโปรแกรม blastn แล้วนำคลอสทริเดียมมาวิเคราะห์ปริมาณสารละลายที่เกิดขึ้นจากการหมักโดยวิธีแก๊สโครมาโทกราฟี ผลการวิจัยพบว่าไอโซเลต DECO-THA DECOM-PA DECOM-PE MIX-P2 และ SCTHAมีเปอร์เซ็นต์ความคล้ายคลึง (%identities) กับ Clostridium diolis strain DSM 5431 เท่ากับ 98 98 99 99 และ 99 ตามลำดับ และ DECOM-PB กับ FEA-PC มีเปอร์เซ็นต์ความคล้ายคลึงกับClostridium sp. Kas106-4 เท่ากับ 99 ซึ่งทั้ง 7 ไอโซเลต มีความสามารถในการย่อยเซลลูโลสและสร้างเอ็นโดสปอร์ แต่ DECOM-PB กับ SC-THA ไม่พบความสามารถในการเปลี่ยนซัลไฟต์เป็นซัลไฟด์ และจากการวิเคราะห์ตัวทำละลายอินทรีย์และกรดอินทรีย์ที่เกิดขึ้นในอาหารที่เลี้ยงเชื้อไว้ 96 ชั่วโมง พบว่าอาหารที่ใส่กลูโคสเป็นแหล่งคาร์บอน ทั้ง 7 ไอโซเลตผลิต เอทานอล อะซีโตน บิวทานอล และกรดบิวทิริค ส่วนอาหารที่ใส่เซลลูโลสเป็นแหล่งคาร์บอนพบว่า DECO-THADECOM-PA DECOM-PB และ DECOM-PE ผลิตเอทานอล FEA-PC MIX-P2 และ SC-THA ผลิตเอทานอลและบิวทานอล จากงานวิจัยนี้สรุปได้ว่า การวิเคราะห์บน 16 เอส ไรโบโซมัล ดีเอ็นเอของคลอสทริเดียม ได้ผลที่น่าเชื่อถือ สะดวกและรวดเร็วมากกว่าการจัดจำแนกโดยลักษณะทางสัณฐานวิทยา
Other Abstract: The clostridia are rod-shape anaerobes, Gram positive, spore-forming bacteria.However, there is a problem with the identification of the Clostridium which is hard to identify. Thus, this project uses the sequences of 16S ribosomal DNA to analyze screened Clostridia with the database because this method is comfortable and reliable.First, Clostridia were screened by selective medium and then tested the abilities to reduce sulfite and to form the endospore. Next, DNA were extracted by boiling assay and amplified by PCR (Polymerase chain reaction), and 16S rDNA were sequenced and analyzed by program blastn. Acid and solvent productions by Clostridium were analyzed by gas chromatrography. There are 5 isolates: DECO-THA, DECOM-PA, DECOM-PE, MIX-P2 and SC-THA, which similar to Clostridium diolis strain DSM 5431 and the %identities are 98, 98, 99, 99 and 99 respectively. DECOM-PB and FEA-PC are similar to Clostridium sp. Kas106-4 and the %identities are 99. All of 7 isolates can use cellulose and form the endospore. Only DECOM-PB and SC-THA can’t reduce sulfite. The acid and solvent productions in the broth incubated with Clostridium for 96 hrs were analyzed. All of 7 isolates in the medium which has glucose as carbon source produce ethanol, acetone, butanol and butyric acid. In the medium which has cellulose as carbon source, DECO-THA, DECOM-PA, DECOM-PB and DECOM-PE produce ethanol and FEA-PC, MIX-P2 and SC-THA produce ethanol and butanol. According to this project, the conclusion is the identification of Clostridium by 16S ribosomal DNA sequence analysis is more trustworthy and comfortable than the morphological analysis.
URI: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/8710
Type: Technical Report
Appears in Collections:Sci - Research Reports

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Warawut_scr.pdf914.46 kBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.