Please use this identifier to cite or link to this item: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/16154
Title: เครื่องมือค้นหาโปรตีนที่ทำหน้าที่คล้ายคลึงกันด้วยวิธีการจัดเรียงกลุ่มอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำแบบค้นหาเฉพาะส่วน
Other Titles: Protein homology search tool through hydrophobic cluster alignment with local search
Authors: ชนินท์ จันมา
Advisors: ประภาส จงสถิตย์วัฒนา
รัฐ พิชญางกูร
Other author: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิศวกรรมศาสตร์
Advisor's Email: Prabhas.C@chula.ac.th
rath.p@chula.ac.th
Subjects: โปรตีน
ลำดับกรดอะมิโน
Issue Date: 2552
Publisher: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract: เทคนิคการเปรียบเทียบความคล้ายคลึงกันในปัจจุบัน ซึ่งใช้การจัดเรียงกรดอะมิโนในลักษณะ 1 มิตินั้นมีข้อจำกัดและมีความผิดพลาดเมื่อนำมาใช้เปรียบเทียบจัดเรียงลำดับกรดอะมิโนที่มีค่าความเหมือนต่ำแม้ว่าลำดับกรดอะมิโนนั้นจะมีหน้าที่การทำงานเหมือนกัน จึงมีการนำเทคนิคการวิเคราะห์กลุ่มกรดอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำในลักษณะ 2 มิติ มาใช้ ในการทำนายลักษณะโครงสร้างและหน้าที่การทำงานของโปรตีน ในงานวิจัยชิ้นนี้ได้นำเสนอเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเครื่องมือค้นหาโปรตีนที่ทำหน้าที่คล้ายคลึงกัน โดยมีพื้นฐานอยู่บนการจัดเรียงกลุ่มกรดอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำในโครงสร้างระดับทุติยภูมิ เพื่อคิดคำนวณคะแนน ความคล้ายคลึงกันของคู่โปรตีนโดยอัตโนมัติ ซึ่งช่วยลดภาระการค้นหาและจับคู่สายลำดับโปรตีนโดยผู้เชี่ยวชาญ เทคนิคที่ได้นำเสนอนี้ช่วยเพิ่มความเร็วในการคำนวณและแก้ไขข้อบกพร่องในการจับคู่กลุ่มกรดอะมิโนในงานวิจัยเก่าที่ใช้แนวความคิดเชิงละโมบ โดยได้ทำการทดสอบเทคนิคที่นำเสนอกับชุดข้อมูลจากฐานข้อมูล HOMSTRAD และ ฐานข้อมูล PIR ซึ่งผลการทดสอบแสดงให้เห็นถึงประสิทธิภาพที่พัฒนาขึ้นจากเทคนิคการค้นหาโปรตีนที่ทำหน้าที่คล้ายคลึงกันแบบเก่า ทั้งทางด้านความถูกต้องและระยะเวลาที่ใช้คำนวณ
Other Abstract: Current techniques in protein homology testing involve a 1-dimensional alignment of nucleotide or amino acid sequencing. Due to its various constraints and low sequence identity values, a 2-Dimensional Hydrophobic Cluster Alignment has increasingly been used to predict the structure and functionality of protein. This work proposed an algorithm based on a secondary-structure Hydrophobic Cluster Alignment to compute a similarity score of protein sequences automatically, which helps reduce interventions of a human expert for a manual alignment. Additional techniques are introduced to speed up the calculation, as well as to resolve some greedy-based alignment limitation in the previous work. The alignment results and the classification accuracies from the well-known HOMSTRAD and PIR database have demonstrated an improvement in both accuracy and the computation time.
Description: วิทยานิพนธ์ (วศ.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2552
Degree Name: วิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต
Degree Level: ปริญญาโท
Degree Discipline: วิศวกรรมคอมพิวเตอร์
URI: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/16154
Type: Thesis
Appears in Collections:Eng - Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
chanin_ch.pdf1.21 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.