Please use this identifier to cite or link to this item: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/45389
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorPornthep Sompornpisuten_US
dc.contributor.authorKanon Sujareeen_US
dc.contributor.otherChulalongkorn University. Graduate Schoolen_US
dc.date.accessioned2015-09-17T04:01:29Z
dc.date.available2015-09-17T04:01:29Z
dc.date.issued2014en_US
dc.identifier.urihttp://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/45389
dc.descriptionThesis (Ph.D.)--Chulalongkorn University, 2014en_US
dc.description.abstractDespite the rapid growth of solved 3D structures proteins, a relatively low percentage of all structures of the Protein Data Bank is transmembrane proteins due to technical difficulties for high-resolution structure determination. This study proposes a novel algorithm. Max-Min Ant System, designed to find an assembly of α-helical transmembrane proteins using a rigid helix arrangement guided by distance constraints. The method called THAMMAS (Transmembrane Helix Assembly by Max-Min Ant System) generates a variety of orientations of transmembrane helix bundle and finds the solution that is matched with the provided distance constraints based on the behavior of ants to search for the shortest possible path between their nest and the food source. To demonstrate the efficiency of the novel algorithm, THAMMAS are applied to determine the transmembrane packing of KcsA and MscL ion channels from distance information extracted from the crystal structures, and the packing of KvAP voltage sensor domain using a set of experimentally-determined constraints and the results are compared with those of conventional optimization algorithms, Simulated Annealing Monte Carlo method and Genetic Algorithm.en_US
dc.description.abstractalternativeแม้ว่าจะมีการเติบโตอย่างรวดเร็วของจำนวนโครงสร้างสามมิติของโปรตีนที่วัดได้ แต่เมื่อเปรียบเทียบจำนวนทรานสเมมเบรนโปรตีนกับจำนวนโครงสร้างโปรตีนทั้งหมดที่มีอยู่ในฐานข้อมูล Protein data bank พบว่าอัตราร้อยละอยู่ในระดับต่ำ เนื่องจากความยากเชิงเทคนิคสำหรับการวัดโครงสร้างที่มีความละเอียดสูง การศึกษานี้จึงนำเสนอ อัลกอริทึ่มใหม่ชื่อ แม๊ก มิน แอนท์ ซิสเตม (Max-Min ant system) ที่ถูกออกแบบเพื่อหาการรวมตัวของทรานสเมมเบรนโปรตีน ชนิดเกลียวอัลฟ่า โดยใช้การจัดวางของเฮลิกซ์ชนิดแข็งเกร็งที่บังคับโดยเงื่อนไขระยะทาง วิธีการที่นำเสนอเรียกว่า ทาร์มมัส (THAMMAS : Transmembrane Helix Assembly by Max-Min Ant System) ผลิตการวางทิศทางของกลุ่มทรานสเมมเบรนเฮลิกซ์ที่หลากหลาย และหาคำตอบที่เหมาะสมกับเงื่อนไขของระยะทาง ตามพฤติกรรมการหาอาหารของมดในการค้นหาเส้นทางที่สั้นที่สุดระหว่างรังกับแหล่งอาหาร เพื่อแสดงให้เห็นถึงประสิทธิภาพของอัลกอริทึ่มชนิดใหม่นี้ THAMMAS ถูกนำมาวัดการแพคของทรานสเมมเบรนของไอออนแชนนัล KcsA และ MscL จากข้อมูลระยะทางที่ได้มาจากโครงสร้างผลึกและการแพคของโดเมนรับรู้ศักย์ไฟฟ้า KvAP โดยใช้ชุดเงื่อนไขระยะทางที่วัดจากการทดลอง เปรียบเทียบผลการทดลองกับ คอนเวนชั่นนอล ออฟติไมเซชั่น อัลกอริทึ่ม ซึ่งได้แก่ ซิมูเลคเตด อัลเนลลิ่ง มอนติ คาร์โล และจีเนติกส์ อัลกอริทึ่มen_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherChulalongkorn Universityen_US
dc.rightsChulalongkorn Universityen_US
dc.subjectIntegrals
dc.subjectIon-permeable membranes
dc.subjectGenetic algorithms
dc.subjectSimulated annealing (Mathematics)
dc.subjectอินทิกรัล
dc.subjectเมมเบรนแลกเปลี่ยนไอออน
dc.subjectจีเนติกอัลกอริทึม
dc.subjectการจำลองการอบเหนียว
dc.titleAPPLICATION OF METAHEURISTIC APPROACH TO MODEL AN ASSEMBLY OF TRANSMEMBRANE HELICAL BUNDLE IN INTEGRAL MEMBRANE PROTEINSen_US
dc.title.alternativeการประยุกต์วิธีเมต้าฮิวริติกเพื่อจำลองการรวมกลุ่มของทรานเมมเบรนเฮลิกซ์ในอินทิกรัลเมมเบรนโปรตีนen_US
dc.typeThesisen_US
dc.degree.nameDoctor of Philosophyen_US
dc.degree.levelDoctoral Degreeen_US
dc.degree.disciplineNanoscience and Technologyen_US
dc.degree.grantorChulalongkorn Universityen_US
dc.email.advisorpornthep.s@chula.ac.th,spornthe@gmail.comen_US
Appears in Collections:Grad - Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
5287757420.pdf3.17 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.