DSpace  
 

CUIR at Chulalongkorn University >
Faculty and Institute >
Faculty of Science - Sci >
Sci - Research Reports >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/52832

Title: การจำแนกชนิดของโพรติสต์บางชนิดที่พบในเกาะแสมสาร จังหวัดชลบุรีโดยวิธีทางชีวโมเลกุล : รายงานวิจัย
Other Titles: Molecular identification of species of some protists at Samaesarn Island, Chonburi Province
Authors: ชิดชัย จันทร์ตั้งสี
สุชา เฉยศิริ
มาลินี ฉัตรมงคลกุล
Author's Email: Chitchai.C@Chula.ac.th
ไม่มีข้อมูล
malineemkk@yahoo.com
Subjects: โปรโตซัว
สาหร่ายขนาดเล็ก
สิ่งมีชีวิตเซลล์เดียว
Issue Date: 2555
Publisher: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract: การจำแนกและระบุชนิดของโพรติสต์ถล่มซิลิเอตที่ถูกต้องบ่อยครั้งต้องอาศัยความช่วยเหลือจากผู้เชี่ยวชาญหรือการใช้เทคนิคพิเศษช่วยในการศึกษา เช่น การย้อมสี และ การศึกษาภายใต้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน งานวิจัยชิ้นนี้ศึกษาศักยภาพในการใช้วิธีการทางสัณฐานวิทยาร่วมกับวิธีการทางอณูชีววิทยาในการระบุชนิดของซิลิเอตที่อาศัยอยู่ตามช่องว่างระหว่างเม็ดทรายหน้าดินบริเวณชายฝั่งทะเล โดยทำการเก็บตัวอย่างทรายจากพื้นที่หาดลูกลม เกาะแสมสาร จังหวัดชลบุรี ระหว่างปี 2554-2555 ทำการสกัดโพรติสต์กลุ่มซิลิเอตออกจากทรายตัวอย่างโดยการไล่ด้วยน้ำทะเลแข็ง จากนั้นทำการสำรวจตัวอย่างภายใต้กล้องจุลทรรศน์เลนส์ประกอบแบบใช้แสงและเพาะเลี้ยงซิลิเอตบางส่วนด้วยอาหารเลี้ยงเชื้อ f/2-Si เพื่อใช้ศึกษาในขั้นต่อไป จากการศึกษาพบซิลิเอตจำนวน 46 ชนิด ได้แก่ Aspidisca sp., Blepharisma sp., Coleps pulcher, Coleps tesselatus, Coleps sp., Condylostoma arenarium, Condylostoma enigmatica, Diophrys sp., Euplotes sp. 1-3, Euplotidium sp., Frontonia sp., hypotrichs 01-05, karyorelicteans 01-16, Kentrophoros sp., Litonotus sp., Loxodes sp. 1-3, Loxophyllum sp., Mesodinium sp., Pleuronema sp. Protocruzia sp., Stichotricha sp., Uronema sp. และ Uronychia sp. อีกทั้งสามารถเพาะเลี้ยงซิลิเอตจนบริสุทธิ์ได้จำนวน 8 สายพันธุ์ ซึ่งอยู่ในสกุล Euplotes จำนวน 2 สายพันธุ์, Protocruzia 1 สายพันธุ์ และ Uronema 3 สายพันธุ์ นำซิลิเอตที่บริสุทธิ์จำนวน 5 สายพันธุ์ คือ Euplotes และ Uronema มาศึกษาเพิ่มเติมในระดับอณูชีววิทยา การเพิ่มจำนวนยีนด้วยเทคนิคพีซีอาร์และหาลำดับนิวคลีโอไทด์ด้วยไพรเมอร์ที่ออกแบบใหม่สำหรับยีนไรโบโซมอลดีเอ็นเอของซิลิเอตทั้ง 5 สายพันธุ์ โดยบริเวณที่เพิ่มจำนวนนี้จะครอบคลุมส่วนของสมอลซับยูนิตไรโบโซมอลดีเอ็นเอ, internal transcribed spacer 1 (ITS1), 5.8S, internal transcribed spacer 2 (ITS2) และ 1,300 คู่เบสแรกของลาร์จซับยูนิตไรโบโซมอลดีเอ็นเอ การวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของลาร์จซับยูนิตไรโบโซมอลดีเอ็นเอ พบว่า Euplotes 2 สายพันธุ์ที่ทำการศึกษามีลำดับนิวคลีโอไทด์ต่างกันถึง 43 ตำแหน่ง ซึ่งตรงกับลักษณะรูปร่างของทั้งสองสายพันธุ์ที่แตกต่างกันอย่างชัดเจน สำหรับ Uronema ทั้ง 3 สายพันธุ์ พบว่ามีลำดับนิวคลีโอไทด์เหมือนกัน 100% สอดคล้องกับการตรวจศึกษาภายใต้กล้องจุลทรรศน์ที่แสดงรูปร่างที่คล้ายคลึงกัน การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นถึงศักยภาพในการใช้ข้อมูลทางสัณฐานวิทยาร่วมกับข้อมูลทางอณูชีววิทยาในการแยกและระบุชนิดของซิลิเอตที่อาศัยอยู่ตามช่องว่างระหว่างเม็ดทราบชายฝั่งทะเล อย่างไรก็ตาม ควรมีการศึกษาตัวอย่างซิลิเอตในกลุ่มอื่นเพิ่มเติมและศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณอื่นของไรโบโซมอลดีเอ็นเอเพื่อยืนยันถึงศักยภาพในการประยุกต์ใช้สูงสุดของการรวมสองวิธีนี้เข้าด้วยกันในการระบุชนิดของซิลิเอต
Other Abstract: Help of experts and special procedures, such as specific staining and electron microscopy, are often required for correct identification of ciliated protists. Here, we examined the potential use of combined morphological and molecular approaches for identifying marine benthic interstitial cilates. Sand samples were collected from Look-Lom Beach, Samaesarn Island, Chonburi Province during 2011-2012. Ciliates were extracted from the samples using seawater ice melting method. The organisms were then observed under a light compound microscope and some were cultured in an f/2-Si medium for further study. Forty six species of ciliates were encountered, namely Aspidisca sp., Blepharisma sp., Coleps pulcher, Coleps tesselatus, Coleps sp., Condylostoma arenarium, Condylostoma enigmatica, Diophrys sp., Euplotes sp. 1-3, Euplotidium sp., Frontonia sp., hypotrichs 01-05, karyorelicteans 01-16, Kentrophoros sp., Litonotus sp., Loxodes sp. 1-3, Loxophyllum sp., Mesodinium sp., Pleuronema sp., Protocruzia sp., Stichotricha sp., Uronema sp., and Uronychia sp. Clonal and pure cultures were successfully established for eight ciliate isolates belonging to three genera [i.e., Euplotes (2 isolates), Protocruzia (1), and Uronema (3)]. Five of these eight pure cultures [i.e., Euplotes and Uronema] were additionally investigated at molecular level. The PCR amplification and DNA sequencing with newly designed primers were performed to obtain ribosomal DNA (rDNA) sequences of the five ciliates, which cover small subunit (SSU) ribosomal DNA, internal transcribed spacer 1 (ITS1), 5.8S, internal transcribed spacer 2 (ITS2), and the first-1,300 bp of large subunit (LSU) ribosomal DNA. Sequence analysis of the partial LSU rDNA sequences showed number of nucleotide differences of 43 positions between two isolates of Euplotes spp. And nucleotide similarity of 100% among three isolates of Uronema. This result is consistent with examination based on light microscopy which suggests their anatomical differences for the former and their similar morphological features for the latter. Our study demonstrated the capability of using combination of morphological and molecular data for discriminating and classifying the marine interstitial ciliates. However, further study of additional ciliate samples and other regions of the rDNA gene should be conducted to ensure ultimate utilization of this combined approach.
URI: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/52832
Appears in Collections:Sci - Research Reports

Files in This Item:

File Description SizeFormat
Chidchai_ch_2555.pdf1.87 MBAdobe PDFView/Open  (Chula only)
View Statistics

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.

 

Valid XHTML 1.0! DSpace Software Copyright © 2002-2010  Duraspace - Feedback