Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/65391
| Title: | การคัดแยกและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 |
| Other Titles: | Isolation and sequencing of acenaphthylene degradative gene in Rhizobium sp. CU-A1 |
| Authors: | ทิพวรรณ ล้อรัตนไชยยงค์ |
| Advisors: | กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์ |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ |
| Advisor's Email: | kobchai@sc.chula.ac.th |
| Subjects: | อะซีแนพธิลีน ลำดับนิวคลีโอไทด์ ไรโซเบียม ยีน Nucleotide sequence Rhizobium Genes |
| Issue Date: | 2545 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | ได้คัดแยกและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับวิถีการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนจากสายพันธุ์กลาย Rhizobium sp. สายพันธุ E11 ที่เกิดจากการสอดแทรกโดยทรานสโปซอน Tn5 และมีความบกพร่องโนการย่อยสลายอะซีแนพธิลีน จากการติดตามชิ้นทรานลโปซอน Tn5 ด้วยเทคนิคเซาท์ เธอร์นไฮบริไดเซชันโดยใช้ชิ้นส่วนของทรานสโปชอน Tn5 เป็นดีเอ็นเอติดตาม สามารถทำการคัดแยกและโคลนชิ้นดีเอ็นเอที่ให้สัญญาณจากการไฮบริไดซ์โด้ จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของดีเอ็นเอข้างเคียงทรานสโปซอนโดยใช้โอสิโกนิวคลีโอไทด์ไพร์เมอร์ที่จำเพาะกับบริเวณปลายของ ทรานสโปซอน Tn5 เมื่อทำการเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนที่แปลรหัสมาจากลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาด 1,014 bp ที่ได้กับลำดับกรดอะมิโนใน GenBank พบว่าทรานสโปซอนเข้าแทรกยังยีนที่ประมวลรหัสเป็นกรดอะมิโนที่มีความเหมือนกับไฮดราเทส-อัลโดเลสของ Burkholderia sp. สายพันธุ์ RP007 จากนั้นนำบางส่วนของชิ้นดีเอ็นเอข้างเคียงทรานสโปซอนขนาด 430 bp ที่ได้จากปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสมาสร้างเป็นดีเอ็นเอติดตามเพื่อตรวจหาชิ้นดีเอ็นเอที่ต้องการในสายพันธุ์ดั้งเดิม CU-A1 พบว่าสามารถโคลนชิ้นดีเอ็นเอ BamHI-Hindlll ขนาด 4.5 kb ที่ให้สัญญาณกับดีเอ็นเอติดตามเข้ายังพลาสมิด pGEM-3Zf(+/-) และดั้งชื่อพลาสมิดนี้ว่า pWT จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์บนชิ้นดีเอ็นเอขนาด 4.5 kb นี้พบกรอบอ่านรหัสเปิด (ORF) ทั้งหมด 5 กรอบ ซึ่งมีทิศทางการถอดรหัสไปทางเดียวกัน เรียงตามลำดับดังนี้ ORF1 เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ มีลำดับกรดอะมิโนทีมความเหมือน 33% กับ putative ferredoxin reductase ของ Rhizobium leguminosarum bv. viciae ORF2 (acnE) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 38% กับไฮดราเทส-อัล โดเลสของ Burkholderia sp. สายพันธุ์ RP007 ORF3 (acnK) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 46% กับ 2-คาร์บอกซีเบนซัลดีไฮโดรจีเนส ของ Nocardioides sp. สายพันธุ์ KP7 ORF4 อยู่ในกรอบอ่านรหัสเปิดที่ต่างจาก ORF1-3 และ 5 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 38% กับโปรตีนที่คล้ายกับแอดดูซิน (adducin like protein) ของ Mesorhizobium loti ORF5 เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ มีลำดับกรดอะมิโนทีมีความเหมือน 43% กับ short-chain dehydrogenase ของ Pseudomonas aeruginosa สายพันธุ์ PA01 การศึกษานี้เป็นรายงานแรกที่ได้กล่าวถึงยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 คือ ยีน acnE และยีน acnK |
| Other Abstract: | Genes involving acenaphthylene degradation from a transposon Tn5-inserted Rhizobium sp. mutant strain E11 defective in acenaphthylene degradation were isolated and sequenced. Southern hybridization with transposon Tn5 probe was performed, DNA fragment with positive signal was isolated and cloned. The nucleotide sequence adjacent to transposon was sequenced by using oligonucleotide primer specific to outside end of Tn5. Comparison of amino acid sequence deduced from 1,014 bp nucleotide sequence with those เท GenBank revealed that Tn5 was inserted into the gene encoding for amino acid sequence with homology to that of hydratase-aldolase from Burkholderia sp. RP007. The fragment of 430 bp adjacent to transposon was generated by PCR and employed as DNA-probe for detecting the positive DNA fragment from wildtype CU-A1. The 4.5 kb BamHI-Hindlll-positive fragment was cloned into pGEM-3Zf(+/-) and designated as pWT. Nucleotide sequence thereof revealed fragment with 4.5 kb in size containing 5 Open Reading Frames (ORFs) in the same orientation. ORF1 is an incomplete ORF with 33% homology in term of the respective amino acid sequence to that of the putative ferredoxin reductase of Rhizobium leguminosarum bv. viciae; ORF2 (acnE) shows 38% amino acid sequence homology to that of hydratase-aldolase of Burkholderia sp. RP007; ORF3 (acnK) shows 46% amino acid sequence homology to 2-carboxybenzaldehyde dehydrogenase of Nocardioides sp. KP7; ORF4 is in the different reading frame to that of ORF1-3 and 5 by showing 38% amino acid sequence homology to adducin like protein of Mesorhizobium loti; ORF5 is an incomplete ORF showing 43% homology of amino acid sequence to short-chain dehydrogenase of Pseudomonas aeruginosa PA01. The present study is the first to report genes, acnE and acnK, which involve in the degradation of acenaphthylene in Rhizobium sp. CU-A1. |
| Description: | วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2545 |
| Degree Name: | วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต |
| Degree Level: | ปริญญาโท |
| Degree Discipline: | จุลชีววิทยา |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/65391 |
| ISBN: | 9741709129 |
| Type: | Thesis |
| Appears in Collections: | Sci - Theses |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Tippawan_lo_front_p.pdf | หน้าปก บทคัดย่อและสารบัญ | 812.1 kB | Adobe PDF | View/Open |
| Tippawan_lo_ch1_p.pdf | บทที่ 1 | 666.35 kB | Adobe PDF | View/Open |
| Tippawan_lo_ch2_p.pdf | บทที่ 2 | 1.3 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Tippawan_lo_ch3_p.pdf | บทที่ 3 | 1.39 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Tippawan_lo_ch4_p.pdf | บทที่ 4 | 1.43 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Tippawan_lo_ch5_p.pdf | บทที่ 5 | 861.55 kB | Adobe PDF | View/Open |
| Tippawan_lo_back_p.pdf | รายการอ้างอิง และภาคผนวก | 1.09 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.