1. CUIR at Chulalongkorn University
  2. Faculty and Institute
  3. Graduate School - Grad
  4. Grad - Theses
Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/77910
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorชื่นจิต ประกิตชัยวัฒนา-
dc.contributor.authorกาญจนา ชาหอม-
dc.contributor.otherจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์-
dc.date.accessioned2021-11-30T03:53:18Z-
dc.date.available2021-11-30T03:53:18Z-
dc.date.issued2556-
dc.identifier.urihttp://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/77910-
dc.description.abstractงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินความเป็นไปได้ในการประยุกต์ใช้เทคนิค PCR-DGGE และ RT- PCR-DGGE สำหรับตรวจสอบแบคทีเรียกลุ่มวิบริโอในระบบนิเวศอาหาร โดยเริ่มจากประเมินการใช้ไพรเมอร์ GC567F และ 680R ในการเพิ่ม DNA และ cDNA ของเชื้อมาตรฐานกลุ่มวิบริโอทั้งหมด 10 สปีซีส์ด้วยวิธีพีซีอาร์ และแยกความแตกต่างของผลผลิตพีซีอาร์ด้วยเทคนิค DGGE โดยใช้โพลีอะคลิลาไมด์เจลเข้มข้น ร้อยละ 10 (w/v) ที่มีเกรเดียนต์ของสารดีเนเจอร์แรนคือยูเรียและฟอร์มาไมด์เข้มข้นร้อยละ 45-70 พบว่าเทคนิคดีจีจีอีสามารถแยกแถบ DNA และ cDNA ของเชื้อวิบริโอทั้ง 10 สปีซีส์ได้ไม่แตกต่างกัน โดยพบ DNA และ cDNA ที่ไม่สามารถแยกออกจากกันได้จำนวน 2 คู่ คือ Vibrio fluvialis กับ Vibrio furnissii และ vibrio parahaemolyticus กับ vibrio harveyi เมื่อประเมินค่าต่ำสุดที่วิเคราะห์ได้ (detection limit) ของวิธีในการตรวจสอบชุมชนของเชื้อวิบริโอทั้ง 10 สปีซีส์ที่มีความเข้มข้นเซลล์เท่ากัน พบว่าเทคนิค PCR-DGGE ตรวจพบเชื้อวิบริโอได้เพียง 3 สปีซีส์คือ Vibrio cholerae, Vibrio mimicus และ Vibrio alginolyticus ในขณะที่เทคนิค RT-PCR-DGGE ตรวจพบเชื้อวิบริโอได้ถึง 5 สปีซีส์ คือ vibrio choleroe, vibrio mimicus, vibrio alginolyticus, vibrio parahaemolyticus และ vibrio fluvialis และเมื่อตรวจสอบชุมชนของเชื้อวิบริโอที่มีชนิดและความเข้มข้นองเซลล์แตกต่างกัน (แปรค่าตั้งแต่ 10²-10⁵ CFU/ml) PCR-DGGE ตรวจ พบแถบ DNA ของวิบริโอสปีซีส์ที่มีความเข้มข้นเซลล์สูงสุดลองลำดับแรกในกลุ่ม ในขณะที่ RT-PCR-DGGE แถบ cDNA ของวิบริโอสปีซีส์ที่มีความเข้มข้นเซลล์แตกต่างกันได้ถึงห้าลำดับแรกในกลุ่ม ดังนั้นจึง เลือกเทคนิค RT-PCR-DGGE สำหรับประเมินการใช้งานต่อไป เมื่อประเมินผลของสภาวะเซลล์ต่อการตรวจ พบวิบริโอด้วยเทคนิคดังกล่าว ได้แก่ สภาวะเซลล์สมบูรณ์ (VC) เซลล์บาดเจ็บจากการแซ่เยือกแข็ง (IVC) และเซลล์บาดเจ็บจากการแช่เยือกแข็งที่ผ่านการ pre-enrichment (PIVC) พบว่าตรวจพบแถบ cDNA ของ เซลล์จากทุกสภาวะได้ไม่แตกต่างกัน ยกเว้นเซลล์ของ plesiomonas shigelloides ภายใต้ สภาวะ IVC และ PIVC ปรากฏแถบ cDNA มากกว่า 1 แถบ เมื่อประเมินการใช้เทคนิค RT-PCR-DGGE สำหรับการตรวจ สอบ วิบริโอในตัวอย่างอาหารโดยเติมเซลล์ vibrio parahaemolyticus ลงในตัวอย่างอาหารที่ปราศจากเชื้อ พบว่าวิธีดังกล่าวสามารถตรวจพบ vibrio parahaemolyticus ในอาหารได้ตั้งแต่ 10² CFU/g และให้ผลที่ เป็นไปในแนวทางเดียวกับวิธีมาตรฐาน (FDA-BAM, 2004) และเมื่อประยุกต์ใช้เทคนิค RT-PCR-DGGE ใน การตรวจสอบเชื้อ วิบริโอในอาหาร จำนวน 14 ตัวอย่าง พบว่ารูปแบบของวิบริโอที่ตรวจพบด้วยเทคนิค RT-PCR-DGGE ให้ผลที่สอดคล้องกับวิธีมาตรฐานร้อยละ 100 จำนวน 3 ตัวอย่าง 75 จำนวน 1 ตัวอย่าง ร้อยละ 50 จำนวน 6 ตัวอย่าง และให้ผลไม่สอดคล้องกับวิธีมาตรฐาน จำนวน 4 ตัวอย่าง-
dc.description.abstractalternativeThe aim of this research was to evaluate the feasibility of an application of PCR-DGGE and RT-PCR-DGGE techniques for detection of Vibrio species in the ecosystem of foods. Primers GC567F and 680R were initially evaluated for amplification of DNA cDNA of ten references Vibrio species by PCR method. The GC-clamp PCR amplicons were separated according to their sequences by the DGGE using 10% (w/v) polyacrylamide gel with a denaturing gradient from 45 to 70% of urea and formamide. The results showed that DNA cDNA band of Vibrio species could be separated by DGGE technique. Two pair of Vibrio species, which could not be differentiated on gel were Vibrio fluvialis and Vibrio furnissii and vibrio parahaemolyticus and vibrio harveyi. Apparently, DNA and cDNA amplicons of all ten vibrio species separated by PCR-DGGE and RT-PCR-DGGE method gave the same migratory patterns on DGGE gel. For the detection limit evaluation, in the community of 10 reference strains containing the same viable population, distinct DNA bands of 3 species; Vibrio cholerae, Vibrio mimicus and Vibrio alginolyticus were consistently observed by PCR- DGGE technique. Furthermore, 5 species; Vibrio cholerae, Vibrio mimicus, Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus and Vibrio fluvialis consistently observed by RT-PCR-DGGE technique. In the community containing different viable viable population decreasing from 10² to 10⁵ CFU/ml. PCR-DGGE analysis only detected the two most prevalent species, while RT-PCR-DGGE detected the five most prevalent species. Therefore, RT-PCR-DGGE technique was selected for further evaluation. RT-PCR-DGGE technique were evaluated in detection of various Vibrio cell conditions such as viable cell (VC), injured cells from frozen (IVC) and injured cells from frozen with pre-enrichment (PIVC). It was found that cDNA band of all cell conditions gave the same migratory patterns excepted that multiple cDNA bands of Plesiomonas shigelloides under IVC and PIVC conditions were found. When RT-PCR-DGGE was evaluated in detection of Vibrio parahaemolyticus spiked food samples, it could detect Vibrio parahaemolyticus in food containing at least 10² CFU/g. The results obtained also corresponded to standard method (FDA-BAM, 2004). When RT-PCR-DGGE was applied in detection of Vibrios in fourteen food samples, the Vibrio profiles were detected, which were 100 % similar to the standard method (observed in 3 samples), 75% and 50% observed in 1 and 6 samples, respectively and totally (0%) observed in 4 samples.-
dc.language.isothen_US
dc.publisherจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยen_US
dc.relation.urihttp://doi.org/10.14457/CU.the.2013.1891-
dc.rightsจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยen_US
dc.subjectแบคทีเรีย -- การตรวจวิเคราะห์en_US
dc.subjectBacteria -- Inspectionen_US
dc.titleการตรวจหาแบคทีเรีย Vibrio spp. ในอาหารโดย RT-PCR และ PCR-Denaturing Gradient Gel Electrophoresisen_US
dc.title.alternativeDetection of Vibrio spp. in food using RT-PCR and PCR-Denaturing Gradient Gel Electrophoresisen_US
dc.typeThesisen_US
dc.degree.nameวิทยาศาสตรมหาบัณฑิตen_US
dc.degree.levelปริญญาโทen_US
dc.degree.disciplineเทคโนโลยีทางอาหารen_US
dc.degree.grantorจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยen_US
dc.identifier.DOI10.14457/CU.the.2013.1891-
Appears in Collections:Grad - Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Kanchana_ch_front_p.pdfหน้าปกและบทคัดย่อ1.06 MBAdobe PDFView/Open
Kanchana_ch_ch1_p.pdfบทที่ 1769.33 kBAdobe PDFView/Open
Kanchana_ch_ch2_p.pdfบทที่ 21.97 MBAdobe PDFView/Open
Kanchana_ch_ch3_p.pdfบทที่ 31.16 MBAdobe PDFView/Open
Kanchana_ch_ch4_p.pdfบทที่ 42.39 MBAdobe PDFView/Open
Kanchana_ch_ch5_p.pdfบทที่ 5713.29 kBAdobe PDFView/Open
Kanchana_ch_back_p.pdfบรรณานุกรมและภาคผนวก1.6 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.