Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/82902
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorPornthep Sompornpisut-
dc.contributor.advisorRas B. Pandey-
dc.contributor.authorWarin Rangubpit-
dc.contributor.otherChulalongkorn University. Faculty of Sciences-
dc.date.accessioned2023-08-04T07:09:01Z-
dc.date.available2023-08-04T07:09:01Z-
dc.date.issued2020-
dc.identifier.urihttps://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/82902-
dc.descriptionThesis (Ph.D.)--Chulalongkorn University, 2020-
dc.description.abstractCoarse-grained (CG) models have become a powerful tool for studying biomolecular complex systems with a wide range of potential applications such as large-scale protein motions, protein folding, self-assembly etc. Simulating such behaviors requires time scales which are not practically possible in all-atomistic simulations. This study presents a strategy for the application of CG simulations to investigate structural and morphological properties of cobalt-resistant magnesium channel (CorA) from Thermotoga maritima. Magnesium (Mg2+) plays a crucial function in a variety of physiological processes. The deficiency of magnesium can increase the risk of several health problems, for instance, diabetes, cardiovascular disease and osteoporosis. The transport of Mg2+ across the membrane is primarily facilitated by a specialized family of membrane proteins, called Mg2+ channels. While the molecular mechanism underlying the divalent cation regulation is still a subject of debate, understanding of structure and morphology of Mg2+ channels at the molecular level would provide insight into the fundamental basis of cellular Mg2+ homeostasis. This work has been divided into four parts. The first part explores thermal responses to structural organization of two different lipoprotein nanodiscs using CG molecular dynamics (MD) simulations. The second and third parts demonstrate the applications of CG Monte Carlo simulations to investigate self-organized globular bundles of CorA and the effect of solute matrix on the protein conformation, respectively. For the last part, CGMD simulations were conducted to investigate conformational responses of CorA upon the release of Mg2+. -
dc.description.abstractalternativeแบบจำลองแบบหยาบ (CG) เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพสำหรับการศึกษาระบบที่ซับซ้อนทางชีวโมเลกุลด้วยการใช้งานที่หลากหลาย เช่น การเคลื่อนที่ของโปรตีนขนาดใหญ่ การพับโปรตีน การประกอบตัวเอง เป็นต้น การจำลองพฤติกรรมดังกล่าวต้องใช้เวลาซึ่งไม่สามารถทำได้ในการจำลองแบบทุกอะตอม การศึกษานี้นำเสนอวิธีการสำหรับการประยุกต์ใช้การจำลอง CG เพื่อตรวจสอบคุณสมบัติทางโครงสร้างและสัณฐานวิทยาของช่องแมกนีเซียมที่ทนต่อโคบอลต์ (CorA) จาก Thermotoga maritima  แมกนีเซียม (Mg2+) มีหน้าที่สำคัญในกระบวนการทางสรีรวิทยาที่หลากหลาย การขาดแมกนีเซียมสามารถเพิ่มความเสี่ยงต่อปัญหาสุขภาพหลายอย่าง เช่น โรคเบาหวานโรคหัวใจ โรคหลอดเลือด และโรคกระดูกพรุน การขนส่ง Mg2+ ผ่านเมมเบรนนั้นอาศัยกลุ่มโปรตีนเมมเบรนเฉพาะที่เรียกว่าแมกนีเซียมแชลนัล ในขณะที่กลไกระดับโมเลกุลที่อยู่ภายใต้การควบคุมแคทไอออนไดวาเลนต์นี้ยังคงเป็นเรื่องที่ถกเถียงกันอยู่ แต่การทำความเข้าใจโครงสร้างและสัณฐานวิทยาของแมกนีเซียมแชลนัลในระดับโมเลกุลจะช่วยให้เข้าใจถึงพื้นฐานของสภาวะสมดุลของ Mg2+ ในเซลล์   งานนี้แบ่งออกเป็นสี่ส่วน ส่วนแรกสำรวจการตอบสนองเชิงอุณหภูมิต่อโครงสร้างของนาโนดิสก์ไลโปโปรตีนสองชนิดที่แตกต่างกันโดยใช้การจำลองพลวัตโมเลกุลแบบหยาบ  ส่วนที่สองและสามแสดงให้เห็นถึงการประยุกต์ใช้การจำลองด้วยวิธีมอนติ คาร์โลแบบหยาบ เพื่อตรวจสอบการจัดระเบียบรวมกลุ่มด้วยตัวเองของ CorA และผลของเมทริกซ์ตัวถูกละลายที่มีต่อโครงสร้างของโปรตีนตามลำดับ สำหรับส่วนสุดท้ายใช้การจำลองพลวัตโมเลกุลแบบหยาบเพื่อตรวจสอบการตอบสนองเชิงโครงสร้างของ CorA เมื่อมีการปลดปล่อย Mg2+-
dc.language.isoen-
dc.publisherChulalongkorn University-
dc.relation.urihttp://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2020.1360-
dc.rightsChulalongkorn University-
dc.subject.classificationProfessional, scientific and technical activities-
dc.titleStructure and morphology of magnesium channel by coarse-grained monte carlo and molecular dynamics simulations-
dc.title.alternativeโครงสร้างและสัณฐานวิทยาของแมกนีเซียมแชลนัลโดยการจำลองมอนติคาโล และการจำลองเชิงพลวัตแบบคอสเกรน-
dc.typeThesis-
dc.degree.nameDoctor of Philosophy-
dc.degree.levelDoctoral Degree-
dc.degree.disciplineChemistry-
dc.degree.grantorChulalongkorn University-
dc.identifier.DOI10.58837/CHULA.THE.2020.1360-
Appears in Collections:Sci - Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
6072827223.pdf4.83 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.