Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/9639
Full metadata record
DC Field | Value | Language |
---|---|---|
dc.contributor.advisor | Paisan Nakmahachalasint | - |
dc.contributor.advisor | Preprame Pattanamahakul | - |
dc.contributor.advisor | Rath Pichyangkura | - |
dc.contributor.author | Araya Wiwatwanich | - |
dc.contributor.other | Chulalongkorn University. Faculty of Science | - |
dc.date.accessioned | 2009-08-05T04:13:03Z | - |
dc.date.available | 2009-08-05T04:13:03Z | - |
dc.date.issued | 2003 | - |
dc.identifier.isbn | 9741753764 | - |
dc.identifier.uri | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/9639 | - |
dc.description | Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2003 | en |
dc.description.abstract | DNA spectra plot can fairly indicate exon locations. The main goal of this work is to apply the Digital Signal Processing techniques to predict exon locations more accurately. A group of genes from Caenorhibtidis elegans was used to test the methods. In spectral analysis process, a DNA sequence was transformed to binary sequences by 4 mapping rules depending on nucleotides, amino acids, hydrophobicity, and codon bias, respectively. The triplet-periodicity discovered in exons stands out only when we used 4 binary indicator sequences corresponding to 4 nucleotides. The optimized spectral content measure proposed by Anasstasiou was developed. Alternating samples used in the optimization problem shown that it is not necessary to use a very large sample. The attempt to discriminate between exons and introns of the same genes succeeded in reducing unwanted peaks. | en |
dc.description.abstractalternative | รูปพล็อตของสเป็คตราของดีเอ็นเอสามารถใช้ทำนายตำแหน่งของเอ็กซอนได้ในระดับหนึ่ง จุดมุ่งหมายของงานวิจัยนี้คือการประยุกต์เทคนิคของการประมวลผลสัญญาณดิจิทัลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการทำนาย โดยใช้ยีนจำนวนหนึ่งจาก Caenorhibtidis elegans มาทดสอบวิธีการในกระบวนการวิเคราะห์สเป็คตรา ดีเอ็นเอลำดับใดๆจะถูกแปลงไปเป็นลำดับของเลขฐานสองโดยใช้กฎการแปลง 4 แบบซึ่งขึ้นอยู่กับชนิดของนิวคลิโอไทด์, ชนิดของกรดอะมิโน, การชอบน้ำไม่ชอบน้ำของกรดอะมิโน, และ ตำแหน่งในโคดอน ตามลำดับ พบว่าการแปลงตามชนิดของนิวคลิโอไทด์เป็นการแปลงแบบเดียวที่บ่งชี้ว่าลำดับดีเอ็นเอมีคาบเป็น 3 ได้อย่างชัดเจน สเป็คตราที่มาจากการแก้ปัญหาค่าสูงสุดได้ถูกปรับปรุง โดยมีการปรับเปลี่ยนตัวอย่างของเอ็กซอนและอินทรอนที่เหมาะสมเพื่อใช้ในปัญหาค่าสูงสุด พบว่าตัวอย่างดังกล่าวไม่จำเป็นต้องยาวจนเกินไป และการใช้ตัวอย่างของเอ็กซอนและอินทรอนที่มาจากยีนเดียวกันจะช่วยลดจำนวนยอดแหลมที่ไม่ต้องการในรูปพล็อตได้ | en |
dc.format.extent | 2088587 bytes | - |
dc.format.mimetype | application/pdf | - |
dc.language.iso | en | es |
dc.publisher | Chulalongkorn University | en |
dc.rights | Chulalongkorn University | en |
dc.subject | Signal processing -- Digital techniques | en |
dc.subject | Nucleotide sequence | en |
dc.title | Digital signal processing analysis of DNA sequences | en |
dc.title.alternative | การวิเคราะห์การประมวลผลสัญญาณดิจิทัลของลำดับดีเอ็นเอ | en |
dc.type | Thesis | es |
dc.degree.name | Master of Science | es |
dc.degree.level | Master's Degree | es |
dc.degree.discipline | Computational Science | es |
dc.degree.grantor | Chulalongkorn University | en |
dc.email.advisor | Paisan.N@Chula.ac.th | - |
dc.email.advisor | Preprame.P@Chula.ac.th | - |
dc.email.advisor | prath@chula.ac.th, rath.p@chula.ac.th | - |
Appears in Collections: | Sci - Theses |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.