Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/22678
| Title: | การวิเคราะห์ไรโบโซมยีนบริเวณ Internal transcribed spacer ส่วนที่ 2 ของแมลงวันที่มีความสำคัญทางการแพทย์ในประเทศไทย |
| Other Titles: | Analysis of internal transcribed spacer 2 region of the ribosomal gene of some medically important flies in Thailand |
| Authors: | พายุ ภักดีนวน |
| Advisors: | เผด็จ สิริยะเสถียร สัญชัย พยุงภร |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะแพทยศาสตร์ |
| Advisor's Email: | Padet.S@Chula.ac.th Sunchai.P@Chula.ac.th |
| Subjects: | แมลงวัน -- สัณฐานวิทยา สัณฐานวิทยาสัตว์ |
| Issue Date: | 2554 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | การระบุสายพันธุ์แมลงวันด้วยสัณฐานวิทยา ไม่เพียงต้องอาศัยความเชี่ยวชาญอย่างสูงด้านอนุกรมวิธาน แต่ยังจำเป็นต้องใช้ตัวอย่างที่สมบูรณ์อีกด้วย ปัจจุบันเทคนิคการระบุสายพันธุ์โดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ถูกใช้อย่างแพร่หลาย งานวิจัยนี้ใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ second internal transcribed spacer (ITS2) ของ ribosomal DNA ในการจำแนกสายพันธุ์แมลงวันที่มีความสำคัญทางการแพทย์และสัตวแพทย์ในประเทศไทย พบว่าแมลงวัน 113 ตัวอย่างจากพื้นที่ต่างๆ ในประเทศไทยถูกระบุสายพันธุ์ด้วยสัณฐานวิทยาแบ่งเป็น 22 สปีชีส์ ใน 3 วงศ์ คือ Sarcophagidae Calliphoridae และ Muscidae โดยที่แมลงวันทั้ง 22 สปีชีส์ มีขนาดนิวคลีโอไทด์บริเวณ ITS2 แตกต่างกันตั้งแต่ 297 bp ถึง 377 bp เมื่อเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ ITS2 กับฐานข้อมูลอ้างอิงใน NCBI พบว่า 89 ตัวอย่างตรงกับการจำแนกด้วยสัณฐานวิทยา ส่วนอีก 24 ตัวอย่างไม่มีข้อมูลลำดับ นิวคลีโอไทด์ในฐานข้อมูล ผลการเปรียบเทียบความต่างของลำดับนิวคลีโอไทด์พบว่า ค่า intraspecific divergence สูงสุด (0.3-6.9%) พบใน Musca domestica ในขณะที่ค่า interspecific divergence ต่ำสุด (3.3%) พบในการเปรียบเทียบระหว่าง Chrysomya megacephala กับ Chrysomya pinguis ผลการสร้างแผนภูมิต้นไม้พันธุกรรมด้วยวิธี Neighbor-Joining โดยใช้ Kimura 2-parameter model พบว่าสามารถแยกแมลงวันแต่ละสปีชีส์ออกจากกันได้อย่างชัดเจนด้วยค่า bootstrap support 77-95% แต่ไม่สามารถแยกสปีชีส์เดียวกันที่มาจากต่างพื้นที่ออกจากกันได้อย่างมีนัยสำคัญ การทดลองนี้เป็นการสะสมข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของแมลงวันที่มาจากพื้นที่ต่างๆ ในประเทศไทยไว้ในฐานข้อมูลออนไลน์ระดับโลก ซึ่งจะเป็นประโยชน์ในการใช้ระบุสายพันธุ์แมลงวันที่เป็น สายพันธุ์ใกล้ชิดกันมากออกจากกันได้ในอนาคต อันจะเป็นประโยชน์ในการประมาณเวลาเสียชีวิต (Postmortem interval: PMI) การรักษาโรคไมเอียซีสและการบูรณาการวิธีป้องกันกำจัดแมลงวันดูดเลือดที่เป็นปัญหาต่อปศุสัตว์ต่อไป |
| Other Abstract: | Morphology identification of fly especially in the same genus is difficult and not only required highly expert personals but also required completely of the fly samples. Recent studies suggested that species identification based on nucleotide sequence are more widely used. This study used the internal transcribed spacer (ITS2) of ribosomal DNA as a tool to identify medical and veterinary importance flies species in Thailand. Among 113 fly samples collected from different regions of Thailand. Based on morphology identification; there were 22 species in three families including Sarcophagidae Calliphoridae and Muscidae. ITS2 fragment of the 22 species were vary in length rang from 297 bp to 377 bp. When compared ITS2 sequence with NCBI database, 89 samples were identified correctly with morphological based identification. In another 24 samples, were no reference in database. The results of intra- and interspecies sequence variation analysis showed the maximum of intraspecies variation (0.3-6.9%) was found in Musca domestica. While the minimun interspecies variation (3.3%) was found in the sister grouped couple of Chrysomya megacephala and Chrysomya pinguis. The bootstraped Neighbor-Joining tree with Kimura 2-parameter model constructed in this study can identify flies species though species level with 77-95% bootstrap support but unable to differentiate between the same species from various regions. The nucleotide sequences from this study were accumulated to the wordwide online database and would be valuable for accurating the closely related flies species identification which usefulness for estimating of the Postmortem interval (PMI), treatment of myaisis and the intregrated management of fly control. |
| Description: | วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2554 |
| Degree Name: | วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต |
| Degree Level: | ปริญญาโท |
| Degree Discipline: | วิทยาศาสตร์การแพทย์ |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/22678 |
| URI: | http://doi.org/10.14457/CU.the.2011.915 |
| metadata.dc.identifier.DOI: | 10.14457/CU.the.2011.915 |
| Type: | Thesis |
| Appears in Collections: | Med - Theses |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Payu_Bh.pdf | 3.43 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.