ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเห็ดโคน Termitomyces sp. บนพื้นฐานของการวิเคราะห์ลำดับพันธุกรรมบริเวณไอทีเอส

Abstract

สำรวจและเก็บตัวอย่างเห็ดโคน Termitomyces sp. จากแหล่งที่พบเห็ดโคนมาก และมีชื่อเสียงในจังหวัดกาญจนบุรี และบุรีรัมย์ รวม 18 พื้นที่ พร้อมศึกษาลักษณะสัณฐานวิทยาประกอบการศึกษาทางชีววิทยาโมเลกุลจากลำดับสารพันธุกรรมพบว่าสามารถแบ่งตัวอย่างออกเป็น 5 กลุ่มย่อย ได้แก่ Termitomyces clypeatus R. Heim Termitomyces aurantiacus Termitomyces entolomoides Termitomyces striatus และ Termitomyces globulus เมื่อนำตัวอย่างมาสกัดดีเอ็นเอโดยวิธี CTAB ได้ดีเอ็นเอบริสุทธิ์ที่มีค่าสัดส่วน OD 260/280 อยู่ในช่วง 1.7-1.9 การเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในบริเวณ ITS โดยใช้คู่ไพรเมอร์ ITS 4 และ ITS 5 ได้ผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอขนาดประมาณ 638.94 นิวคลีโอไทด์ ใน 17 จาก 18 ตัวอย่าง และได้ดีเอ็นเอขนาด 948 นิวคลีโอไทด์ 1 ตัวอย่าง ที่ได้จากจังหวัดบุรีรัมย์ ชิ้นส่วนดีเอ็นเอดังกล่าวเมื่อนำไปโคลนเข้าสู่พลาสมิด pCR II ด้วยเทคนิค TA Cloning สามารถคัดเลือกแบคทีเรียต้านทานยาปฏิชีวนะได้ไม่น้อยกว่า 60 โคโลนีต่อชนิดตัวอย่าง ซึ่งสามารถตรวจสอบชิ้นดีเอ็นเอที่โคลนได้จากการตรวจสอบพลาสมิดด้วยชุดตรวจสอบ Direct two view การสกัด DNA small scale plasmid preparation และการเพิ่มปริมาณชิ้นดีเอ็นเอด้วยเทคนิค PCR ได้ตัวอย่างละ 3 โคโลนี เมื่อนำไปวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์พบว่าดีเอ็นเอบริเวณ ITS ในกลุ่มแรกมีขนาด 623-646 นิวคลีโอไทด์และในกลุ่มที่ 2 มีขนาด 948 นิวคลีโอไทด์ ผลการเปรียบเทียบลำดับนิวคลิโอไทด์รวมพบว่าลำดับที่พบในเห็ดโคนของประเทศจับกลุ่มและมีความแตกต่างจากของเห็ดที่พบในต่างประเทศ เมื่อนำไปวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม พบว่าเห็ดโคนตัวอย่างที่ศึกษามีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมในกลุ่มย่อย 5 กลุ่ม และแตกต่างทางพันธุกรรมจากตัวอย่างที่รายงานในต่างประเทศโดยมีผลการวิเคราะห์ตัวอย่าง T.entolomoides และ T. clypeatus สอดคล้องกับการจำแนกด้วยลักษณะทางสัณฐานวิทยา ขณะที่ผลการวิเคราะห์ทาง phylogenetic ในตัวอย่าง T. globulus T. striatus และ T. aurantiacus ซึ่งไม่สอดคล้องกับการจำแนกทางสัณฐานวิทยา อย่างไรก็ดี เมื่อพิจารณาในกลุ่มเห็นโคนที่ศึกษาพบว่าเห็ดโคนจากบุรีรัมย์มีความแตกต่างทางพันธุกรรมกับเห็ดโคนจากจังหวัดกาญจนบุรี