การระบุชนิดและการหารหัสดีเอ็นเอของซิลิเอตที่พบในทรายชายฝั่งทะเล ที่หาดลูกลม เกาะแสมสาร จังหวัดชลบุรี

Abstract

ซิลิเอตน้ำเค็มที่อาศัยอยู่ในช่องว่างระหว่างเม็ดทรายเป็นกลุ่มของยูคาริโอตขนาดเล็ก ซึ่งเป็นองค์ประกอบที่สำคัญของสังคมสิ่งมีชีวิตตามพื้นท้องน้ำ โดยแสดงบทบาทในการหมุนเวียนสารอาหารและในการควบคุมประชากรของแบคทีเรียและเชื้อรา แม้จะมีความสำคัญถึงเพียงนี้ ความหลากหลายของซิลิเอตเหล่านี้กลับมีการศึกษาไม่มากนักเมื่อเทียบกับการศึกษาซิลิเอตที่อาศัยอยู่ในแหล่งน้ำจืด และที่ดำรงชีวิตเป็นแพลงก์ตอน ยิ่งไปกว่านี้ความถูกต้องในการระบุชนิดของโพรทิสต์กลุ่มนี้บางครั้งทำได้ยากและบ่อยครั้งต้องอาศัยผู้เชี่ยวชาญ จากการใช้ข้อมูลร่วมกันทั้งในทางสัณฐานวิทยาและอณูชีววิทยาเพื่อศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพของซิลิเอตน้ำเค็มระหว่างเม็ดทราย โดยเก็บตัวอย่างทรายในช่วงเดือนกันยายน 2554 ถึง เดือนกรกฎาคม 2555 จากหาดลูกลม เกาะแสมสาร โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ 1) หาช่วงลำดับดีเอ็นเอสายสั้น ๆ หรือดีเอ็นเอบาร์โค้ดเพื่อใช้ในการระบุชนิดของซิลิเอตทะเลบริเวณหาดลูกลม และ 2) ประเมินความเป็นไปได้ในการใช้ช่วงรหัสดีเอ็นเอบาร์โค้ดในการระบุชนิดของซิลิเอต พื้นทรายชายฝั่งทะเลที่พบได้โดยทั่วไป จากการศึกษาภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง พบซิลิเอตจำนวน 61 ชนิด 29 สกุล ในจำนวนนี้พบซิลิเอตกลุ่ม trachelocercid มากที่สุดถึง 13 ชนิด และมี ซิลิเอตจำนวน 12 สกุล 13 ชนิด ที่พบรายงานเป็นครั้งแรกของประเทศไทย แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตหน้าดินขนาดเล็กที่ยังไม่ได้รับการสำรวจ การเพิ่มจำนวนและการหาลำดับ นิวคลีโอไทด์ของไรโบโซมอลดีเอ็นเอที่ครอบคลุม ยีน 18S, ช่วงลำดับ ITS1, ยีน 5.8S, ช่วงลำดับ ITS2 และส่วนต้นของยีน 28S rDNA ได้ผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอขนาดประมาณ 2,900-3,600 คู่เบส จำนวนทั้งหมด 33 สาย จากเซลล์ตัวอย่าง 20 ชนิด ใน 12 สกุล โดยเมื่อนำลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้ทั้งสายไปวิเคราะห์เพื่อหาช่วงที่เหมาะสมที่สุดที่จะใช้เป็นดีเอ็นเอบาร์โค้ดสำหรับการระบุชนิดสิ่งมีชีวิตที่ศึกษา พบว่าจาก ซิลิเอตจำนวนทั้งหมด 12 สกุล มี 9 สกุล ที่สามารถระบุชนิดได้ถูกต้องด้วยการใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาดประมาณ 500-600 คู่เบส ในบริเวณยีน 18S ขณะที่อีก 3 สกุล สามารถระบุชนิดได้ถูกต้องด้วยการใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาดประมาณ 500-600 คู่เบส ในบริเวณ ITS1, 5.8S, ITS2 และบางส่วนของ 28S จากการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของดีเอ็นเอบาร์โค้ดที่เสนอ พบค่าความห่างระหว่างชนิดเฉลี่ยสูงอยู่ในช่วง 1.31-15.98% และภายในชนิดต่ำอยู่ช่วง 0.00-3.91% แสดงให้เห็นว่าดีเอ็นเอบาร์โค้ดในช่วง 500-600 คู่เบส มีประโยชน์สามารถใช้ในการระบุชนิดของสิ่งมีชีวิตที่ศึกษาได้ การศึกษาครั้งนี้ ไม่เพียงแต่เป็นการริเริ่มนำข้อมูลทางอณูชีววิทยามาประยุกต์ใช้ในการระบุชนิดทางอนุกรมวิธานของ ซิลิเอตตามพื้นทรายใต้ท้องทะเล แต่ยังชี้ให้เห็นถึงความต้องการของการสำรวจในเชิงลึกและวงกว้างของความหลากหลายทางชีวภาพของโพรทิสต์ตามพื้นน้ำใต้ท้องทะลในประเทศไทยอีกด้วย