ระบาดวิทยาและการจำแนกสายพันธุ์ระดับโมเลกุลของเชื้อฮิวแมนโพลีโอมาไวรัสในผู้ป่วยระบบทางเดินหายใจในประเทศไทย

Abstract

เชื้อฮิวแมนโพลีโอมาไวรัส (Human Polyomaviruses, HPyV) เป็นดีเอ็นเอไวรัสที่มีขนาดเล็ก จัดอยู่ใน family Polyomaviridae ซึ่งมีสารพันธุกรรมเป็นดีเอ็นเอสายคู่ขนาดประมาณ 5 kb งานวิจัยนี้ศึกษาความชุก และลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อฮิวแมนโพลีโอมาไวรัส ได้แก่ WU, KI, MC และ HPyV9 ที่อาจติดเชื้อในผู้ป่วยระบบทางเดินหายใจที่พบในประเทศไทยช่วงปี 2009-2013 โดยตรวจสอบเชื้อฮิวแมนโพลีโอมาไวรัส ด้วยวิธี semi-nested PCR และหาลำดับสารพันธุกรรมทั้งจีโนม จากนั้นทำการวิเคราะห์ multiple sequences alignment และ Phylogenetic tree จากการศึกษาระบาดวิทยาของ ฮิวแมนโพลีโอมาไวรัสนั้น พบว่ามีการระบาดของ WU polyomavirus (WUPyV) คิดเป็น 0.16% (1/614) เท่านั้น แต่ไม่พบการระบาดของ KIPyV , HPyV9 และ MCPyV จากการศึกษาสารพันธุกรรมทั้งจีโนมของ WUPyV (isolate CU_Chonburi 3) นั้นมีการเปลี่ยนของลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ non-coding regions หลายตำแหน่งและมีการเปลี่ยนของกรดอะมิโนของโปรตีน VP1 (ตำแหน่ง S347T และ G79T) , VP2 (ตำแหน่ง L40V, G120R, Y121I, P123R, L137F, Q287R และ A327V), LTAg (ตำแหน่ง Q357P, V369E, E377K, D378V, A381T, R382E, R383G และ D389G) และ STAg (ตำแหน่ง R139S, K141E, R148K และ W153C) นอกจากนี้จาก Phylogenetic tree พบว่า WUPyV (isolate CU_Chonburi 3) มีความสัมพันธ์ใกล้เคียงกับ WUPyV ที่มีรายงานก่อนหน้านี้ (ความเหมือน 99%) ได้แก่ WUPyV reference sequence (NC 009539), isolate MN 2726 ในประเทศออสเตรเลีย ปี 2010 และ isolate CU-295 ในประเทศไทย ปี 2008 โดยสรุปข้อมูลที่ได้จากการศึกษานี้สามารถใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานทางด้านระบาดวิทยาและการจำแนกสายพันธุ์ระดับโมเลกุลของเชื้อฮิวแมนโพลีโอมาไวรัสซึ่งอาจมีประโยชน์ต่อไปในอนาคต