Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/64184
| Title: | การวิเคราะห์เมทิลเลชันของยีน DIO2 ในผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อม |
| Other Titles: | Methylation analysis of the DIO2 gene in knee osteoarthritis patients |
| Authors: | ธารทอง สุขภารังษี |
| Advisors: | รัชนีกร ธรรมโชติ นครินทร์ กิตกำธร |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ |
| Advisor's Email: | Ratchaneekorn.T@Chula.ac. ไม่มีข้อมูล |
| Issue Date: | 2561 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | โรคข้อเข่าเสื่อมเป็นโรคที่เกี่ยวกับการเสื่อมของกระดูกอ่อน เกิดได้จากหลายปัจจัย เช่น อายุ น้ำหนักตัว และพันธุกรรม มีการศึกษาพบว่า การเปลี่ยนแปลงสภาวะเหนือพันธุกรรม (epigenetics) โดยเฉพาะดีเอ็นเอเมทิลเลชันของยีนต่าง ๆ ได้แก่ ยีน Growth differentiation factor 5 (GDF5) ยีน SRY-box 9 (SOX9) และยีน Iodothyronine deiodinase 2 (DIO2) สัมพันธ์กับการเกิดโรคข้อเข่า เสื่อม ทั้งยังเคยมีการศึกษาในเนื้อเยื่อกระดูกอ่อนของชาวคอเคเชียน พบว่าโรคข้อเข่าเสื่อมสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงเมทิลเลชันบริเวณ CpG islands ของโปรโมเตอร์ยีน DIO2 ส่งผลให้เกิดการสลาย cartilage matrix และการสะสมแร่ธาตุในกระดูกอ่อน จึงทำให้เกิดความสนใจศึกษาระดับการเกิด เมทิลเลชันของยีน DIO2 ในผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อมชาวไทย โดยสกัดดีเอ็นเอจากเลือดของผู้ป่วยและคน ปกติกลุ่มละ 50 คน มาตรวจสอบการเกิดเมทิลเลชันด้วยวิธี Methylation-Specific PCR (MSP) พบว่า เกิดอุปสรรคในขั้นตอนการออกแบบไพรเมอร์ ซึ่งไพรเมอร์ที่ออกแบบทั้งจากซอฟต์แวร์และออกแบบ ด้วยตัวเอง ไม่จำเพาะต่อลำดับเบสของยีนที่ศึกษา ส่งผลให้เมื่อทำเจลอิเล็กโทรโฟรีซิสจึงไม่ขึ้นแถบดีเอ็นเอที่มีขนาดตรงกับขนาดของผลิตภัณฑ์ PCR ที่ต้องการ ทั้งนี้เนื่องมาจากบริเวณส่วนใหญ่ของยีน DIO2 มีการเรียงตัวของเบสอะดีนีนและไทมีนซ้ำเป็นจำนวนมาก ส่งผลต่อการจำเพาะของไพรเมอร์ อุณหภูมิ melting temperature (Tm) รวมไปถึงประสิทธิภาพการทำงานของ Taq DNA polymerase ดังนั้นเทคนิค MSP อาจจะไม่เหมาะสมในการวิเคราะห์เมทิลเลชันของยีน DIO2 |
| Other Abstract: | Knee osteoarthritis (OA) is caused by degradation of cartilage. Risk factors include advancing age, body weight and genetics. Previous studies suggested that epigenetics especially DNA methylation in many genes were associated with knee OA such as Growth differentiation factor 5 (GDF5), SRY-box 9 (SOX9) and Iodothyronine deiodinase 2 (DIO2). Another previous study in cartilage tissue from Caucasian volunteers reported that knee OA was associated with changing methylation level at the CpG islands of DIO2 promoter that effected cartilage matrix degrading and mineralization. Hence, this study aims to investigate methylation level of the DIO2 gene in knee OA in Thai patients compared to healthy knee (50 samples in each group) through Methylation-Specific PCR (MSP) technique. However, we encountered problems in primer design process. Both primers from designed by MSP primer design software and manually were not specific to sequences of the target gene. Results from gel electrophoresis showed the PCR products at the different size of the expected PCR products. It may be due to the fact that a large area of DIO2 gene includes adenine and thymine repeats that effect primer specificity, melting temperature (Tm) and efficiency of Taq DNA polymerase. Thus, MSP technique is not appropriate methylation analysis of DIO2 gene. |
| Description: | โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาพันธุศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2561 |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/64184 |
| Type: | Senior Project |
| Appears in Collections: | Sci - Senior Projects |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Thanthong_S_Se_2561.pdf | 1.35 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.