การประยุกต์ใช้ประจุอะตอมแบบเซมิเอมพิริกัลพีเอ็ม7 เพื่อปรับเพิ่มความแม่นยาการเข้าจับของออโต้ด๊อกวีนา

ปวริศร ปัณยาลักษณ

Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78211

Title:	การประยุกต์ใช้ประจุอะตอมแบบเซมิเอมพิริกัลพีเอ็ม7 เพื่อปรับเพิ่มความแม่นยาการเข้าจับของออโต้ด๊อกวีนา
Other Titles:	Application of PM7 semi-empirical atomic charges to enhance docking accuracy of AutoDock Vina
Authors:	ปวริศร ปัณยาลักษณ
Advisors:	สมศักดิ์ เพียรวณิช
Other author:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
Advisor's Email:	ไม่มีข้อมูล
Subjects:	การยึดจับกับโปรตีน Protein binding
Issue Date:	2559
Publisher:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract:	ในปัจจุบันเทคนิคการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลเป็นเทคนิคที่ได้รับการยอมรับและใช้กันอย่าง แพร่หลายสำหรับทำนายโครงสร้างการเข้าจับกันของโปรตีนและตัวยับยั้ง เพราะสามารถให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ ต่อการพัฒนายาชนิดใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นได้ จากการศึกษาที่ผ่านมาพบว่าการใช้ประจุอะตอมของโปรตีน และตัวยับยั้งที่คำนวณด้วยวิธีที่แตกต่างกันจะส่งผลต่อการทำนายตำแหน่งในการเข้าจับของตัวยับยั้ง ในงานวิจัยนี้ จึงได้ทำการศึกษาผลของการใช้ประจุอะตอมที่คำนวณด้วยวิธีเซมิเอมพิริกัลที่แตกต่างกันจำนวน 3 วิธี คือ พีเอ็ม 7, พีเอ็ม 6 และพีเอ็ม 6-ดี 3 เอช 4 ที่มีต่อความถูกต้องในการทำนายโครงสร้างการเข้าจับของตัวยับยั้ง โดยใช้ โครงสร้างสารเชิงซ้อนระหว่างโปรตีนกับตัวยับยั้งจากฐานข้อมูล PDBbind จำนวนทั้งหมด 182 โครงสร้าง และ คำนวณการเข้าจับด้วยโปรแกรม AutoDock Vina ผลการคำนวณพบว่าค่าอัตราความสำเร็จของการคำนวณโดย ใช้ประจุอะตอม PM7, PM6 และ PM6-D3H4 มีค่าเท่ากับ 81.3%, 76.4% และ 76.9% ตามลำดับ นั่นคือประจุ อะตอมแบบ PM7 ให้ผลที่มีความถูกต้องสูงกว่าประจุอะตอม PM6 และ PM6-D3H4 และเมื่อพิจารณาเรื่องเวลาที่ ใช้ในการคำนวณประจุอะตอมทั้งสามชนิดที่ไม่ได้แตกต่างกัน ทำให้ได้ข้อสรุปว่าควรใช้ประจุอะตอมชนิด PM7 สำหรับการคำนวณในอนาคต
Other Abstract:	Nowadays, molecular docking calculation is an acceptable and widely-used technique for predicting a binding structure between protein and inhibitor because it can provide useful information for the development of new more effective drugs. Previous studies indicated that the use of atomic charges of both protein and inhibitor calculated with different methods could affect the prediction of binding position of inhibitor. In this research, effects of using atomic charges calculated with three different semi-empirical methods, i.e. PM7, PM6, and PM6-D3H4, on the accuracy of docking calculations with AutoDock Vina were studied. A total of 182 complex structures in the PDBbind database was employed. The results show that the docking calculations using PM7, PM6, and PM6-D3H4 atomic charges have success rate of 81.3%, 76.4%, and 76.9%, respectively. Thus, the PM7 atomic charges give higher accuracy than those of PM6 and PM6 - D3H4. As the computation time for calculating the three atomic charges are comparable, it can be concluded that the PM7 atomic charges are recommended for future calculation.
Description:	โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาเคมี. คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2559
URI:	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78211
Type:	Senior Project
Appears in Collections:	Sci - Senior Projects

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
Pawaris Pa_Se_2559.pdf		5.77 MB	Adobe PDF	View/Open

Show full item record