Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/66715
| Title: | การคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลระหว่างเอชไอวี-1 อินติเกรสกับสารยับยั้งโดยใช้โครงสร้างของเอนไซม์ที่แตกต่างกัน |
| Other Titles: | Molecular docking calculations of HIV-1 integrase and its inhibitor using various enzyme structures |
| Authors: | กัณฐิกา เอื้ออนุกูลพงษ์ |
| Advisors: | สมศักดิ์ เพียรวณิช |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ |
| Advisor's Email: | Somsak.T@Chula.ac.th |
| Issue Date: | 2558 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | ในปัจจุบันเทคนิคการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลได้รับการยอมรับและถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายเพื่อทำนายโครงสร้างการเข้าจับระหว่างเอนไซม์กับสารยับยั้ง อย่างไรก็ตามความถูกต้องแม่นยำของการคำนวณจะขึ้นกับโครงสร้างของเอนไซม์ที่นำมาใช้ ในงานวิจัยนี้ได้ทำการศึกษาหาผลกระทบของการใช้โครงสร้างอินติเกรสที่แตกต่างกันที่มีต่อผลการคำนวณโครงสร้างการเข้าจับระหว่างเอชไอวี-1 อินติเกรสกับยาโดลูเทกราเวียด้วยโปรแกรม AutoDock VINA โดยใช้โครงสร้างของอินติเกรสจำนวน 19 โครงสร้างที่นำมาจากธนาคารข้อมูลโปรตีน นอกจากนั้นยังศึกษาผลของการใช้โครงสร้างอินติเกรสที่มีการเติมและไม่เติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไป รวมถึงการเติมและไม่เติมตำแหน่งของโลหะที่เป็นโคแฟคเตอร์ ผลการคำนวณพบว่า โครงสร้างจำนวน 8 โครงสร้างให้ค่าพลังงานการเข้าจับที่เป็นบวก บ่งชี้ว่าโครงสร้างเหล่านี้ไม่เหมาะสำหรับนำมาใช้ในการคำนวณ เมื่อเปรียบเทียบโครงสร้างแบบที่ไม่เติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไปและไม่เติมโลหะ (โครงสร้างระบบที่ 1) โครงสร้างระบบที่มีการเติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไปแต่ไม่เติมโลหะ (โครงสร้างระบบที่ 2) และโครงสร้างระบบที่มีการเติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไปและโลหะทั้ง 2 ตัว (โครงสร้างระบบที่ 3) พบว่ามีเพียง 2 โครงสร้างที่มีลำดับค่าพลังงานการเข้าจับที่สอดคล้องกับความเป็นจริง นั่นคือ โครงสร้างที่มี PDB code เป็น 1EXQ และ 2ITG และเมื่อเปรียบเทียบข้อมูลโครงสร้างการเข้าจับที่คำนวณได้กับโครงสร้างเอกซเรย์ของ PFV กับ โดลูเทกราเวีย พบว่าโครงสร้างที่เหมาะสมที่จะนำไปใช้ในการคำนวณในอนาคตคือ โครงสร้างที่มี PDB code 1EXQ |
| Other Abstract: | Nowadays molecular docking calculation technique is widely accepted and has been used to predict a binding structure between enzyme and inhibitor. However, an accuracy of the calculation depends on a structure of the enzyme that is used. In this research, effect of employing different integrase structures on the docked structure between HIV-1 integrase (IN) and dolutegravir drug was studied by using AutoDock VINA. 19 different IN structures were taken from the Protein Data Bank. In addition, effect of adding missing residues and metal co-factor were investigated. The results showed that 8 IN structures gave positive binding affinities which indicates that these structures are not appropriate for the docking calculations. Considering IN structure without adding missing residues and metals (system 1), IN structure with adding only missing residues but not metals (system 2) and IN structure with adding both missing residues and metals (system 3), only 2 structures, which structures with PDB code 1EXQ and 2ITG, have the corrected order of binding affinity. Comparing the docked structures with the X-ray structure of PVF-dolutegravir complex, IN structure with PDB code 1EXQ is the most suitable structure for future docking calculation. |
| Description: | โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาเคมี คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2558 |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/66715 |
| Type: | Senior Project |
| Appears in Collections: | Sci - Senior Projects |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Kantika_Eu_Se_2558.pdf | 2.54 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.