WHITE SPOT DISEASE (WSD) IN PACIFIC WHITE SHRIMP (LITOPENAEUS VANNAMEI) IN THAILAND: EPIDEMIOLOGY, DISEASE ASSOCIATED RISK FACTORS AND MOLECULAR TYPING

Patharapol Piamsomboon

dc.contributor.advisor	Janenuj Wongtavatchai	en_US
dc.contributor.advisor	Chaidate Inchaisri	en_US
dc.contributor.author	Patharapol Piamsomboon	en_US
dc.contributor.other	Chulalongkorn University. Faculty of Veterinary Science	en_US
dc.date.accessioned	2016-12-01T08:01:45Z
dc.date.available	2016-12-01T08:01:45Z
dc.date.issued	2015	en_US
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/50182
dc.description	Thesis (Ph.D.)--Chulalongkorn University, 2015	en_US
dc.description.abstract	Prevalence of white spot disease (WSD) in an intensive shrimp culture area located in Chanthaburi province, Thailand during 2009-2014 was observed. Retrospective data of 1,952 WSD cases were analyzed for the association between WSD occurrence and climate factors negative binomial regression (NBR) models. A high number of WSD cases were found between October to February, while a less number of cases were reported during March to June, and the lowest numbers were reported in May. The multivariate NBR model indicated significant associations between an increased number of WSD cases with decreased atmospheric temperature and more variation of daily atmospheric temperature. Case-control study using logistic regression model was also used to identify the risk of WSD occurrence at farm-level in this area. Results of an interview survey of 157 intensive shrimp farms showed that farms sharing inlet water, culturing shrimp year round and with a single owner operating more than one farm were identified as WSD risk factors. The analysis also showed WSD risks to be reduced at farms that applied lime to disinfect pond bottoms and use of probiotics feeding supplementation. A total of 137 white spot syndrome virus (WSSV) samples causing disease in pond during 2007-2014 were collected from eastern and southern Thailand. The variations in their genome were analyzed using Polymerase chain reaction (PCR) targeting the 5 variable loci, including Indel-I, Indel-II and Variable number tandem repeats (VNTRs) located in ORF75, 125 and 94. Analysis of Indel-I and Indel-II showed the newly 3 WSSV genotypes identified in Thailand. These genotypes were related to WSSV from Vietnam, India, Brazil and Saudi Arabia. Analysis of the VNTRs showed high degree of variation, which at least 33 genotypes were detected. The similarity of WSSV genome in several WSSV isolated collected during 2007-2014 suggested that WSSV genome is now stable. The results from this study may be used as database for further epidemiological study of WSSV.	en_US
dc.description.abstractalternative	การศึกษานี้สำรวจความชุกของโรคตัวแดงดวงขาวในเขตอุตสาหกรรมการเลี้ยงกุ้งในจังหวัดจันทบุรี ระหว่างปี พ.ศ. 2552 ถึง พ.ศ. 2557 และหาความสัมพันธ์ระหว่างสภาพภูมิอากาศกับการเกิดโรคตัวแดงดวงขาวทั้งหมด 1,952 ครั้งในช่วงระยะเวลาการศึกษา โดยการใช้โมเดลทางสถิติคือ negative binomial regression (NBR) models โดยจำนวนครั้งของการเกิดโรคนั้นพบมากระหว่างเดือนตุลาคมถึงกุมภาพันธ์ โดยจะเริ่มลดลงตั้งแต่เดือนมีนาคมถึงมิถุนายน และน้อยที่สุดในเดือนพฤษภาคม จากผลของ multivariate NBR model พบว่า จำนวนครั้งการเกิดโรคตัวแดงดวงขาวที่เพิ่มขึ้นสอดคล้องกับอุณหภูมิอากาศที่ลดลง และการเพิ่มของระดับการเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิอากาศระหว่างวัน นอกจากนี้ได้มีการหาปัจจัยเสี่ยงของการเกิดโรคตัวแดงดวงขาวในระดับฟาร์มในเขตดังกล่าวด้วยวิธีการศึกษาเชิงวิเคราะห์แบบย้อนหลังจากผลไปหาเหตุ (case-control study) โดยใช้แบบสอบถามและการสัมภาษณ์เกษตรกรทั้งหมด 157 ฟาร์ม และนำข้อมูลที่ได้มาวิเคราะห์ด้วยโมเดลทางสถิติคือ logistic regression model การศึกษาพบว่าการใช้น้ำร่วมกันจากคลองส่งน้ำ การเลี้ยงกุ้งตลอดปีโดยไม่เว้นช่วง และในกรณีที่เกษตรกรเป็นเจ้าของฟาร์มมากกว่า 1 ฟาร์มนั้นเป็นปัจจัยเสี่ยงของการเกิดโรคตัวแดงดวงขาวในจันทบุรี ในทางกลับกันพบว่าการใช้ปูนขาวสาดพื้นบ่อเพื่อฆ่าเชื้อโรค และการผสมโพรไบโอติกในอาหารนั้นลดโอกาสการเกิดโรค การศึกษานี้ได้เก็บตัวอย่างเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวจากกุ้งที่เกิดโรคทั้งหมด 137 ตัวอย่างจากภาคตะวันออกและภาคใต้ของประเทศไทยในช่วงปี พ.ศ. 2550 ถึง พ.ศ. 2557 และได้นำมาหาความแตกต่างในระดับพันธุกรรมโดยใช้วิธีการทำปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส (polymerase chain reaction; PCR) ในการเพิ่มจำนวนสายพันธุกรรมที่ตำแหน่งที่ใช้จำแนกความหลากหลายทางพันธุกรรม ได้แก่ Indel-I, Indel-II และ Variable number tandem repeats (VNTRs) ที่อยู่ใน ORF ที่ 75, 125 และ 94 ซึ่งผลการวิเคราะห์ Indel-I และ Indel-II พบว่ามีเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวอย่างน้อย 3 จีโนไทป์ในประเทศไทย ซึ่งจีโนไทป์ดังกล่าวมีความใกล้เคียงกับเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวจากประเทศ เวียดนาม อินเดีย บราซิล และ ซาอุดิอาระเบีย สำหรับการวิเคราะห์ VNTRs นั้นพบความหลากหลายทางพันธุกรรมมากกว่า โดยพบชนิดของ เชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวอย่างน้อย 33 จีโนไทป์ และจากการวิเคราะห์ในระดับพันธุกรรมทั้งหมดพบว่า พันธุกรรมของเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวนั้นมีความคงที่ในระหว่างปี พ.ศ. 2550 ถึง พ.ศ. 2557 ซึ่งผลการศึกษานี้อาจนำมาใช้เป็นแหล่งข้อมูลอ้างอิงสำหรับการศึกษาทางระบาดวิทยาของโรคตัวแดงดวงขาวต่อไปในอนาคต	en_US
dc.language.iso	en	en_US
dc.publisher	Chulalongkorn University	en_US
dc.relation.uri	http://doi.org/10.14457/CU.the.2015.507
dc.rights	Chulalongkorn University	en_US
dc.subject	Litopenaeus vannamei
dc.subject	Shrimps -- Diseases
dc.subject	Shrimps -- White spot disease
dc.subject	กุ้งขาวแวนนาไม
dc.subject	กุ้ง -- โรค
dc.subject	กุ้ง -- โรคตัวแดงดวงขาว
dc.title	WHITE SPOT DISEASE (WSD) IN PACIFIC WHITE SHRIMP (LITOPENAEUS VANNAMEI) IN THAILAND: EPIDEMIOLOGY, DISEASE ASSOCIATED RISK FACTORS AND MOLECULAR TYPING	en_US
dc.title.alternative	โรคตัวแดงดวงขาวในกุ้งขาวแวนนาไม (Litopenaeus vannamei) ในประเทศไทย: ระบาดวิทยา ปัจจัยเสี่ยงของโรคและการจำแนกทางอณูชีววิทยา	en_US
dc.type	Thesis	en_US
dc.degree.name	Doctor of Philosophy	en_US
dc.degree.level	Doctoral Degree	en_US
dc.degree.discipline	Veterinary Medicine	en_US
dc.degree.grantor	Chulalongkorn University	en_US
dc.email.advisor	Janenuj.W@Chula.ac.th,janenuj.w@chula.ac.th	en_US
dc.email.advisor	Chaidate.I@Chula.ac.th	en_US
dc.identifier.DOI	10.14457/CU.the.2015.507