GENETIC CHARACTERIZATION OF S1 GENE OF INFECTIOUS BRONCHITIS VIRUS ISOLATED FROM CHICKENS IN THAILAND DURING 2014-2016

Sirorat Munyahongse

dc.contributor.advisor	Aunyaratana Thontiravong
dc.contributor.advisor	Jiroj Sasipreeyajan
dc.contributor.author	Sirorat Munyahongse
dc.contributor.other	Chulalongkorn University. Faculty of Veterinary Science
dc.date.accessioned	2018-04-11T01:39:56Z
dc.date.available	2018-04-11T01:39:56Z
dc.date.issued	2017
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/58386
dc.description	Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2017
dc.description.abstract	Infectious bronchitis (IB), caused by infectious bronchitis virus (IBV), is a highly contagious respiratory disease in chickens, causing significant economic losses in poultry industry worldwide. IBV has a high frequency of genetic mutation and recombination in its genome, particularly in the S1 gene, resulting in the emergence of several new IBV variants. This potentially affects the effectiveness of currently used IBV vaccine. Therefore, the continuous monitoring of the currently circulating IBV strains is essential. In this study, the genetic characteristic of IBV strains circulating in Thai chicken flocks during 2014-2016 was investigated by analysis of the complete S1 gene. A total of 629 (37.7%) out of 1,668 samples, collected from all chicken-raising regions of Thailand, was positive for IBV by S1-specific RT-PCR. The results showed that IBV was widely distributed in all chicken-raising regions of Thailand. Among the IBV positive samples collected in this study, 150 IBVs were randomly selected for complete S1 gene sequencing and analysis. The results based on the phylogenetic analysis of the complete S1 gene revealed that the 2014-2016 Thai IBVs characterized in this study were clustered into five genotypes, including QX-like IBV (n=129), Massachusetts (n=12), 4/91 (n=5), Connecticut (n=2) and a novel IBV genotype (n=2). The results demonstrated that QX-like IBV has become the predominant genotype currently circulating in Thailand. Recombination analysis of the S1 gene of the 2014-2016 Thai IBVs showed the emergence of a novel recombinant IBV genotype originating from Thai QX-like IBV and 4/91 vaccine strain, which was first identified in this study. Overall, the results from this study indicate that the genetic characteristic of Thai IBVs has changed when compared to the characteristic described in previous reports, suggesting the continuing evolution of IBV in Thailand. Therefore, this study highlights the importance of continuous IBV surveillance in chickens for effective control and prevention of IB.
dc.description.abstractalternative	โรคหลอดลมอักเสบติดต่อ เกิดจากเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อ เป็น โรคติดเชื้อไวรัสที่ระบบทางเดินหายใจที่สำคัญในไก่ โรคนี้จัดเป็นโรคที่ทำให้เกิดความสูญเสียทางเศรษฐกิจในอุตสาหกรรมการเลี้ยงไก่ทั่วโลก เนื่องจากเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อสามารถเกิดการกลายพันธุ์ (mutation) และเกิดการแลกเปลี่ยนลำดับพันธุกรรม (recombination) ของสายพันธุกรรมได้อย่างรวดเร็ว และบ่อยครั้ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในส่วนยีน S1 มีผลทำให้เกิดการอุบัติของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ใหม่ขึ้นมาอย่างต่อเนื่อง และเป็นจำนวนมาก ซึ่งมักส่งผลกระทบต่อประสิทธิภาพของวัคซีนป้องกันโรคหลอดลมอักเสบติดต่อที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน ดังนั้นการศึกษาติดตามลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อที่ระบาดอยู่ในปัจจุบันจึงมีความสำคัญเป็นอย่างยิ่ง การศึกษาวิจัยครั้งนี้เป็นการศึกษาลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อที่ระบาดในไก่ในประเทศไทยระหว่างปี พ.ศ. 2557-2559 โดยวิเคราะห์จากยีน S1 จากผลการศึกษาพบตัวอย่างที่ให้ผลบวกต่อเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อด้วยวิธี RT-PCR ที่จำเพาะต่อยีน S1 จำนวนทั้งหมด 629 ตัวอย่าง คิดเป็นร้อยละ 37.7 จากตัวอย่างที่เก็บจากทุกภูมิภาคที่มีการเลี้ยงไก่ในประเทศไทยจำนวนทั้งหมด 1,668 ตัวอย่าง ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อมีการกระจายตัวเป็นวงกว้างในทุกภูมิภาคที่มีการเลี้ยงไก่ในประเทศไทย นอกจากนี้ได้ทำการสุ่มเลือกเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อมาทำการหาลำดับพันธุกรรม และวิเคราะห์ลักษณะทางพันธุกรรมของยีน S1 จำนวน 150 ตัวอย่างผลการศึกษาลักษณะทางพันธุกรรมของยีน S1 แสดงให้เห็นว่าเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อในประเทศไทยที่ระบาดระหว่างปี พ.ศ. 2557-2559 มีทั้งหมด 5 จีโนไทป์ ได้แก่ QX-like IBV (จำนวน 129 ตัวอย่าง), Massachusetts (จำนวน 12 ตัวอย่าง), 4/91 (จำนวน 5 ตัวอย่าง), Connecticut (จำนวน 2 ตัวอย่าง) และ novel IBV genotype (จำนวน 2 ตัวอย่าง) จากผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ QX-like จัดเป็นจีโนไทป์หลักที่มีการระบาดในฝูงไก่ในประเทศไทยในปัจจุบัน นอกจากนี้จากผลการวิเคราะห์การแลกเปลี่ยนลำดับพันธุกรรมของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อที่มีการระบาดในระหว่างปี พ.ศ. 2557-2559 พบการอุบัติของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อชนิดรีคอมบิแนนท์ จีโนไทป์ใหม่ ที่เกิดมาจากการแลกเปลี่ยนลำดับพันธุกรรมระหว่างเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ QX-like ที่ระบาดในประเทศไทย และเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อสายพันธุ์ 4/91 จากผลการศึกษานี้โดยรวมพบว่าลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อที่ระบาดในไก่ในประเทศไทยมีการเปลี่ยนแปลงไปเมื่อเปรียบเทียบกับการศึกษาก่อนหน้า แสดงให้เห็นว่าเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อที่ระบาดในไก่ในประเทศไทยมีการปรับตัวและวิวัฒนาการอย่างต่อเนื่อง ดังนั้นการศึกษานี้ชี้ให้เห็นถึงความสำคัญของการตรวจติดตามลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่ออย่างต่อเนื่อง เพื่อให้สามารถควบคุมและป้องกันการแพร่กระจายของเชื้อไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อได้อย่างรวดเร็ว และมีประสิทธิภาพ
dc.language.iso	en
dc.publisher	Chulalongkorn University
dc.relation.uri	http://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2017.557
dc.rights	Chulalongkorn University
dc.title	GENETIC CHARACTERIZATION OF S1 GENE OF INFECTIOUS BRONCHITIS VIRUS ISOLATED FROM CHICKENS IN THAILAND DURING 2014-2016
dc.title.alternative	การศึกษาลักษณะทางพันธุกรรมของยีนเอสวันของไวรัสหลอดลมอักเสบติดต่อที่แยกได้จากไก่ในประเทศไทยระหว่างปีพ.ศ. 2557-2559
dc.type	Thesis
dc.degree.name	Master of Science
dc.degree.level	Master's Degree
dc.degree.discipline	Veterinary Pathobiology
dc.degree.grantor	Chulalongkorn University
dc.email.advisor	Aunyaratana.T@chula.ac.th,Aunyaratana.T@chula.ac.th
dc.email.advisor	Jiroj.S@Chula.ac.th
dc.identifier.DOI	10.58837/CHULA.THE.2017.557