DSpace Repository

Validation of LAMP-LFD Ehrlichia canis DNA sensor Kit

Show simple item record

dc.contributor.advisor Meena Sarikaputi
dc.contributor.advisor Nareerat Viseshakul
dc.contributor.author Pipat Jirapiti
dc.contributor.other Chulalongkorn University. Faculty of Veterinary Science
dc.date.accessioned 2019-02-26T13:23:53Z
dc.date.available 2019-02-26T13:23:53Z
dc.date.issued 2018
dc.identifier.uri http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/61295
dc.description Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2018
dc.description.abstract Diagnosis of Canine Monocytic Ehrlichiosis is in light of anamesis, visualized cytoplasmic morulae, clinical signs and laboratory test result of platelet counts.  The PCR technique is always a definitive confirmatory test of Ehrlichia canis infection.   However, the drawback of PCRs test is crucially needed of laboratory equipments.  This drawback is somehow enabled newly DNA based technology to be developed in order to eliminate laborious thermocycler and gel electrophoresis.  The LAMP-LFD is on focus by using a single temperature to amplify DNA and no gel electrophoresis involved to detect DNA product.   LAMP-LFD is included in DNAsensor test kit that recently developed to replace the special equipment requirement for PCRs.  This work is aimed to validate LAMP-LFD against nested PCR and single PCR.  The validation results showed that nPCR, LAMP-LFD and sPCR are equally in specificity test meanwhile, they have different degrees of sensitivity.  nPCR is determined to be the most sensitive method.   However, sensitivity of LAMP-LFD and sPCR  when compare to nPCR are 78.57% (95% CI= 63.19%-89.70%) and 40.48% (95% CI 25.63% to 56.72%) respectively.  The Cohen’s kappa coefficient revealed that nPCR and LAMP-LFD is in substantial agreement (0.785, 89.28% observed agreement) but not sPCR.  The application of LAMP-LFD is hence capable of being an alternative method of molecular diagnostic test for CME and a point-of-veterinary care device.
dc.description.abstractalternative การวินิจฉัยโรคในสุนัข Canine Monocytic Ehrlichiosis (CME) ขึ้นอยู่กับหลายปัจจัย ได้แก่ การพิจารณาประวัติการติดโรค, การปรากฏของ cytoplasmic morulae ภายใต้กล้องจุลทรรศน์, อาการทางคลินิกและผลการทดสอบในห้องปฏิบัติจากการนับเกล็ดเลือด ซึ่งปัจจัยดังกล่าวไม่ใช่การยืนยันโรคที่แน่นอน ดังนั้นเรามักใช้เทคนิค PCR ในการยืนยันโรค CME หรือการติดเชื้อ Ehrlichia canis อยู่เสมอ  อย่างไรก็ตาม ข้อเสียของการทดสอบด้วยเทคนิค PCR คือการพึ่งอุปกรณ์ต่างๆ ในห้องปฏิบัติการเป็นสำคัญ  ดังนั้นจึงมีการพัฒนาเทคโนโลยีทางดีเอ็นเอใหม่ๆ ขึ้นเพื่อลดการใช้อุปกรณ์และเครื่องมือ เช่น thermocycler และ gel electrophoresis  LAMP-LFD ถือเป็นนวัตกรรมที่ใช้เพิ่มปริมาณดีเอ็นเอโดยใช้อุณหภูมิคงที่ร่วมกับการใช้ Lateral Flow Device เพื่อแสดงผลการตรวจสอบผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอเป็นแบบแถบ   LAMP-LFD จะรวมอยู่ในชุดทดสอบ DNAsensor ที่ได้รับการพัฒนาขึ้นเพื่อทดแทนความต้องการใช้อุปกรณ์พิเศษสำหรับ PCR และ gel electrophoresis  งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินประสิทธิภาพของ LAMP-LFD เปรียบเทียบกับ nested PCR (nPCR) และ single PCR (sPCR) ผลการตรวจสอบพบว่า nPCR, LAMP-LFD และ sPCR มีค่าความจำเพาะ (specificity) เท่ากันที่ 100 % ในขณะที่ วิธีทั้งสามมีความแตกต่างกันในด้านความไว (sensitivity) ในการทดสอบ nPCR เป็นวิธีที่ความไวมากที่สุดจึงใช้เป็นการบ่งชี้สุนัขในกลุ่มที่เป็นโรค CME   อย่างไรก็ตาม, LAMP-LFD มีความไวเทียบเคียงกับ nPCR ที่ 78.57% (95% Confident Interval, CI = 63.19%-89.70%) ส่วน sPCR อยู่ที่ระดับ 40.48% (95% CI 25.36% -56.72%)   ค่าสัมประสิทธิ์ของ Cohen เมื่อเปรียบเทียบ nPCR กับ LAMP-LFD ถือว่ามีความสอดคล้องกันสูง (0.785, 89.28% observed agreement) แต่มีความสอดคล้องต่ำกับ sPCR  การประยุกต์ใช้ LAMP-LFD จึงอาจใช้เป็นวิธีทางเลือกสำหรับการตรวจวินิจฉัยโรค CME และมีความเป็นไปได้ที่จะถูกนำมาใช้ในห้องปฏิบัติการรวมถึงสถานพยาบาลสัตว์ (point-of-vet care)
dc.language.iso en
dc.publisher Chulalongkorn University
dc.relation.uri http://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2018.521
dc.rights Chulalongkorn University
dc.subject Ehrlichiosis
dc.subject Diagnostic reagents and test kits
dc.subject Biosensors
dc.subject โรคเออร์ลิเซีย
dc.subject ชุดตรวจวินิจฉัยโรคสำเร็จรูป
dc.subject ไบโอเซนเซอร์
dc.subject.classification Veterinary
dc.title Validation of LAMP-LFD Ehrlichia canis DNA sensor Kit
dc.title.alternative การประเมินประสิทธิภาพแลมป์-แอลเอฟดี เออร์ลิเคีย เคนิส ดีเอนเอเซนเซอร์คิท 
dc.type Thesis
dc.degree.name Master of Science
dc.degree.level Master's Degree
dc.degree.discipline Veterinary Biosciences
dc.degree.grantor Chulalongkorn University
dc.email.advisor Meena.S@Chula.ac.th
dc.email.advisor Nareerat.V@Chula.ac.th
dc.subject.keyword เออร์ลิเคีย เคนิส
dc.subject.keyword ดีเอ็นเอเซนเซอร์
dc.subject.keyword แล็ม-บอกผลแบบแถบสี
dc.subject.keyword Ehrlichia canis
dc.subject.keyword DNAsensor kit
dc.subject.keyword LAMP-LFD
dc.identifier.DOI 10.58837/CHULA.THE.2018.521


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record