Abstract:
ไมโครแซเทลไลต์เป็นดีเอ็นเอที่มีการเรียงตัวของเบสซ้ำช่วงสั้นๆ ในหนึ่งหน่วยซ้ำประกอบด้วยลำดับเบส 1-6 คู่เบส พบกระจายอยู่ทั่วไปจีโนมของยูคาริโอต ความผันแปรของไมโครแซเทลไลต์เกิดจากการเพิ่มขึ้นหรือลดลงของจำนวนซ้ำและตรวจสอบได้โดยใช้เทคนิคพีซีอาร์ ไมโครแซเทลไลต์เป็นเครื่องหมายพันธุกรรมที่จำแนกความแตกต่างในสิ่งมีชีวิตต่างๆ ได้ดี เนื่องจากมีความผันแปรของจำนวนซ้ำสูงหรือมีความหลากหลายของจำนวนอัลลีลและมีอยู่มากหลายตำแหน่งในจีโนม ในงานวิจัยนี้ได้แยกไมโครแซเทลไลต์จากจีโนมของกุ้งกุลาดำ โดยการสร้างห้องสมุดยีนแล้วค้นหาโคลนที่มีไมโครแซเทลไลต์ชนิด tri- และ tetranucleotide repeats โดยวิธีโคโลนีไฮบริไดเซชั่น สามารถแยกโคลนได้เป็นจำนวนมาก เมื่อทำการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์พบไมโครแซเทลไลต์ถึง 335 ตำแหน่ง แบบของเบสซ้ำที่พบมาก ได้แก่ (GAA)[subscript n], (GATA)[subscript n], (CAT)[subscript n] และ (ATG)[subscript n] ส่วนเบสซ้ำบางตัวพบน้อยมากหรือไม่พบเลย ได้แก่ (GGAT)[subscript n], (GGAA)[subscript n], (CACC)[subscript n], (CATA)[subscript n] และ (TCAG)[subscript n] ไมโครแซเทลไลต์ชนิด perfect repeats พบมากที่สุด (55.2%) รองลงมาได้แก่ ชนิด imperfect (28.1%) และ compound repeats (16.7%) จำนวนซ้ำที่พบอยู่ในช่วง 4-94 ซ้ำ โดยส่วนมากเฉลี่ยอยู่ในช่วง 5-40 ซ้ำ ไมโครแซเทลไลต์ที่แยกได้สามารถนำมาใช้เป็นเครื่องหมายพันธุกรรมเพื่อตรวจหาความแตกต่างทางพันธุกรรมได้ 26 ตำแหน่ง ซึ่งเครื่องหมายส่วนมากมีความผันแปรสูงมีค่าเฉลี่ยของอัลลีลต่อโลกัสเท่ากับ 17.4 และค่าเฉลี่ยเฮเทอโรไซโกซิตี้เท่ากับ 0.63 จากการนำเครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์จำนวน 5 ตำแหน่ง คือ CUPmol, CUPmo2, CUPmo18, Di25 และ Di27 มาศึกษาความแตกต่างและโครงสร้างทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำ 5 กลุ่มในประเทศไทย (กุ้งสตูล ตรัง และพังงาจากอันดามัน; กุ้งชุมพรและตราดจากอ่าวไทย) ผลการศึกษาพบว่ากุ้งกุลาดำในประเทศไทยยังมีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูง (มีค่าอัลลีลอยู่ในช่วง 19 ถึง 30 และค่าเฮเทอโรไซโกซิตี้อยู่ในช่วง 0.49 ถึง 0.95) และมีความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างกุ้งอันดามันและตราด (P<.0001) แต่ไม่พบความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างอันดามันกับชุมพร (P>.05) นอกจากนี้เครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ที่ตำแหน่ง CUPmo18 และ Di25 สามารถแยกความแตกต่างภายในกุ้งจากอ่าวไทยคือกุ้งชุมพรและกุ้งตราด (P<.0001) แต่ไม่พบความแตกต่างทางพันธุกรรมภายในประชากรกุ้งจากอันดามัน ผลงานวิจัยนี้ให้ข้อมูลพื้นฐานทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำในประเทศไทย ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาปรับปรุงพันธุ์กุ้งกุลาดำของไทยและต่อนโยบายการประมงให้มีการเพิ่มความระมัดระวัง เพื่อไม่ให้มีการปนเปื้อนระหว่างกลุ่มประชากรที่มีพันธุกรรมแตกต่างกันอันจะทำให้สูญเสียความหลากหลายทางพันธุกรรมและอาจทำลายลักษณะทางพันธุกรรมที่เป็นประโยชน์ได้ นอกจากนี้เครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์สามารถนำไปจำแนกครอบครัวกุ้งในโปรแกรมคัดพันธุ์และทำแผนที่จีโนม
