Abstract:
การถอดรหัสเปปไทด์นั้นเป็นองค์ประกอบสำคัญสำหรับการศึกษาโปรตีน โดยทั่วไปแล้วการวิเคราะห์ข้อมูล mass spectrum นั้นจะศึกษาเพียงสายของกรดอะมิโนที่ปรากฏอยู่ในฐานข้อมูลเท่านั้น ทำให้การค้นหาสายเปปไทด์แบบใหม่ที่อาจเกิดจากการกลายพันธุ์นั้นทำได้ยาก วิถีการถอดรหัสด้วยดีโนโวแก้ไขข้อจำกัดนี้ด้วยการถอดรหัสสายเปปไทด์โดยตรงจากข้อมูล mass spectrum โดยใช้ความรู้เกี่ยวกับกระบวนการแตกตัวของไอออน ทำให้ไม่จำเป็นต้องใช้ฐานข้อมูลโปรตีนช่วย อย่างไรก็ดี วิธีดังกล่าวยังมีข้อจำกัดด้านความแม่นยำและต้องการการตรวจทานโดยผู้เชี่ยวชาญ วิทยานิพนธ์ฉบับนี้นำเสนอวิธีการถอดรหัสเปปไทด์ด้วยวิธีการดีโนโวแบบใหม่ชื่อ SMSNet โดยใช้โมเดล deep learning เข้าช่วย โดยยังสามารถทำนายกรดอะมิโนได้อย่างครอบคลุมในระดับความแม่นยำของกรดอะมิโนที่ 95% งานฉบับนี้เสนอขั้นตอน ถอดรหัส ตัดออก และสืบค้น เพื่อตัดผลทำนายในตำแหน่งที่มีความกำกวมออกและใช้ข้อมูลจากฐานข้อมูลโปรตีนช่วยเพื่อให้ทำนายสายเปปไทด์ได้ถูกต้องทั้งเส้น นอกจากนี้ งานนี้ได้นำเสนอการใช้ rescorer ในการแก้ไขคะแนนความมั่นใจสำหรับผลทำนายในแต่ละตำแหน่ง ซึ่งส่งผลให้สามารถแยกกลุ่มคะแนนความมั่นใจสำหรับคำตอบที่ถูกต้องและคำตอบที่ผิดได้ดียิ่งขึ้น เมื่อประกอบทุกขั้นตอนวิธีในงานวิจัยฉบับนี้เข้าด้วยกันพบว่า SMSNet สามารถทำนายสายเปปไทด์ได้ในประสิทธิภาพที่ใกล้เคียงกับการทำนายด้วยฐานข้อมูลในการทดลองจริง
