Abstract:
ในปัจจุบันเทคนิคการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลได้รับการยอมรับและถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายเพื่อทำนายโครงสร้างการเข้าจับระหว่างเอนไซม์กับสารยับยั้ง อย่างไรก็ตามความถูกต้องแม่นยำของการคำนวณจะขึ้นกับโครงสร้างของเอนไซม์ที่นำมาใช้ ในงานวิจัยนี้ได้ทำการศึกษาหาผลกระทบของการใช้โครงสร้างอินติเกรสที่แตกต่างกันที่มีต่อผลการคำนวณโครงสร้างการเข้าจับระหว่างเอชไอวี-1 อินติเกรสกับยาโดลูเทกราเวียด้วยโปรแกรม AutoDock VINA โดยใช้โครงสร้างของอินติเกรสจำนวน 19 โครงสร้างที่นำมาจากธนาคารข้อมูลโปรตีน นอกจากนั้นยังศึกษาผลของการใช้โครงสร้างอินติเกรสที่มีการเติมและไม่เติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไป รวมถึงการเติมและไม่เติมตำแหน่งของโลหะที่เป็นโคแฟคเตอร์ ผลการคำนวณพบว่า โครงสร้างจำนวน 8 โครงสร้างให้ค่าพลังงานการเข้าจับที่เป็นบวก บ่งชี้ว่าโครงสร้างเหล่านี้ไม่เหมาะสำหรับนำมาใช้ในการคำนวณ เมื่อเปรียบเทียบโครงสร้างแบบที่ไม่เติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไปและไม่เติมโลหะ (โครงสร้างระบบที่ 1) โครงสร้างระบบที่มีการเติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไปแต่ไม่เติมโลหะ (โครงสร้างระบบที่ 2) และโครงสร้างระบบที่มีการเติมกรดอะมิโนที่ขาดหายไปและโลหะทั้ง 2 ตัว (โครงสร้างระบบที่ 3) พบว่ามีเพียง 2 โครงสร้างที่มีลำดับค่าพลังงานการเข้าจับที่สอดคล้องกับความเป็นจริง นั่นคือ โครงสร้างที่มี PDB code เป็น 1EXQ และ 2ITG และเมื่อเปรียบเทียบข้อมูลโครงสร้างการเข้าจับที่คำนวณได้กับโครงสร้างเอกซเรย์ของ PFV กับ โดลูเทกราเวีย พบว่าโครงสร้างที่เหมาะสมที่จะนำไปใช้ในการคำนวณในอนาคตคือ โครงสร้างที่มี PDB code 1EXQ
