ลักษณะทางพันธุกรรม และความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของเชื้อไวรัสโรตาชนิดเอ ในประเทศไทยช่วงปี พ.ศ. 2552-2554

Abstract

เชื้อไวรัสโรตาเป็นสาเหตุที่สำคัญของโรคอุจจาระร่วงในเด็ก และเป็นสาเหตุการตายที่สำคัญในเด็กเล็กและเด็กทารกทั่วโลก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในประเทศกำลังพัฒนา สำหรับในประเทศไทยนั้นพบว่า หนึ่งในสามของผู้ป่วยเด็กอุจจาระร่วงที่เข้าพักรักษาตัวในโรงพยาบาล มีสาเหตุมาจากการติดเชื้อไวรัสชนิดนี้ ซึ่งความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับตัวเชื้อไวรัสโรตาในระดับโมเลกุล วิวัฒนาการ และระบาดวิทยาของเชื้อไวรัสโรตา จะเป็นพื้นฐานในการพัฒนาวัคซีนป้องกันโรคนี้ต่อไป ดังนั้น การศึกษานี้จึงได้ศึกษาถึงความชุก ลักษณะทางพันธุกรรม และความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการ ของเชื้อไวรัสโรตากลุ่ม A ในประเทศไทย โดยศึกษาเชื้อไวรัสโรตาที่พบในผู้ป่วยเด็กอุจจาระร่วงที่เข้าพักรักษาตัวในโรงพยาบาลสองแห่งในช่วงเดือนมิถุนายน 2552-เดือนพฤษภาคม 2554 จากการศึกษาในตัวอย่างอุจจาระที่เก็บจากผู้ป่วย 562 ตัวอย่าง ด้วยวิธี RT-PCR พบว่าให้ผลบวกต่อไวรัสโรตา 250 ตัวอย่าง (44.5%) ซึ่งผลการแยกจีโนไทป์พบเป็น G3P[8] (60.4%) มากที่สุด รองลงมา คือ G1P[8] (39.2%) และ G2P[4] (0.4%) หลังจากนั้นศึกษาลักษณะทางพันธุกรรมในเชิงโมเลกุลของไวรัสโรตาทั้ง complete genome (11 ยีน) ทั้งหมด 22 ตัวอย่าง โดยเป็นตัวอย่างที่มีจีโนไทป์ในส่วนของยีน VP7 และ VP4 เป็น G1P[8] 5 ตัวอย่าง G3P[8] 4 ตัวอย่าง G9P[8] 2 ตัวอย่าง G12P[8] 3 ตัวอย่าง G12P[6] 1 ตัวอย่าง G2P[4] 6 ตัวอย่าง และ G3P[9] 1 ตัวอย่าง ผลจาก phylogenetic analysis ของ complete nucleotide sequences ในส่วนของยีน VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5/6 จากตัวอย่างที่มี VP4 จีโนไทป์ P[8] และ P[6] สามารถจำแนกจีโนไทป์ได้เป็น I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1 ตามลำดับ ซึ่งมีความคล้ายกับไวรัสโรตาในคนสายพันธุ์ Wa prototype ส่วนตัวอย่างที่มีจีโนไทป์ G2P[4] สามารถจำแนกจีโนไทป์ได้เป็น I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2 ตามลำดับ ซึ่งมีความสัมพันธ์กับ DS-1 prototype ในขณะที่ตัวอย่างที่มีจีโนไทป์ G3P[9] สามารถจำแนกจีโนไทป์ได้เป็น I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H6 พบว่ามีความคล้ายกับสายพันธุ์ AU-1 prototype และ T152 ที่เชื่อว่าเป็นไวรัสของแมวที่ติดต่อมาสู่คน