PCR-based detection and differentiation of piroplasms and malaria parasites from goats in Thailand

Tu Cam Luu Huynh

dc.contributor.advisor	Morakot Kaewthamasorn
dc.contributor.advisor	Sonthaya Tiawsirisup
dc.contributor.author	Tu Cam Luu Huynh
dc.contributor.other	Chulalongkorn University. Faculty of Veterinary Science
dc.date.accessioned	2020-11-11T11:37:45Z
dc.date.available	2020-11-11T11:37:45Z
dc.date.issued	2019
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/69543
dc.description	Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2019
dc.description.abstract	A novel multiplex PCR (mPCR) was developed to identify and differentiate malaria parasite (Plasmodium caprae), and two piroplasms (Babesia bigemina and Theileria luwenshuni) in Thai goats. Three pairs of primer were designed to be species-specific, targeting cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene in mitochondria. Plasmids containing each parasite’s DNA was serially diluted to evaluate the sensitivity of singleplex and mPCR assays. The specificity of the primer sets was confirmed by testing for amplification from DNA of each pathogen and other related hemoparasites. A total of 100 goat blood samples from five provinces of Thailand was used to validate the reliability and application of the assay. The detection limit of the mPCR in this study was 108 parasite copies and the diagnostic specificity in detection of P. caprae and T. luwenshuni was found to be high (94.9%-100%). The high level of diagnostic sensitivity (100%) in the detection of T. luwenshuni was also recorded. However, the diagnostic sensitivity of mPCR was found to be low (50%) in the detection of P. caprae from field-collected blood samples. These results demonstrated the successful establishment of the mPCR presented by its same level of sensitivity to each single PCR counterparts and its ability to simultaneous detection all three parasites in one reaction. This study also describes the first report of Theileria luwenshuni and Babesia bigemina in goats of Thailand.
dc.description.abstractalternative	การศึกษาเรื่องการพัฒนาวิธีการตรวจด้วยวิธี มัลติเพล็กซ์ พีซีอาร์ (mPCR) เพื่อใช้ในการระบุและจำแนกเชื้อมาลาเรีย (Plasmodium caprae) และเชื้อจากกลุ่มไพโรพลาส 2 ชนิด ได้แก่ Babesia bigemina และ Theileria luwenshuni ในแพะในประเทศไทย ไพร์เมอร์ที่จำเพาะต่อเชื้อปรสิตทั้ง 3 ชนิดถูกออกแบบให้มีความจำเพาะต่อยีนในไมโตรคอนเดรียที่เรียกว่า ไซโตโครม ซี ออกซิเดส ซับยูนิต ที่หนึ่ง (COI) พลาสมิดที่มีดีเอ็นเอ ของปรสิตแต่ละชนิดถูกทำการเจือจางลงครั้งละ 10 เท่า เพื่อประเมินความไวของวิธีการปฏิกิริยาลูกโซ่แบบธรรมดา (single PCR) และ mPCR ความจำเพาะของชุดไพรเมอร์ได้ถูกทดสอบ โดยการใช้ตัวอย่างจากดีเอ็นเอจากเชื้ออื่นๆ ที่เป็นปรสิตในเลือด ตัวอย่างเลือดแพะ 100 ตัวอย่าง จาก 5 จังหวัดในประเทศไทย ถูกนำมาใช้เพื่อทดสอบความน่าเชื่อถือของการพัฒนาเทคนิคทางอณูชีวโมเลกุลนี้ ผลการศึกษาพบว่าขีดจำกัดการตรวจหาเชื้อโดยใช้วิธี mPCR ในการศึกษานี้คือ 108 สำเนาของพลาสมิด และ ความจำเพาะของการตรวจหา P. caprae และ T. luwenshuni พบว่ามีความจำเพาะถึง 94.9%-100% พบระดับความไว 100% ในการการตรวจของเชื้อ T. luwenshuni อย่างไรก็ตาม การทดสอบความไวของ mPCR ถูกพบว่าต่ำ (50%) ในการตรวจวินิจฉัยหาเชื้อ P. caprae จากตัวอย่างเลือดแพะ ผลการศึกษาแสดงให้เห็นถึงความสำเร็จในการออกแบบเครื่องมือการตรวจโดยใช้วิธี mPCR ที่สามารถแสดงความไว เท่ากับ การใช้การตรวจด้วยวิธี single PCR อีกทั้งยังสามารถตรวจหาเชื้อทั้งสามชนิดได้ในปฏิกิริยาเดียวกัน นอกจากนี้ในการศึกษาครั้งนี้เป็นครั้งแรกที่ตรวจพบและ จำแนกเชื้อ T. luwenshuni และ B. bigemina ได้จากตัวอย่างแพะของประเทศไทย
dc.language.iso	en
dc.publisher	Chulalongkorn University
dc.relation.uri	http://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2019.551
dc.rights	Chulalongkorn University
dc.title	PCR-based detection and differentiation of piroplasms and malaria parasites from goats in Thailand
dc.title.alternative	การตรวจและแยกแยะเชื้อไพโรพลาซึมและเชื้อมาลาเรียจากแพะในประเทศไทยด้วยวิธีพีซีอาร์
dc.type	Thesis
dc.degree.name	Master of Science
dc.degree.level	Master's Degree
dc.degree.discipline	Veterinary Science and technology
dc.degree.grantor	Chulalongkorn University
dc.identifier.DOI	10.58837/CHULA.THE.2019.551