HIV-1 GAG, Pol cross-clade specific cytotoxic T lymphocytes and GAG epitope mapping in asymptomatic HIV-1-infected Thai patients

Supranee Buranapraditkun

dc.contributor.advisor	Kiat Ruxrungtham
dc.contributor.author	Supranee Buranapraditkun
dc.contributor.other	Chulalongkorn University. Graduate School
dc.date.accessioned	2020-12-08T04:12:14Z
dc.date.available	2020-12-08T04:12:14Z
dc.date.issued	2000
dc.identifier.isbn	9741301596
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/71383
dc.description	Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2000
dc.description.abstract	There are 2 clades of HIV-1: A/E and B (B’ is more common than B) found in Thailand. It is now believed that an effective vaccine should be able to generate broad cross-clade CTL responses. Cross-clade CTL study and epitope mapping are therefore warranted for HIV vaccine development to be tested in Thailand. This study is to find the prevalence of cross-clade CTL activities against HIV-1 gag and pol in HIV-1- infected Thai patients with CD4+ ≥ 300 cells/cu.mm. and to identify common and/or novel HIV-1 CTL gag epitopes. Classic Cr51 release CTL assays were performed in 25 HIV-1 infected Thai patients. Recombinant HIV-1 gag and pol vaccinia for both clade A and B were used. HIV-1 clade A gag truncated peptides amino acid 1-499, consensus sequence of 92UG037, each is 20 amino acids in length, with 10 amino acids overlaps between sequential peptides were used for gag CTL epitope mapping. Dried pack cell samples were tested genotypically for HIV-1 subtypes. Mean CD4+ T cell counts 540 ± 179 cells/cu.mm (range 307-978), median plasma HIV-RNA 6936 copies/ml (range 886-57022). From genotyping, 23 patients found infected with HIV-1 clade A/E, 2 patients were clade B infection. All of the patients showed CTL activity against clade A gag (100%) and 21/25 (84%) against pol A, whereas 16/25 (64%) and 5/25 (20%) showed CTL against clade B gag and pol, respectively. In HIV-1 clade A/E infected 23 patients, HIV-1 gag region showed the highest cross-clade CTL activity (14/23, 61%), but only 22% (5/23) showed cross-clade CTL activity against pol region. There are 18 epitopes identified in 19 evaluated HIV-1 clade A/E patients. Seven epitopes locate in pl 7, 10 in p24 and 1 in p6 regions. In the HLA class I-restriction study, 3 patients were analyzed. Three epitopes were found to be restricted by HLA A2, B7 and Cwl. A new HLA Cwl restricted p24 CTL epitope, i.e. gag A residues 271-290: NKIVRMYSPVSIL DIKQGPK was detected. Three potential CTL epitopes were also identified and need further investigation. In conclusion, HIV-1 gag is the most common target of CTL responses among HIV-1 infected Thais. In addition, cross-clade CTL activity against gag is 3 folds higher than to pol. Thus, HIV-1 gag clade A is suitable to be included in a candidate HIV vaccine to be evaluated in Thailand.
dc.description.abstractalternative	ประเทศไทยพบการติดเชื้อโรคเอดส์ได้ 2 สายพันธุ์ ได้แก่ A/E และ B (พบ B’ มากกว่า B) การศึกษาปฏิกิริยาข้ามสายพันธุ์ของ CTL และการหา epitope mapping เป็นสิ่งสำคัญในการพัฒนาวัคซีนในประเทศไทยซึ่งประสิทธิภาพของวัคซีนที่จะนำมาใช้ จะต้องสามารถก่อให้เกิดการตอบสนองของ CTL ในผู้ติดเชื้อ HIV-1 ที่มีปริมาณ CD1+ T cells มากกว่าหรือเท่ากับ 300 เซลล์ต่อลูกบาศก์มิลลิเมตร และการหา HIV-1 CTL epitope ที่พบบ่อย และ/หรือพบใหม่ ต่อส่วน gag ในผู้ติดเชื้อไทย การวิจัยนี้ได้ทำการศึกษาในผู้ติดเชื้อ HIV-1 จำนวน 25 คน โดยวิธี Classical chromium-51 release CTL assay โดยใช้ recombinant vaccinia ที่มียีนของ HIV-1 gag หรือ pol ของสายพันธุ์ A และ B ในผู้ป่วยที่ตรวจพบว่าติดเชื้อสายพันธุ์ A/E และมี HIV-1 specific CTL ได้ทำการศึกษา epitope mapping โดยทดสอบด้วย truncated peptides ของ HIV-1 gag สายพันธุ์ A (สายพันธุ์ A 92UG037 ซึ่งแต่ละ peptide ประกอบด้วยกรดอะมิโนที่มีความยาว 20 ตัวและซ้อนทับกันด้วยกรดอะมิโน 10 ตัว เป็นจำนวนทั้งสิ้น 49 ชิ้น) การหาสายพันธุ์ของเชื้อ HIV-1 วิธี genotyping โดยการตรวจลำดับเบสตรง V3 loop ของ env และส่วนของ gag ผลการศึกษาพบว่าค่าเฉลี่ยของปริมาณ CD4+ T cell เท่ากับ 540 ± 179 เซลล์ต่อลูกบาศก์มิลลิเมตร (มีค่าระหว่าง 307-978) ค่ามัธยฐานของปริมาณไวรัส HIV-1 ในกระแสเลือดเท่ากับ 6936 คู่ต่อมิลลิลิตร (มีค่าระหว่าง 886-57022) พบว่า 23 รายติดเชื้อ HIV-1 ชนิดสายพันธุ์ A/E และ 2 รายมีการติดเชื้อ HIV-1 ชนิดสายพันธุ์ B ผลการตรวจ CTL assays พบว่าผู้ติดเชื้อทุกราย (ร้อยละ 100) มี CTL activity ต่อ gag A และ 21 ใน 25 ราย (ร้อยละ 84) มีปฏิกิริยา CTL ต่อ pol A และพบว่าร้อยละ 64 และ 20 ของอาสาสมัครมีปฏิกิริยา CTL ต่อ gag B และ pol B ตามลำดับ ในอาสาสมัครที่ติดเชื้อ HIV-1 สายพันธ์ A/E จำนวน 23 ราย พบว่า 14 ใน 23 ราย (ร้อยละ 61) มีปฏิกิริยาข้ามสายพันธุ์ต่อส่วนของ gag แต่มีเพียง 5 ใน 23 ราย (ร้อยละ 22) ที่มีปฏิกิริยาข้ามสายพันธุ์ต่อส่วนของ pol การศึกษา CTL epitope mapping ในอาสาสมัครที่ติดเชื้อ HIV-1 ชนิดสายพันธุ์ A/E จำนวน 19 ราย พบว่ามี CTL ตอบสนองต่อ 18 peptides โดยที่ 7 peptides อยู่ในส่วนของ p17 10 peptides อยู่ในส่วนของ p24 และ 1 peptide อยู่ในส่วนของ p6 การศึกษาเพื่อหา HLA class I-restriction ของ 3 peptides ในอาสาสมัคร 3 ราย พบว่าเป็นแอนติเจนที่ถูกนำเสนอโดย HLA A2, B7 และ Cw1 การศึกษาครั้งนี้มีการตรวจพบ CTL epitope ใหม่ที่ถูกนำเสนอโดย HLA Cw1 คือ NKIVRMYSPVSILDIKQGPK ของ gag A ที่กรดอะมิโนตำแหน่ง 271-290 ซึ่งอยู่ในส่วนของ p24 และยังมีการตรวจพบ CTL epitope ใหม่อีก 3 epitopes ที่ยังไม่เคยมีรายงานมาก่อน ซึ่งควรทำการศึกษาเพิ่มเติมต่อไป ผลการศึกษาครั้งนี้ชี้ให้เห็นว่า ปฏิกิริยา CTL ต่อ HIV-1 gag พบได้ทุกรายในอาสาสมัครผู้ติดเชื้อ HIV-1 และมีปฏิกิริยาข้ามสายพันธุ์ระหว่าง A กับ B มากกว่าต่อส่วน pol อย่างชัดเจน ดังนั้น HIV-1 gag จึงเหมาะสมที่จะเป็นส่วนประกอบที่สำคัญในการพัฒนาวัคซีนสำหรับทดสอบในประเทศไทย นอกจากนี้การศึกษายังก่อให้เกิดการค้นพบ CTL epitope ใหม่จำนวนหนึ่ง ซึ่งยังไม่เคยมีรายงานมากก่อน ทำให้มีความรู้ความเข้าใจด้าน CTL และ HLA restriction ในคนไทยเพิ่มากขึ้น และนำไปสู่การศึกษาเพิ่มเติมต่อไปในอนาคต
dc.language.iso	en
dc.publisher	Chulalongkorn University
dc.rights	Chulalongkorn University
dc.subject	Lymphocytes
dc.subject	HIV-positive persons
dc.title	HIV-1 GAG, Pol cross-clade specific cytotoxic T lymphocytes and GAG epitope mapping in asymptomatic HIV-1-infected Thai patients
dc.title.alternative	ปฏิกิริยาข้ามสายพันธ์ของ Cytotoxic T Lymphocytes ต่อส่วน Gag.Pol ของเชื้อ HIV-1 และการหา Epitope Mapping ต่อส่วน Gag ในคนไทยที่ติดเชื้อ HIV-1 ที่ไม่แสดงอาการ
dc.type	Thesis
dc.degree.name	Master of Science
dc.degree.level	Master's Degree
dc.degree.discipline	Medical Microbiology (Inter-Department)
dc.degree.grantor	Chulalongkorn University