การพัฒนาวิธี real-time quantitative RT-PCRสำหรับตรวจหาลีดเดอร์อาร์เอ็นเอซับจีโนมิกของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2

สินินาถ เพชราช

dc.contributor.advisor	ธีระวัฒน์ เหมะจุฑา
dc.contributor.advisor	โอภาส พุทธเจริญ
dc.contributor.advisor	สุภาภรณ์ วัชรพฤษาดี
dc.contributor.author	สินินาถ เพชราช
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะแพทยศาสตร์
dc.date.accessioned	2021-09-21T06:28:55Z
dc.date.available	2021-09-21T06:28:55Z
dc.date.issued	2563
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/76320
dc.description	วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2563
dc.description.abstract	โรคอุบัติใหม่ไวรัสโคโรนา 2019 (COVID-19) เกิดจากการติดเชื้อ Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) โรคนี้ติดต่อกันได้ง่ายจากคนสู่คน ทำให้ไวรัสแพร่ระบาดอย่างต่อเนื่องไปทั่วโลก การตรวจติดตามและการประเมินไวรัสที่ปลดปล่อยเชื้อ (viral shedding) เป็นระยะเวลานานหลายสัปดาห์ จึงมีความสำคัญต่อการป้องกันและควบคุมการแพร่กระจายของเชื้อ ซึ่งเป็นอุปสรรคต่อการบริหารจัดการทางการแพทย์ รวมถึงมีค่าใช้จ่ายในการรักษาสูง ดังนั้นการตรวจพบ SARS-CoV-2 subgenomic RNA leader (sgRNA) เป็นตัวบ่งบอกสถานะของไวรัสในระยะ active มีความสามารถเพิ่มจำนวนได้ ในงานวิจัยนี้ได้ตรวจติดตามระยะเวลาการปลดปล่อย SARS-CoV-2 sgRNA leader และ genomic RNA (gRNA) จากตัวอย่างระบบทางเดินหายใจ 111 ตัวอย่าง (ของผู้ป่วย COVID-19 จำนวน 10 ราย) ด้วยวิธี real-time quantitative RT-PCR (qRT-PCR) ผลการทดลองพบว่า E-sgRNA leader สามารถตรวจพบได้นานถึง 15 วัน และตรวจพบในตัวอย่างที่มีปริมาณไวรัส (viral load) มากกว่า 100,000 copies/ml (≥1E+05 virus E gene copies/ml) ในขณะที่ gRNA ยังตรวจพบได้นานถึง 24 วัน นอกจากนี้ยังค้นพบว่ามีผู้ป่วย COVID-19 จำนวน 2 ใน 10 ราย ที่ E-sgRNA leader ปรากฏตัวอีกครั้งหลังจากที่ตรวจไม่พบแล้วเป็นเวลา 2 วัน ถึง 8 วัน ด้วยเหตุนี้เพื่อความปลอดภัย จึงแนะนำให้ผู้ป่วยกักตัวหรือแยกตัวอย่างน้อย 14 วันหลังจากได้รับอนุญาตให้กลับบ้าน ดังนั้นการประเมิน E-sgRNA leader เป็นประโยชน์ต่อการวางแผนการรักษาผู้ป่วยโรคติดเชื้อไวรัส COVID-19
dc.description.abstractalternative	Background: Duration of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) shedding is important for infection control. The presence of SARS-CoV-2 subgenomic RNA (sgRNA) leader indicates that the virus is replicative. This study examined the shedding duration of SARS-CoV-2 sgRNA leader and genomic RNA (gRNA) in diverse respiratory specimens. Methods: One hundred and eleven respiratory specimens collected sequentially from 10 COVID-19 patients with real-time RT-PCR SARS-CoV-2 orf1ab gene confirmed positive admitted to King Chulalongkorn Memorial Hospital were examined for SARS-CoV-2 E sgRNA leader and E gRNA by using quantitative real-time RT-PCR (qRT-PCR). The specimens were collected from the first day of admission until the time of orf1ab real-time RT-PCR negative of at least 2-4 consecutive days. Results: E sgRNA leader could only be detectable in specimens with ≥1E+05 virus E gene copies per ml within the first 15 days after hospitalization. SARS-CoV-2 sgRNA leader was undetectable from one to 15 days earlier than that of gRNA in all patients. Reshedding of sgRNA was evident in 2 cases, both on a single occasion after being undetectable for 2-8 days. Conclusion: Assessment for the presence of sgRNA leader may be useful for therapeutic planning.
dc.language.iso	th
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.relation.uri	http://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2020.996
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.subject.classification	Immunology and Microbiology
dc.title	การพัฒนาวิธี real-time quantitative RT-PCRสำหรับตรวจหาลีดเดอร์อาร์เอ็นเอซับจีโนมิกของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2
dc.title.alternative	Development of real-time quantitative RT-PCR for Sars-CoV-2 subgenomic RNA leader detection
dc.type	Thesis
dc.degree.name	วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต
dc.degree.level	ปริญญาโท
dc.degree.discipline	วิทยาศาสตร์การแพทย์
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.identifier.DOI	10.58837/CHULA.THE.2020.996