Abstract:
เทคนิคการเข้าจับเชิงโมเลกุล นับเป็นเทคนิคทางเคมีคอมพิวเตอร์ที่นิยมใช้ในการทำนายโครงสร้างการเข้าจับ ระหว่างเอนไซม์กับตัวยับยั้งที่เหมาะสมที่สุด ข้อมูลที่ได้จะเป็นประโยชน์ต่อการปรับปรุงโครงสร้างของสารให้มีฤทธิ์ ทางชีวภาพสูงขึ้น งานวิจัยนี้ศึกษาผลของการใช้ประจุอะตอมที่แตกต่างกันจำนวน 5 ชนิดต่อความแม่นยาในการ คำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลของโปรแกรม AutoDock Vina โดยใช้โครงสร้างของตัวรับและตัวยับยั้งทั้งหมด 167 โครงสร้างที่นำมาจากฐานข้อมูล PDBbind ประจุอะตอมที่ใช้ประกอบด้วยประจุอะตอมที่คำนวณด้วยวิธี PM7, Gasteiger-Marsili, MMFF94, QEq และ QTPIE โครงสร้างการเข้าจับที่ทำนายได้จากการคานวณจะถูกนำไป เปรียบเทียบกับโครงสร้างทางเอกซเรย์ เพื่อพิจารณารูปแบบการเข้าจับและคำนวณค่า RMSD เพื่อประเมินค่าความ แม่นยำโดยดูจากอัตราความสำเร็จที่ทำนายผลได้ใกล้เคียงกับโครงสร้างทางการทดลอง ผลการคำนวณพบว่า อัตรา ความสำเร็จของการใช้ประจุอะตอมที่คำนวณด้วย PM7, Gasteiger-Marsili, MMFF94, QEq และ QTPIE มีค่าเป็น 82.0%, 82.0%, 78.4%, 81.4% และ 80.8% ตามลำดับ ผลที่ได้บ่งชี้ว่าประจุอะตอมชนิด PM7 และ Gasteiger- Marsili ให้ผลที่มีความแม่นยำมากที่สุด อย่างไรก็ตามเมื่อดูค่า RMSD ของแต่ละโครงสร้างจะพบว่าประจุอะตอมที่ คำนวณด้วย Gasteiger-Marsili ให้ค่า RMSD ต่ำที่สุดและมีความเหมาะกับโมเลกุลตัวยับยั้งทุกขนาด อีกทั้งการ คำนวณประจุอะตอมด้วยวิธีนี้ใช้เวลาในการคำนวณที่น้อยกว่าประจุอะตอมชนิด PM7 ดังนั้นจึงควรเลือกวิธี Gasteiger-Marsili สำหรับคำนวณประจุอะตอมในการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลด้วยโปรแกรม AutoDock Vina
