Abstract:
ในปัจจุบันเทคนิคการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลเป็นเทคนิคที่ได้รับการยอมรับและใช้กันอย่าง แพร่หลายสำหรับทำนายโครงสร้างการเข้าจับกันของโปรตีนและตัวยับยั้ง เพราะสามารถให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ ต่อการพัฒนายาชนิดใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นได้ จากการศึกษาที่ผ่านมาพบว่าการใช้ประจุอะตอมของโปรตีน และตัวยับยั้งที่คำนวณด้วยวิธีที่แตกต่างกันจะส่งผลต่อการทำนายตำแหน่งในการเข้าจับของตัวยับยั้ง ในงานวิจัยนี้ จึงได้ทำการศึกษาผลของการใช้ประจุอะตอมที่คำนวณด้วยวิธีเซมิเอมพิริกัลที่แตกต่างกันจำนวน 3 วิธี คือ พีเอ็ม 7, พีเอ็ม 6 และพีเอ็ม 6-ดี 3 เอช 4 ที่มีต่อความถูกต้องในการทำนายโครงสร้างการเข้าจับของตัวยับยั้ง โดยใช้ โครงสร้างสารเชิงซ้อนระหว่างโปรตีนกับตัวยับยั้งจากฐานข้อมูล PDBbind จำนวนทั้งหมด 182 โครงสร้าง และ คำนวณการเข้าจับด้วยโปรแกรม AutoDock Vina ผลการคำนวณพบว่าค่าอัตราความสำเร็จของการคำนวณโดย ใช้ประจุอะตอม PM7, PM6 และ PM6-D3H4 มีค่าเท่ากับ 81.3%, 76.4% และ 76.9% ตามลำดับ นั่นคือประจุ อะตอมแบบ PM7 ให้ผลที่มีความถูกต้องสูงกว่าประจุอะตอม PM6 และ PM6-D3H4 และเมื่อพิจารณาเรื่องเวลาที่ ใช้ในการคำนวณประจุอะตอมทั้งสามชนิดที่ไม่ได้แตกต่างกัน ทำให้ได้ข้อสรุปว่าควรใช้ประจุอะตอมชนิด PM7 สำหรับการคำนวณในอนาคต
