DSpace Repository

Discovery of Natural Compounds and Derivatives with Inhibitory Activity against NS2B/NS3 Serine Protease of Zika Virus by Computational Approaches

Show simple item record

dc.contributor.advisor Supot Hannongbua
dc.contributor.advisor Thanyada Rungrotmongkol
dc.contributor.author Wachirapol Manimont
dc.contributor.other Chulalongkorn University. Faculty of Science
dc.date.accessioned 2022-06-30T07:42:13Z
dc.date.available 2022-06-30T07:42:13Z
dc.date.issued 2020
dc.identifier.uri http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/79050
dc.description โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาเคมี คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2563 en_US
dc.description.abstract Zika virus (ZIKV) belongs to the Flavivirus genus primarily transmitted by Aedes mosquito. There have been reports of an association of child disorders among infected women during pregnancy. To date, there is no drug or vaccine that can directly combat ZIKV infection. Therefore, the design and development of effective drugs are extremely needed. Specifically, the targeted protein of this virus is NS2B/NS3 serine protease, which is an enzyme important for viral replication. In this study, we have used computational chemistry approaches including molecular docking and molecular dynamic (MD) simulation to screen and study binding interactions between protein and 7 groups of natural compounds at allosteric site. The groups of natural compounds include chalcone, flavonoid, iodovinyl sulfones, sulfonylated indeno quinolones, vinyl sulfones, quinolinone and nitroolefin. Moreover, binding free energy calculation based on the MM/GBSA method showed that DNO71_f belonging to flavonoid category exhibited the highest binding affinity to ZIKV protease (-17.17±1.90 kcal/mol). Therefore, the results presented here suggested that DNO71_f can be used for further design of drug that effectively inhibits the NS2B/NS3 serine protease of ZIKV. en_US
dc.description.abstractalternative โรคไข้ซิกาเกิดจากการติดเชื้อไวรัสซิกา (Zika virus) ซึ่งอยู่ในตระกูลฟลาวิไวรัส (flavivius) โดยมียุงลายเป็นพาหะนำโรค มีการรายงานถึงความสัมพันธ์ของการเกิดความผิดปกติทางสมองของเด็กที่เกิดจากสตรีที่ติดเชื้อระหว่างตั้งครรภ์ ในปัจจุบันยังไม่มียาหรือวัคซีนที่ใช้รักษาโรคติดเชื้อไวรัสซิกาได้โดยตรง ดังนั้นจึงจำเป็นต้องพัฒนายาที่มีประสิทธิภาพในการรักษา โดยโปรตีนเป้าหมายที่สำคัญของไวรัส คือเอ็นเอสทูบี/เอ็นเอสทรีเซอรีนโปทีเอส (NS2B/NS3 serine protease) ซึ่งเป็นเอสไซม์ที่สำคัญในการจำลองแบบของไวรัส ในงานวิจัยนี้ผู้วิจัยได้ใช้ระเบียบวิธีทางเคมีคอมพิวเตอร์ ได้แก่ โมเลกุลาร์ด็อกกิ้ง (molecular docking) และการจำลองพลวัตเชิงโมเลกุล (molecular dynamics simulations) เพื่อใช้ค้นหาและศึกษาการจับกันระหว่งโปรตีนเป้าหมายกับสารประกอบธรรมชาติและอนุพันธ์ทั้งสิ้น 7 ชนิด ได้แก่ chalcone, flavonoid, iodovinyl sulfones, sulfonylated indeno quinolones, vinyl sulfones, quinolinone และ nitroolefin ที่บริเวณอัลโลสเตอริก (allosteric site) นอกจากนี้ยังคำนวณค่าพลังงานการยึดจับอิสระ (binding free energy) ของสารแต่ละตัวด้วยวิธี MM/GBSA ผลการศึกษาพบว่าสาร DN071_f ซึ่งเป็นสารอนุพันธ์ในกลุ่ม flavonoid สามารถจับกับเอนไซม์ได้ดีที่สุด โดยมีค่าพลังงานยึดจับอิสระเท่ากับ -17.17±1.90 kcal/mol ดังนั้นผลที่ได้จากงานวิจัยนี้คาดว่าสาร DN071_f สามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการออกแบบยาที่ออกฤทธิ์ยับยั้งเอนไซม์เอ็นเอสทูบี/เอ็นเอสทรีเซอรีนโปทีเอสของเชื้อไวรัสซิกาได้อย่างมีประสิทธิภาพในอนาคต en_US
dc.language.iso en en_US
dc.publisher จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย en_US
dc.rights จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย en_US
dc.subject Zika virus infection en_US
dc.subject Enzyme inhibitors en_US
dc.subject การติดเชื้อไวรัสซิกา en_US
dc.subject สารยับยั้งเอนไซม์ en_US
dc.title Discovery of Natural Compounds and Derivatives with Inhibitory Activity against NS2B/NS3 Serine Protease of Zika Virus by Computational Approaches en_US
dc.title.alternative การค้นหาสารธรรมชาติและอนุพันธ์ที่ออกฤทธิ์ยับยั้งเอนไซม์เอ็นเอสทูบี/เอ็นเอสทรีเซอรีนโปทีเอสของเชื้อไวรัสซิกาด้วยระเบียบวิธีทางเคมีคอมพิวเตอร์ en_US
dc.type Senior Project en_US
dc.degree.grantor จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย en_US


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record