Abstract:
ตัวอย่างชิ้นเนื้อที่ฝังพาราฟิน (Formalin-fixed, paraffin-embedded; FFPE) เป็นวิธีมาตรฐานที่ใช้ในการรักษาสภาพชิ้นเนื้อสำหรับงานทางนิติพยาธิวิทยา สามารถเก็บรักษาได้ที่อุณหภูมิห้องได้เป็นระยะเวลานาน อย่างไรก็ตามสารเคมีจากกระบวนการตรึงฟอร์มาลินทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของลำดับนิวคลีโอไทด์ อาทิเช่น DNA crosslinking, การแตกหักของสายดีเอ็นเอ และการเกิดดีอะมิเนชั่นบนเบสไซโตซีน ซึ่งส่งผลต่อความสำเร็จในการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ หลายงานวิจัยได้ศึกษาความเป็นไปได้ในการซ่อมแซมความเสียหายของดีเอ็นเอด้วยการใช้เอนไซม์เพื่อลดความเสียหายของดีเอ็นเอในตัวอย่าง FFPE ก่อนกระบวนการเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอ แต่ปัจจุบันยังไม่มีรายงานถึงวิธีการที่เหมาะสมและมีประสิทธิภาพในการกู้คืนข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ใช้สำหรับวิธี Sanger sequencing การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินความสามารถของ NEBNext® FFPE DNA Repair Kit ในการซ่อมแซมดีเอ็นเอในตัวอย่าง FFPE ภายใต้สภาวะการตรึงฟอร์มาลินที่ต่างกัน ประกอบด้วย 10% Neutral Buffered Formalin (10%NBF) เป็นเวลา 24 ชั่วโมง และ 20% Neutral Buffered Formalin (20%NBF) เป็นเวลา 1 เดือน โดยความเสียหายของดีเอ็นเอจะพิจารณาจากปริมาณและคุณภาพของดีเอ็นเอรวมถึงการเปลี่ยนแปลงเบสภายในดีเอ็นเอด้วยวิธี Sanger Sequencing จากผลการทดลองพบว่าตัวอย่าง 20%NBF มีปริมาณดีเอ็นเอที่สามารถวัดด้วยเทคนิค Real-time PCR น้อยกว่าตัวอย่าง 10%NBF และมีการแตกหักของดีเอ็นเอมากกว่า และยังพบว่าดีเอ็นเอที่สกัดจากอวัยวะบริเวณช่องอกและกะโหลกศีรษะมีคุณภาพดีกว่าอวัยวะบริเวณช่องท้อง นอกจากนี้ยังพบการเกิดไซโตซีนดีอะมิเนชั่นในตัวอย่าง 20%NBF ที่ระยะเวลา 1 เดือนเท่านั้น โดยมีอัตราการเกิดไซโตซีนดีอะมิเนชั่นอยู่ที่ 51.85% จึงเป็นที่น่าสังเกตว่าจำนวนร้อยละของฟอร์มาลินที่สูงขึ้นและระยะเวลาในการตรึงที่นานขึ้นส่งผลต่อการแตกหักและการเกิดไซโตซีนดีอะมิเนชั่นบนสายดีเอ็นเอ งานวิจัยนี้จึงเป็นประโยชน์เพื่อใช้เป็นแนวทางการประเมินและจัดการกับตัวอย่าง FFPE สำหรับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอทางนิติวิทยาศาสตร์ นอกจากนี้ยังพบว่าชุดซ่อมแซมดีเอ็นเอ NEBNext® FFPE DNA Repair Kit ช่วยแก้ความเสียหายของการเกิดไซโตซีนดีอะมิเนชั่นแต่ไม่สามารถกู้คืนเบสเดิมได้อย่างสมบูรณ์ อย่างไรก็ตามควรมีการศึกษาวิจัยเพิ่มเติมในอนาคตเพื่อเพิ่มความถูกต้องและแม่นยำในการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์จากตัวอย่าง FFPE ที่เสียหายจากกระบวนการเตรียมตัวอย่างในงานทางนิติวิทยาศาสตร์ต่อไป
