การตรวจสอบการกลายพันธุ์บริเวณ basal core promoter ในผู้ป่วยที่ติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบี ด้วยเทคนิคปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสแบบดรอปเลทดิจิตอล

ชวิศ พลพงษ์

dc.contributor.advisor	ณัฐธยาน์ ช่วยเพ็ญ
dc.contributor.advisor	พิสิฐ ตั้งกิจวานิชย์
dc.contributor.author	ชวิศ พลพงษ์
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะแพทยศาสตร์
dc.date.accessioned	2022-07-23T04:15:21Z
dc.date.available	2022-07-23T04:15:21Z
dc.date.issued	2564
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/79530
dc.description	วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2564
dc.description.abstract	การกลายพันธุ์บริเวณ Basal core promoter (BCP) ตำแหน่ง A1762T/G1764A ของไวรัสตับอักเสบบี มีความสัมพันธ์กับการดำเนินโรคไวรัสตับอักเสบบีแบบเรื้อรัง(chronic hepatitis B; CHB) อย่างไรก็ตามส่วนใหญ่เป็นการศึกษาด้วย Sanger sequencing ที่ให้ผลเชิงคุณภาพ แต่การศึกษาด้วยเทคนิคอื่นเช่นเทคนิค droplet digital PCR(ddPCR) ที่สามารถบ่งบอกปริมาณร้อยละการกลายพันธุ์ (mutation percentage) ได้ยังคงมีจำกัด การศึกษานี้จึงมีจุดประสงค์เพื่อพัฒนาวิธีการตรวจสอบการกลายพันธุ์บริเวณ BCP โดยใช้ ddPCR เปรียบเทียบกับ Sanger sequencing และ Real- Time PCR และหาความสัมพันธ์ของ mutation percentage กับปัจจัยทางไวรัสและคลินิก ในผู้ป่วย CHB จำนวน 185 คน ผลการศึกษาพบว่าจากจำนวนผู้ป่วยทั้งหมดมีผู้ป่วย 78 รายที่นำมาศึกษาเปรียบเทียบกันได้ทั้ง 3 วิธี โดยพบว่า ddPCR สามารถตรวจพบการกลายพันธุ์ได้มากกว่าSanger sequence(84.6%vs.43.6%,P<0.001) และReal-time PCR(84.6%vs. 60.3%,P<0.001) และพบการกลายพันธุ์ได้(limit of detection(LOD)ตั้งแต่ร้อยละ0.25 การศึกษาด้วย ddPCR พบว่าผู้ป่วย HBeAg-positive มีร้อยละการกลายพันธุ์ต่ำกว่าผู้ป่วย HBeAg-negative (31.36±33.56vs.46.86±27.88 ,P<0.001) นอกจากนี้ยังพบความสัมพันธ์เชิงลบกับระดับ HBcrAg ในเลือดของผู้ป่วย HBeAg-positive(r=-0.286,P=0.070) และพบว่าผู้ป่วยกลุ่ม wild type มีระดับของ HBcrAg สูงสุด และพบระดับ HBcrAg ลดลงเมื่อมีการกลายพันธุ์เพิ่มขึ้น ส่วนในผู้ป่วย HBeAg-negative พบว่าการกลายพันธุ์มีความสัมพันธ์เชิงบวกกับ HBcrAg(r=0.273,P=0.008) ผลการศึกษาสรุปได้ว่า ddPCR เป็นเทคนิคที่มีประสิทธิภาพและมีความไวในการตรวจสอบการกลายพันธุ์บริเวณ BCP ได้ดีที่สุด นอกจากนี้ยังพบความสัมพันธ์กับระดับของ HBcrAg ในเลือดซึ่งเป็นตัวบ่งชี้ใหม่ที่ใช้ในทางคลินิก ดังนั้นเทคนิค ddPCR จึงอาจจะสามารถเป็นวิธีทางเลือกหนึ่งในการตรวจสอบการกลายพันธุ์ของไวรัสตับอักเสบบีได้
dc.description.abstractalternative	Double mutation in basal core promoter (BCP) region (A1762T/G1764A) of hepatitis B virus is associated with the progression of chronic hepatitis B (CHB) virus infection. Several studies showed BCP mutations based on conventional qualitative method such as Sanger Sequencing. However, BCP mutation identified by quantitative techniques such as droplet digital PCR (ddPCR) are limited. First, this study was aimed at evaluating the efficiency of ddPCR in detecting BCP double mutations compared with Sanger sequencing and Real time PCR. Second, to investigate the correlation between the percentage of mutation and clinical parameters. We identified the BCP mutation in 185 patients with CHB. Our results demonstrated that only 78 patients were included to investigate head-to-head comparisons between Sanger, Real-time PCR and ddPCR techniques. ddPCR showed a significantly higher detection rate of BCP mutation than Sanger sequencing (84.6%vs.43.6%,P<0.001) and Real-time PCR (84.6%vs.60.3%,P<0.001). In addition, the reliable limit of detection (LOD) of ddPCR showed at 0.25%. Based on ddPCR, the percentage of BCP mutations in patients with HBeAg-positive was significantly lower than patients with HBeAg-negative (31.36 ± 33.56 vs. 46.86 ± 27.88, P<0.001). Moreover, BCP mutations was correlated with HBcrAg level in patient with HBeAg-positive, but it did not reach statistical significance (r=-0.286, P=0.070). In subgroup analysis, patients who had wildtype showed higher level of HBcrAg when compared with patients who had BCP mutation. In HBeAg-negative group, the positive correlation between BCP mutation and HBcrAg lever was observed (r=0.273, P=0.008). In conclusion, ddPCR had high sensitivity and was superior to Sanger sequencing and Real time PCR in detecting BCP double mutations. These mutations were correlated with HBcrAg level in serum of patients. Thus, ddPCR might be used as an alternative method for detection of BCP mutation in patients with CHB and it might be useful for monitoring and prognosis in patients with chronic hepatitis B virus infection.
dc.language.iso	th
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.relation.uri	http://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2021.600
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.subject	ไวรัสตับอักเสบบี
dc.subject	การกลายพันธุ์
dc.subject	Hepatitis B virus
dc.subject	Mutation (Biology)
dc.title	การตรวจสอบการกลายพันธุ์บริเวณ basal core promoter ในผู้ป่วยที่ติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบี ด้วยเทคนิคปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสแบบดรอปเลทดิจิตอล
dc.title.alternative	The detection of basal core promoter mutation in patients with hepatitis b virus infection using droplet digital PCR (DDPCR)
dc.type	Thesis
dc.degree.name	วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต
dc.degree.level	ปริญญาโท
dc.degree.discipline	ชีวเคมีทางการแพทย์
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.identifier.DOI	10.58837/CHULA.THE.2021.600