ทรานสคริปโทมของข้าวพันธุ์พื้นเมืองไทยภายใต้ภาวะเครียดจากความเค็ม

พีรวัธน์ จันทนกูล

dc.contributor.advisor	ศุภจิตรา ชัชวาลย์
dc.contributor.advisor	กิติพร พลายมาศ
dc.contributor.author	พีรวัธน์ จันทนกูล
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
dc.date.accessioned	2022-11-03T02:07:22Z
dc.date.available	2022-11-03T02:07:22Z
dc.date.issued	2562
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/80889
dc.description	วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2562
dc.description.abstract	ข้าว (Oryza sativa L.) เป็นพืชอาหารสำคัญในภูมิภาคเอเชีย ซึ่งในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของไทยนั้นถือเป็นแหล่งผลิตข้าวสำคัญที่มีคุณภาพดีแต่มีผลผลิตต่ำเนื่องจากภาวะดินเค็มที่ส่งผลต่อการเจริญเติบโตและความสามารถในการติดเมล็ด จากการประเมินการตอบสนองต่อภาวะเค็มในกล้าข้าวพบว่าข้าวพันธุ์หลวงประทานซึ่งเป็นข้าวพันธุ์พื้นเมืองไทยแสดงลักษณะการทนเค็ม ดังนั้น จึงทำการศึกษาทรานสคริปโทมที่เวลา 0 3 6 12 24 และ 48 ชั่วโมง หลังจากได้รับภาวะเค็มเพื่อศึกษากลไกการทนเค็มของข้าวพันธุ์นี้โดยใช้เทคนิค 3’-Tag RNA-seq ผลการศึกษาพบว่ามียีนที่แสดงออกอย่างแตกต่างเป็นครั้งแรกภายหลังเผชิญกับภาวะเค็มเป็นเวลา 12 ชั่วโมง ได้แก่ OsRCI2-5 ซึ่งเป็นยีนที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณ และเมื่อเวลาผ่านไป 24 ชั่วโมงพบว่า OsRMC ซึ่งเป็นยีนที่สามารถตอบสนองต่อภาวะเครียดจากความเค็มแสดงออกมาอย่างแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ และเมื่อพืชเผชิญกับภาวะเค็มเป็นเวลา 48 ชั่วโมงพบว่ามียีนที่แสดงออกอย่างแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญจำนวน 63 ยีน ซึ่งมีหน้าที่เกี่ยวข้องกับความสามารถในการทนเค็ม ผลการวิเคราะห์โครงข่ายการแสดงออกร่วมของยีนที่ภาวะเค็มทั้ง 63 ยีน จากการคำนวณค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์แบบพลวัตบางส่วน พบว่า OsRCI2-5 และ OsRMC มีการแสดงออกร่วมกับยีนที่ทำหน้าที่ควบคุมการแสดงออกของยีนอื่น ๆ ประกอบด้วย Transcription factor และ Ubiquitin ligase enzyme โดยในภาวะเค็ม OsRMC มีส่วนทำให้มีการแสดงออกมากขึ้นของยีนที่เกี่ยวกับการตอบสนองเพื่อป้องกันตนเองของพืชจากปัจจัยทางชีวภาพ จากการศึกษาเพิ่มเติมเพื่อยืนยันผลกระทบของภาวะเค็มต่อการแสดงออกของยีนที่ระบุได้ ด้วย qRT-PCR ในข้าวพันธุ์ต่าง ๆ พบว่า OsRCI2-5 และ OsRMC เป็นยีนที่พืชตอบสนองต่อภาวะเค็มและเกี่ยวข้องกับกลไกการทนเค็มในข้าวพันธุ์หลวงประทาน
dc.description.abstractalternative	Rice (Oryza sativa L.) has been a staple food source for many Asian countries. The northeastern of Thailand is one of the main regions for high quality rice farming. However, the grain yield obtained from rice grown in this area is quite low due to soil salinity, which affects plant growth, development and fertility. Based on the evaluation of rice seedling responses to salinity stress, ‘Luang Prathan’ rice, one of local Thai rice cultivars, performed salinity tolerance characters. To investigate the mechanisms of salt tolerance, transcriptomes of ‘Luang Prathan’ rice after 0, 3, 6, 12, 24, and 48 hours after salt stress treatment were explored by using 3’-Tag RNA-seq. The differentially expressed gene (DEG) was first detected after 12 hours of stress treatment, which is OsRCI2-5, the gene involving in salt stress signal transduction. After 24 hours of salt stress, OsRMC, a gene responding to salt stress was detected as the significant differentially expressed gene. On the next timing, 48 hours of salt stress, 63 DEGs were detected, most of which were the genes with the stress protection functions. The result of gene co-expression network derived from partial dynamical correlation coefficient of 64 DEGs shows co-expression of OsRCI2-5 and OsRMC with stress responsive regulator gene, transcription factor and ubiquitin ligase enzyme. Moreover, in salinity condition, OsRMC might plays a role in the induction of gene involve with plant defense response. Based on the validation of these expressed genes by qRT-PCR, OsRCI2-5 and OsRMC are plant salt stress responsive genes and involving in salt tolerance mechanism in ‘Luang Prathan’ rice.
dc.language.iso	th
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.relation.uri	http://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2019.1024
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.subject.classification	Agricultural and Biological Sciences
dc.subject.classification	Biochemistry
dc.subject.classification	Environmental Science
dc.subject.classification	Biochemistry
dc.subject.classification	Computer Science
dc.subject.classification	Agricultural and Biological Sciences
dc.subject.classification	Mathematics
dc.title	ทรานสคริปโทมของข้าวพันธุ์พื้นเมืองไทยภายใต้ภาวะเครียดจากความเค็ม
dc.title.alternative	Transcriptome of local Thai rice cultivar under salt stress condition
dc.type	Thesis
dc.degree.name	วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต
dc.degree.level	ปริญญาโท
dc.degree.discipline	พฤกษศาสตร์
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.identifier.DOI	10.58837/CHULA.THE.2019.1024