ระบบสนับสนุนการจัดเก็บและวิเคราะห์ข้อมูลลำดับซ้ำเรียงต่อเนื่องแบบสั้นสำหรับนิติวิทยาศาสตร์

ณัฏฐชัย กุลธรรมนิตย์

dc.contributor.advisor	ดวงดาว วิชาดากุล
dc.contributor.author	ณัฏฐชัย กุลธรรมนิตย์
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิศวกรรมศาสตร์
dc.date.accessioned	2023-08-04T07:36:10Z
dc.date.available	2023-08-04T07:36:10Z
dc.date.issued	2565
dc.identifier.uri	https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/83087
dc.description	วิทยานิพนธ์ (วศ.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2565
dc.description.abstract	ลำดับซ้ำเรียงต่อเนื่องแบบสั้น (Short Tandem Repeat) หรือเอสทีอาร์ (STR) เป็นลำดับที่ซ้ำกันเป็นชุด ๆ ที่พบได้ในจีโนม (Genome) ของมนุษย์และมีประโยชน์มากในนิติวิทยาศาสตร์ เช่น การยืนยันตัวบุคคล การหาความสัมพันธ์ทางเครือญาติ เทคโนโลยีการลำดับเบสยุคใหม่ (Next-Generaton Sequencing: NGS) เช่น ForenSeq Signature Prep สามารถหาลำดับ STRs และให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับโครงสร้างประชากรได้ ถึงแม้ว่าเอสทีอาร์ที่ได้จากเทคโนโลยีนี้จะมีประโยชน์มากมาย แต่ไม่มีแพลตฟอร์มซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์สใดที่รวมการจัดการและการวิเคราะห์ข้อมูลของเอสทีอาร์ไว้ในแพลตฟอร์มเดียว ผู้ใช้งานอาจต้องใช้หลายโปรแกรมในการวิเคราะห์ข้อมูลเอสทีอาร์ จากนั้นรวบรวมผลลัพธ์ลงในฐานข้อมูลแยกหรือโฟลเดอร์ระบบไฟล์ เพื่อแก้ไขปัญหาดังกล่าว ระบบที่นำเสนอ STRategy เป็นเว็บแอพพลิเคชันที่มีระบบการจัดการและวิเคราะห์ข้อมูลเอสทีอาร์ โดย STRategy อนุญาตให้ผู้ใช้งานเก็บข้อมูลลงฐานข้อมูลหลังจากนั้นระบบจะวิเคราะห์และแสดงผลข้อมูลโดยอัตโนมัติ ระบบนี้ถูกออกแบบให้ใช้ในองค์กรหรือห้องปฏิบัติการ จึงมีระบบการกำหนดสิทธิผู้ใช้ระบบตามบทบาท (Role Based Access Control) เพื่อให้ผู้ใช้งานเข้าถึงข้อมูลตามสิทธิของแต่ละบุคคลเท่านั้น ระบบถูกออกแบบให้มีความยืดหยุ่นสูง และได้ปฏิบัติตามแนวคิดสถาปัตยกรรม 3-เลเยอร์ หลักการออกแบบโปรแกรมเชิงวัตถุ รวมถึงมีการใช้แบบรูป (Design patterns) ต่าง ๆ เพื่อรองรับการเพิ่มโมดูลการวิเคราะห์และโมดูลการแสดงผล รวมถึงการพัฒนาต่อยอดได้ง่ายในอนาคต
dc.description.abstractalternative	Short tandem repeats (STRs) are short repeated sequences commonly found in the human genome and valuable in forensic science, used for human identity and relatedness markers. Next-generation sequencing (NGS) technologies, e.g., ForenSeq Signature Prep, can sequence STRs, providing valuable insights into population and sub-population structures. Despite the potential benefits of NGS for STRs, no open-source software platform integrates the collection, management, and analysis of STR data from NGS into one place. Users must use multiple programs to process their STR data and then collect the results into a separate database or a file system folder. To address this gap, we introduce STRategy, a standalone web-based application supporting essential STR data management and analysis capabilities. STRategy allows users to collect their data into its database, automatically analyze data, and visualizes the data in various forms. STRategy was designed for internal use in a laboratory or an organization. Hence, our system includes role-based access control that allows users to search for or access specific data based on their responsibilities. This system was designed based on the 3-layer architecture, the principles of object-oriented design, and design patterns, which enable the flexible extension of new data formats and add-on modules for various analyses and visualization in the future.
dc.language.iso	th
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.relation.uri	http://doi.org/10.58837/CHULA.THE.2022.862
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.title	ระบบสนับสนุนการจัดเก็บและวิเคราะห์ข้อมูลลำดับซ้ำเรียงต่อเนื่องแบบสั้นสำหรับนิติวิทยาศาสตร์
dc.title.alternative	A support system for collecting and analyzing short tandem repeats for forensic science
dc.type	Thesis
dc.degree.name	วิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต
dc.degree.level	ปริญญาโท
dc.degree.discipline	วิศวกรรมคอมพิวเตอร์
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
dc.identifier.DOI	10.58837/CHULA.THE.2022.862