Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/31357
| Title: | ลายพิมพ์ดีเอ็นเอสำหรับการคัดกรองสายพันธุ์เชื้อ Xanthomonas oryzae pv. oryzae ที่เป็นสาเหตุโรคขอบใบแห้งในข้าว |
| Other Titles: | DNA fingerprint for pathotype screening of Xanthomonas oryzae pv. oryzae causing bacterial leaf blight of rice |
| Authors: | ศุภกิณห์ สุดชูเกียรติ |
| Advisors: | ธีรดา หวังสมบูรณ์ดี พยอม โคเบลลี่ |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ |
| Advisor's Email: | Teerada.W@Chula.ac.th ไม่มีข้อมูล |
| Subjects: | ลายพิมพ์ดีเอ็นเอ ข้าว -- เทคโนโลยีชีวภาพ ข้าว -- พันธุศาสตร์ |
| Issue Date: | 2550 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | โรคขอบใบแห้ง (Bacterial leaf blight) เกิดจากเชื้อแบคทีเรีย Xanthomonas oryzae Pv. oryzae จัดเป็นโรคที่สำคัญมากโรคหนึ่งของข้าวเนื่องจากการระบาดรุนแรงและทำความเสียหายในแหล่งปลูกข้าวที่สำคัญในทุกภาคของประเทศไทย เชื้อ X. oryzae pv. oryzae สามารถพัฒนาตัวเองให้เข้าไปทำลายพันธุ์ต้านทานที่มียีนต้านทานเดียวได้ภายในระยะเวลาอันรวดเร็ว จึงทำให้ยากต่อการปรับปรุงพันธุ์ต้านทานต่อโรคนี้ การศึกษาถึงสายพันธุ์เชื้อ (Pathotype) จึงเป็นข้อมูลที่สำคัญในการวางแผนการใช้ยีนในการปรับปรุงพันธุ์ข้าว ให้มีความต้านทานต่อโรคขอบใบแห้งอย่างมีประสิทธิภาพและยั่งยืน แต่การคัดกรองสายพันธุ์เชื้อเป็นวิธีที่ต้องใช้เวลาและแรงงาน ดังนั้นการใช้เทคนิคด้านพันธุศาสตร์โมเลกุลเพื่อหาความแตกต่างของแต่ละสายพันธุ์เชื้อในการพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมาย (Molecular Marker) จะช่วยให้การคัดกรองสายพันธุ์เชื้อมีความรวดเร็วขึ้น ในงานวิจัยนี้จึงทำการศึกษาเชื้อ X. oryzae pv. oryzae จำนวน 80 ไอโซเลท ที่แยกมาจากข้าวที่เป็นโรคขอบใบแห้งจาก 12 จังหวัด ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย โดยใช้เทคนิควิธี PCR-based ได้แก่ RAPD-PCR rep-PCR และ IS-PCR ใช้ไพรเมอร์ทั้งหมด 15 ไพรเมอร์ ที่ผ่านการสำรวจและคัดเลือกแล้วมาช่วยในการจัดกลุ่มของเชื้อ สามารถแบ่งเชื้อออกเป็น 13 กลุ่ม โดยในกลุ่มใหญ่มีการกระจายของเชื้อที่มาจาก 10 จังหวัด จากผลการจัดกลุ่มได้คัดเลือกแถบดีเอ็นเอที่มีความจำเพาะของเชื้อในกลุ่มที่ 1 และกลุ่มที่ 3 จำนวน 3 แถบ มาพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมาย โดยการสังเคราะห์ชุดไพรเมอร์ 2 ชุด ได้แก่ MG1 และ MG2 เมื่อนำไพรเมอร์ทั้ง 2 ชุด ทดสอบกับเชื้อทั้ง 80 ไอโซเลท พบว่าเฉพาะในชุด MG1 ไพรเมอร์ ที่ได้ผลผลิต PCR ในขนาดที่ต้องการและจำเพาะกับเชื้อในกลุ่มที่ 1 จากผลการวิจัยสรุปได้ว่าเชื้อในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทยมีความหลากหลายทางพันธุกรรมและมีการกระจายตัวไปทุกส่วนของภูมิภาคและความหลากหลายนี้สามารถพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมายได้ 1 ชุด เพื่อใช้ในการคัดกรองสายพันธุ์เชื้อ ซึ่งเป็นข้อมูลที่สำคัญในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวให้มีความต้านทานต่อโรคขอบใบแห้งอย่างมีประสิทธิภาพ |
| Other Abstract: | Bacterial leaf blight caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae is one of the most important rice diseases due to the severe epidemic and causing damage to rice fields in all parts of Thailand. X. oryzae pv. oryzae has high genetic diversity, as such it is difficult to breed any resistant rice cultivars for this disease. Therefore, the pathotype study of this pathogen is important for planning the use of resistance genes in rice breeding program for disease resistance. The pathotype screening is time consuming and laborious. Thus, the use of molecular techniques for pathotype differentiation to develop molecular marker will speed up the pathotype screening. In this research, 80 isolates of X. oryzae pv. oryzae from 12 provinces in northeastern Thailand were studied. PCR-based techniques, i.e. RAPD-PCR, rep-PCR, and IS-PCR, with survey and selected 15 primers were used. X. oryzae pv. oryzae isolates could be divided into 13 groups by cluster analysis in which isolate from 10 provinces were clustered into a large group. Three DNA fragments that specific to the pathogen in group I and group III were selected to develop molecular markers. Two primer sets, MG1 and MG2, were synthesized and used to test on all 80 isolates. The result showed that only the MG1 primer set could amplify a specific PCR fragment of the pathogen in group I. In conclusion, the pathogen isolates from northeastern Thailand had genetic diversity and were distributed to all parts of the region. A molecular marker was developed from this genetic diversity which is useful for pathotype screening. Thus, this information is importance for effective rice breeding program for bacterial left blight resistance. |
| Description: | วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2550 |
| Degree Name: | วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต |
| Degree Level: | ปริญญาโท |
| Degree Discipline: | เทคโนโลยีชีวภาพ |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/31357 |
| URI: | http://doi.org/10.14457/CU.the.2007.277 |
| metadata.dc.identifier.DOI: | 10.14457/CU.the.2007.277 |
| Type: | Thesis |
| Appears in Collections: | Sci - Theses |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Supakin_Su.pdf | 4.56 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.