เครื่องมือค้นหาโปรตีนที่ทำหน้าที่คล้ายคลึงกันด้วยวิธีการจัดเรียงกลุ่มอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำแบบค้นหาเฉพาะส่วน

ชนินท์ จันมา

Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/16154

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	ประภาส จงสถิตย์วัฒนา	-
dc.contributor.advisor	รัฐ พิชญางกูร	-
dc.contributor.author	ชนินท์ จันมา	-
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิศวกรรมศาสตร์	-
dc.date.accessioned	2011-10-22T13:57:34Z	-
dc.date.available	2011-10-22T13:57:34Z	-
dc.date.issued	2552	-
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/16154	-
dc.description	วิทยานิพนธ์ (วศ.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2552	en
dc.description.abstract	เทคนิคการเปรียบเทียบความคล้ายคลึงกันในปัจจุบัน ซึ่งใช้การจัดเรียงกรดอะมิโนในลักษณะ 1 มิตินั้นมีข้อจำกัดและมีความผิดพลาดเมื่อนำมาใช้เปรียบเทียบจัดเรียงลำดับกรดอะมิโนที่มีค่าความเหมือนต่ำแม้ว่าลำดับกรดอะมิโนนั้นจะมีหน้าที่การทำงานเหมือนกัน จึงมีการนำเทคนิคการวิเคราะห์กลุ่มกรดอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำในลักษณะ 2 มิติ มาใช้ ในการทำนายลักษณะโครงสร้างและหน้าที่การทำงานของโปรตีน ในงานวิจัยชิ้นนี้ได้นำเสนอเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเครื่องมือค้นหาโปรตีนที่ทำหน้าที่คล้ายคลึงกัน โดยมีพื้นฐานอยู่บนการจัดเรียงกลุ่มกรดอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำในโครงสร้างระดับทุติยภูมิ เพื่อคิดคำนวณคะแนน ความคล้ายคลึงกันของคู่โปรตีนโดยอัตโนมัติ ซึ่งช่วยลดภาระการค้นหาและจับคู่สายลำดับโปรตีนโดยผู้เชี่ยวชาญ เทคนิคที่ได้นำเสนอนี้ช่วยเพิ่มความเร็วในการคำนวณและแก้ไขข้อบกพร่องในการจับคู่กลุ่มกรดอะมิโนในงานวิจัยเก่าที่ใช้แนวความคิดเชิงละโมบ โดยได้ทำการทดสอบเทคนิคที่นำเสนอกับชุดข้อมูลจากฐานข้อมูล HOMSTRAD และ ฐานข้อมูล PIR ซึ่งผลการทดสอบแสดงให้เห็นถึงประสิทธิภาพที่พัฒนาขึ้นจากเทคนิคการค้นหาโปรตีนที่ทำหน้าที่คล้ายคลึงกันแบบเก่า ทั้งทางด้านความถูกต้องและระยะเวลาที่ใช้คำนวณ	en
dc.description.abstractalternative	Current techniques in protein homology testing involve a 1-dimensional alignment of nucleotide or amino acid sequencing. Due to its various constraints and low sequence identity values, a 2-Dimensional Hydrophobic Cluster Alignment has increasingly been used to predict the structure and functionality of protein. This work proposed an algorithm based on a secondary-structure Hydrophobic Cluster Alignment to compute a similarity score of protein sequences automatically, which helps reduce interventions of a human expert for a manual alignment. Additional techniques are introduced to speed up the calculation, as well as to resolve some greedy-based alignment limitation in the previous work. The alignment results and the classification accuracies from the well-known HOMSTRAD and PIR database have demonstrated an improvement in both accuracy and the computation time.	en
dc.format.extent	1241002 bytes	-
dc.format.mimetype	application/pdf	-
dc.language.iso	th	es
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.relation.uri	http://doi.org/10.14457/CU.the.2009.198	-
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.subject	โปรตีน	en
dc.subject	ลำดับกรดอะมิโน	en
dc.title	เครื่องมือค้นหาโปรตีนที่ทำหน้าที่คล้ายคลึงกันด้วยวิธีการจัดเรียงกลุ่มอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำแบบค้นหาเฉพาะส่วน	en
dc.title.alternative	Protein homology search tool through hydrophobic cluster alignment with local search	en
dc.type	Thesis	es
dc.degree.name	วิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต	es
dc.degree.level	ปริญญาโท	es
dc.degree.discipline	วิศวกรรมคอมพิวเตอร์	es
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.email.advisor	Prabhas.C@chula.ac.th	-
dc.email.advisor	rath.p@chula.ac.th	-
dc.identifier.DOI	10.14457/CU.the.2009.198	-
Appears in Collections:	Eng - Theses

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
chanin_ch.pdf		1.21 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record