Abstract:
Pseudomonas sp. A41 ที่แยกจากน้ำทะเลอ่าวไทย มีความสามารถในการผลิตแรมโนลิพิดจากลักษณะทางสัณฐานวิทยาและสมบัติทางชีวเคมีร่วมกับข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของ 16S rDNA สามารถจำแนกสายพันธุ์ A41 เป็น Pseudomonas aeruginosa แยกยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์แรมโนลิพิดจาก Pseudomonas aeruginosa A41 โดยเทคนิคเซาท์เธอร์นไฮบริไดเซชันจีโนมิกดีเอ็นเอกับดีเอ็นเอติดตาม rhlR หรือ rhlA โคลนชิ้นดีเอ็นเอที่ให้ผลบวกเข้าในพลาสมิดเวกเตอร์และหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นดีเอ็นเอแทรกสอด จากลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งสิ้น 4,965 bp พบกรอบอ่านรหัสเปิด (ORF) ที่สมบูรณ์จำนวน 4 แห่ง และไม่สมบูรณ์ 1 แห่ง กรอบอ่านรหัสเปิดทั้งหมดมีทิศทางในการถอดรหัสไปในทางเดียวกันตามลำดับดังต่อไปนี้ ORF1 (dcd) เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ deoxycytidine triphosphate deaminase ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 เท่ากับ100% ORF2 (rhIA) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ rhamnosyltransferase 1 chain A ของ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 100% ORF3 (rhIB) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ rhamnosyltransferase 1 chain B ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 เท่ากับ 100% ORF4 (rhIR) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ transcriptional regulator RhIR ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 และ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 100% ORF5 (rhII) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ autoinducer synthetase protein RhII ของ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 94% นอกจากนี้ยังพบบริเวณโปรโมเตอร์ บริเวณจับเกาะของไรโบโซม และบริเวณอนุรักษ์ las box ซึ่งเป็นบริเวณจับเกาะของ regulatory protein เหนือกรอบอ่านรหัสเปิด ORF2 ORF4 และ ORF5
