การโคลนและลักษณะสมบัติของยีนกลุ่ม rhl ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์โมโนแรมโนลิพิดทางชีวภาพของ Pseudomonas aeruginosa A41 : รายงานผลการวิจัย

จิราภรณ์ ธนียวัน; กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์; ขนิษฐา วงษ์นิกร

dc.contributor.author	จิราภรณ์ ธนียวัน
dc.contributor.author	กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์
dc.contributor.author	ขนิษฐา วงษ์นิกร
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
dc.contributor.other	ไม่มีข้อมูล
dc.date.accessioned	2010-10-02T10:05:58Z
dc.date.available	2010-10-02T10:05:58Z
dc.date.issued	2549
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/13565
dc.description.abstract	Pseudomonas sp. A41 ที่แยกจากน้ำทะเลอ่าวไทย มีความสามารถในการผลิตแรมโนลิพิดจากลักษณะทางสัณฐานวิทยาและสมบัติทางชีวเคมีร่วมกับข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของ 16S rDNA สามารถจำแนกสายพันธุ์ A41 เป็น Pseudomonas aeruginosa แยกยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์แรมโนลิพิดจาก Pseudomonas aeruginosa A41 โดยเทคนิคเซาท์เธอร์นไฮบริไดเซชันจีโนมิกดีเอ็นเอกับดีเอ็นเอติดตาม rhlR หรือ rhlA โคลนชิ้นดีเอ็นเอที่ให้ผลบวกเข้าในพลาสมิดเวกเตอร์และหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นดีเอ็นเอแทรกสอด จากลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งสิ้น 4,965 bp พบกรอบอ่านรหัสเปิด (ORF) ที่สมบูรณ์จำนวน 4 แห่ง และไม่สมบูรณ์ 1 แห่ง กรอบอ่านรหัสเปิดทั้งหมดมีทิศทางในการถอดรหัสไปในทางเดียวกันตามลำดับดังต่อไปนี้ ORF1 (dcd) เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ deoxycytidine triphosphate deaminase ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 เท่ากับ100% ORF2 (rhIA) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ rhamnosyltransferase 1 chain A ของ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 100% ORF3 (rhIB) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ rhamnosyltransferase 1 chain B ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 เท่ากับ 100% ORF4 (rhIR) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ transcriptional regulator RhIR ของ Pseudomonas aeruginosa PAO1 และ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 100% ORF5 (rhII) ลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายกับ autoinducer synthetase protein RhII ของ Pseudomonas aeruginosa PG201 เท่ากับ 94% นอกจากนี้ยังพบบริเวณโปรโมเตอร์ บริเวณจับเกาะของไรโบโซม และบริเวณอนุรักษ์ las box ซึ่งเป็นบริเวณจับเกาะของ regulatory protein เหนือกรอบอ่านรหัสเปิด ORF2 ORF4 และ ORF5
dc.description.abstractalternative	Pseudomonas sp. A41 isolated from Gulf of Thailand’s sea water is capable of producing rhamnolipid. Morphological and biochemical characteristics together with 16S rDNA nucleotide sequence enable to classify strain A41 as Pseudomonas aeruginosa. Genes involving rhamnolipid biosynthesis were isolated from Pseudomonas aeruginosa A41 by southern hybridization of genomic DNA with rhIR- or rhIA-probe. Positive DNA fragments were cloned into plasmid vectors and nucleotide sequences of insert DNA were determined. From total nucleotide sequence of 4,965 bp, four complete and one incomplete open reading frames (ORFs) were revealed. All ORFs are in the same orientation as following; ORF1 is an incomplete ORF with 100% homology to deoxycytidine triphosphate deaminase of Pseudomonas aeruginosa PAO1; ORF2 (rhIA) shows 100% homology to rhamnosyltransferase 1 chain A of Pseudomonas aeruginosa PG201; ORF3 (rhIB) shows 100% homology to rhamnosyltransferase 1 chain B of Pseudomonas aeruginosa PAO1; ORF4 (rhIR) shows 100% homology to transcriptional regulator RhIR of Pseudomonas aeruginosa PGO1 and PG201 and ORF5 (rhII) shows 94% homology to autoinducer synthetase protein RhII of Pseudomonas aeruginosa PG201. Moreover, the putative promoters, Shine-Dalgarno (SD) sequences and conserve regions of las box were found upstream of ORF2 ORF4 and ORF5.
dc.description.sponsorship	ทุนวิจัยกองทุนรัชดาภิเษกสมโภช	en
dc.format.extent	11253714 bytes
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.language.iso	th	es
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en
dc.subject	ซูโดโมนาสแอรูจิโนซา	en
dc.subject	สารลดแรงตึงผิวชีวภาพ	en
dc.subject	แรมโนลิพิด -- การสังเคราะห์	en
dc.title	การโคลนและลักษณะสมบัติของยีนกลุ่ม rhl ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์โมโนแรมโนลิพิดทางชีวภาพของ Pseudomonas aeruginosa A41 : รายงานผลการวิจัย	en
dc.title.alternative	Cloning and characterization of rhl genes involving mono-rhamnolipid biosynthesis of pseudomonas aeruginosa A41	en
dc.type	Technical Report	es
dc.email.author	Jiraporn.Th@Chula.ac.th
dc.email.author	Kobchai.P@Chula.ac.th
dc.email.author	ไม่มีข้อมูล