การหาค่าพลังงานยึดเหนี่ยวระหว่างเอนไซม์นิวรามินิเดสกับทามิฟลูด้วยวิธีโมเลคิวลาร์แฟรกเมนต์

Abstract

งานวิจัยนี้คำนวณพลังงานการยึดจับ (Binding energy) ระหว่างเอนไซม์นิวรามินิเดส (Neuraminidase) ซึ่งเป็นโปรตีนที่สำคัญของไวรัสไข้หวัดใหญ่ กับโอเซลทามิเวียร์ (Oseltamivir) ซึ่งเป็นสารยับยั้งการทำงานของโปรตีนนิวรามินิเดส และถูกนำมาใช้เป็นยาต้านไวรัสไข้หวัดใหญ่ โดยใช้วิธีการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย (Molecular fragment) ซึ่งเป็นการแตกโมเลกุลขนาดใหญ่ให้มีขนาดเล็กลง เพื่อลดระยะเวลาในการคำนวณ จากนั้นนำค่าพลังงานยึดจับที่ได้จากวิธีการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย ไปเปรียบเทียบกับพลังงานยึดจับที่ได้จากการคำนวณระบบโมเลกุลแบบเต็ม (Full system) จากระเบียบวิธีการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย พลังงานของระบบสามารถคำนวณได้จากผลรวมของพลังงานโมเลกุลส่วนย่อย (fragment molecule) หรือโมเลกุลมอนอเมอร์ (monomer, Ei) รวมกับแรงกระทำสองวัตถุ (2-body interaction, Δij) และแรงกระทำสามวัตถุ (3-body interaction, Tijk) ผลการคำนวณพลังงานจากระบบโมเลกุลแบบเต็ม ได้ค่าพลังงานการยึดจับเท่ากับ -125.51 kcal/mol เมื่อเปรียบเทียบกับผลจากการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย ซึ่งมีค่าพลังงานยึดจับเท่ากับ 4760.05 kcal/mol มีเปอร์เซ็นต์ความคลาดเคลื่อน 3892.529% เป็นผลจากความผิดพลาดในการคำนวณ 3-body interaction