Please use this identifier to cite or link to this item:
https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78242
| Title: | การหาค่าพลังงานยึดเหนี่ยวระหว่างเอนไซม์นิวรามินิเดสกับทามิฟลูด้วยวิธีโมเลคิวลาร์แฟรกเมนต์ |
| Other Titles: | Molecular fragment approach for determining binding energy of neuraminidase enzyme with Tamiflu |
| Authors: | อัญมณี งามวัฒน์ |
| Advisors: | วุฒิชัย พาราสุข |
| Other author: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ |
| Subjects: | โอเซลทามิเวียร์ นิวรามินิเดส Neuraminidase Oseltamivir |
| Issue Date: | 2560 |
| Publisher: | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Abstract: | งานวิจัยนี้คำนวณพลังงานการยึดจับ (Binding energy) ระหว่างเอนไซม์นิวรามินิเดส (Neuraminidase) ซึ่งเป็นโปรตีนที่สำคัญของไวรัสไข้หวัดใหญ่ กับโอเซลทามิเวียร์ (Oseltamivir) ซึ่งเป็นสารยับยั้งการทำงานของโปรตีนนิวรามินิเดส และถูกนำมาใช้เป็นยาต้านไวรัสไข้หวัดใหญ่ โดยใช้วิธีการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย (Molecular fragment) ซึ่งเป็นการแตกโมเลกุลขนาดใหญ่ให้มีขนาดเล็กลง เพื่อลดระยะเวลาในการคำนวณ จากนั้นนำค่าพลังงานยึดจับที่ได้จากวิธีการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย ไปเปรียบเทียบกับพลังงานยึดจับที่ได้จากการคำนวณระบบโมเลกุลแบบเต็ม (Full system) จากระเบียบวิธีการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย พลังงานของระบบสามารถคำนวณได้จากผลรวมของพลังงานโมเลกุลส่วนย่อย (fragment molecule) หรือโมเลกุลมอนอเมอร์ (monomer, Ei) รวมกับแรงกระทำสองวัตถุ (2-body interaction, Δij) และแรงกระทำสามวัตถุ (3-body interaction, Tijk) ผลการคำนวณพลังงานจากระบบโมเลกุลแบบเต็ม ได้ค่าพลังงานการยึดจับเท่ากับ -125.51 kcal/mol เมื่อเปรียบเทียบกับผลจากการคำนวณโมเลกุลส่วนย่อย ซึ่งมีค่าพลังงานยึดจับเท่ากับ 4760.05 kcal/mol มีเปอร์เซ็นต์ความคลาดเคลื่อน 3892.529% เป็นผลจากความผิดพลาดในการคำนวณ 3-body interaction |
| Other Abstract: | Molecular fragment (MF) energies approach was used to calculate the binding energy of neuraminidase enzyme, which is an important enzyme of the influenza virus, and oseltamivir, which is the neuraminidase inhibitor that has been used as the anti-influenza drug. In the MF approach, the large molecule was made into small fragments to save calculation time. Once the binding energy was obtained, It was compared to that computed using full molecular system. From MF approach, energy of system is calculated from the summation of fragment or monomer energies (Ei), 2-body interactions (Δij) and 3-body interactions (Tijk). The results showed the binding energies from full system and MF are -125.51 kcal/mol and 4760.05 kcal/mol, respectively. Thus, there is the percentage error of 3892.529% which caused by the error in the determination of 3-body interactions. |
| Description: | โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาเคมี. คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2560 |
| URI: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78242 |
| Type: | Senior Project |
| Appears in Collections: | Sci - Senior Projects |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Aunyamanee Ng_SE_2560.pdf | 2.12 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.