Abstract:
โรคเอดส์ที่เกิดจากการติดเชื้อเอชไอวี ยังคงเป็นปัญหาทางสาธารณสุขที่รุนแรงทั่วโลก สาเหตุหนึ่ง เพราะเชื้อ HIV เกิดการกลายพันธุ์และดื้อต่อยารักษา ดังนั้นจึงจำเป็นที่จะต้องมีการค้นคว้าเพื่อพัฒนาหาสาร ยับยั้งตัวใหม่ที่มีประสิทธิภาพ ข้อมูลโครงสร้างการเข้าจับระหว่างเอนไซม์กับสารยับยั้งนับว่ามีประโยชน์อย่าง มากต่อการพัฒนาค้นคว้าหายาใหม่ นักวิจัยสามารถใช้เทคนิคการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลในการทำนาย โครงสร้างการเข้าจับได้ อย่างไรก็ตามประสิทธิภาพในการทำนายขึ้นกับโปรแกรมและปัจจัยหลายอย่าง ดังนั้น ในงานวิจัยนี้จึงได้ทำการศึกษาประสิทธิภาพของโปรแกรมที่ใช้ในการคำนวณการเข้าจับโมเลกุล โดยเริ่มต้น จากโครงสร้างการเข้าจับทางการทดลองระหว่างเอชไอวี-1 อินทีเกรสกับสารยับยั้งจำนวน 24 ตัว ดึงเอาโครงสร้างสารยับยั้งออก แล้วทำการคำนวณการเข้าจับกลับไปในโครงสร้างเอนไซม์ด้วยวิธีและโปรแกรมที่ แตกต่างกัน เพื่อเทียบประสิทธิภาพการทำนายโครงสร้างการเข้าจับ ผลจากการศึกษาพบว่าการใช้โปรแกรม AutoDock Vina โดยเริ่มจากโครงสร้างสารยับยั้งจากการทดลองและคำนวณแบบแข็งเกร็ง สามารถทำนาย โครงสร้างการเข้าจับได้ใกล้เคียงกับโครงสร้างทางการทดลอง ในขณะที่การคำนวณแบบยืดหยุ่นมีประสิทธิภาพ ในการทำนายลดลง ส่วนการใช้โปรแกรม SwissDock ให้ผลการคำนวณที่หลากหลายทั้งที่ใกล้เคียงและ แตกต่างจากโครงสร้างทางการทดลอง แต่โครงสร้างที่มีพลังงานการเข้าจับที่ดีที่สุดมีความแตกต่างจาก โครงสร้างจากการทดลอง จึงยังไม่สามารถหาเกณฑ์การตัดสินใจที่เหมาะสมได้
