การทำนายโครงรูปการเข้าจับทางเอกซเรย์ของเอชไอวีวันอินทีเกรสกับสารยับยั้งด้วยเทคนิคการเข้าจับเชิงโมเลกุล

เบญจวรรณ ธนันชัย

dc.contributor.advisor	สมศักดิ์ เพียรวณิช
dc.contributor.author	เบญจวรรณ ธนันชัย
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
dc.date.accessioned	2022-05-20T03:48:08Z
dc.date.available	2022-05-20T03:48:08Z
dc.date.issued	2563
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78636
dc.description	โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาเคมี. คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2563	en_US
dc.description.abstract	โรคเอดส์ที่เกิดจากการติดเชื้อเอชไอวี ยังคงเป็นปัญหาทางสาธารณสุขที่รุนแรงทั่วโลก สาเหตุหนึ่ง เพราะเชื้อ HIV เกิดการกลายพันธุ์และดื้อต่อยารักษา ดังนั้นจึงจำเป็นที่จะต้องมีการค้นคว้าเพื่อพัฒนาหาสาร ยับยั้งตัวใหม่ที่มีประสิทธิภาพ ข้อมูลโครงสร้างการเข้าจับระหว่างเอนไซม์กับสารยับยั้งนับว่ามีประโยชน์อย่าง มากต่อการพัฒนาค้นคว้าหายาใหม่ นักวิจัยสามารถใช้เทคนิคการคำนวณการเข้าจับเชิงโมเลกุลในการทำนาย โครงสร้างการเข้าจับได้ อย่างไรก็ตามประสิทธิภาพในการทำนายขึ้นกับโปรแกรมและปัจจัยหลายอย่าง ดังนั้น ในงานวิจัยนี้จึงได้ทำการศึกษาประสิทธิภาพของโปรแกรมที่ใช้ในการคำนวณการเข้าจับโมเลกุล โดยเริ่มต้น จากโครงสร้างการเข้าจับทางการทดลองระหว่างเอชไอวี-1 อินทีเกรสกับสารยับยั้งจำนวน 24 ตัว ดึงเอาโครงสร้างสารยับยั้งออก แล้วทำการคำนวณการเข้าจับกลับไปในโครงสร้างเอนไซม์ด้วยวิธีและโปรแกรมที่ แตกต่างกัน เพื่อเทียบประสิทธิภาพการทำนายโครงสร้างการเข้าจับ ผลจากการศึกษาพบว่าการใช้โปรแกรม AutoDock Vina โดยเริ่มจากโครงสร้างสารยับยั้งจากการทดลองและคำนวณแบบแข็งเกร็ง สามารถทำนาย โครงสร้างการเข้าจับได้ใกล้เคียงกับโครงสร้างทางการทดลอง ในขณะที่การคำนวณแบบยืดหยุ่นมีประสิทธิภาพ ในการทำนายลดลง ส่วนการใช้โปรแกรม SwissDock ให้ผลการคำนวณที่หลากหลายทั้งที่ใกล้เคียงและ แตกต่างจากโครงสร้างทางการทดลอง แต่โครงสร้างที่มีพลังงานการเข้าจับที่ดีที่สุดมีความแตกต่างจาก โครงสร้างจากการทดลอง จึงยังไม่สามารถหาเกณฑ์การตัดสินใจที่เหมาะสมได้	en_US
dc.description.abstractalternative	AIDS and HIV infection are still serious health problem worldwide. One reason is mutations of HIV which cause drug resistance. Therefore, research for development of new effective inhibitors is necessary. Information about enzyme-inhibitor complex structure is very helpful for a development of new drug. Researchers can use molecular docking calculation technique to predict binding structures. However, performance of such prediction depends on software and other factors. In this study, performance of molecular docking calculation software was evaluated. First, 24 X-ray complex structures between HIV-1 integrase and its inhibitors were selected. Then, the structure of each inhibitor was pulled out and docked back to the enzymes using different methods and software. Results showed that rigid docking calculations using AutoDock Vina starting from the X-ray structure of inhibitor can reproduce experimental binding structures whereas flexible docking calculations have lower prediction performance. Calculations using SwissDock gave various results, which are similar to and different from the experimental structures. However, structure with the best binding energy is different from the experimental structure so it is not yet possible to find suitable criteria for selection of the docking solution.	en_US
dc.language.iso	th	en_US
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.subject	สารยับยั้งเอนไซม์	en_US
dc.subject	การติดเชื้อเอชไอวี	en_US
dc.subject	Enzyme inhibitors	en_US
dc.subject	HIV infections	en_US
dc.title	การทำนายโครงรูปการเข้าจับทางเอกซเรย์ของเอชไอวีวันอินทีเกรสกับสารยับยั้งด้วยเทคนิคการเข้าจับเชิงโมเลกุล	en_US
dc.title.alternative	Predicting X-ray bound conformation of HIV-1 integrase and inhibitors using molecular docking technique	en_US
dc.type	Senior Project	en_US
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US