การระบุชนิดของไส้เดือนฝอยที่สามารถกำจัดหอยทากศัตรูพืชในสวนกล้วยไม้

ปภาณิณ พันธ์พานิช

dc.contributor.advisor	เกรียง กาญจนวตี
dc.contributor.author	ปภาณิณ พันธ์พานิช
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
dc.date.accessioned	2022-06-20T08:24:00Z
dc.date.available	2022-06-20T08:24:00Z
dc.date.issued	2563
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78883
dc.description	โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2563	en_US
dc.description.abstract	กล้วยไม้เป็นหนึ่งในพืชสำคัญทางเศรษฐกิจของประเทศไทย เนื่องจากเป็นพันธุ์ไม้ที่มีสีสันสวยงาม ให้ดอกนาน และบางสายพันธุ์มีกลิ่นหอม ในช่วงสองถึงสามปีที่ผ่านมาการส่งออกกล้วยไม้ในประเทศไทยมีแนวโน้มเพิ่มสูงขึ้น แต่ก็ยังมีปัญหาที่ต้องแก้ไขคือ ผลผลิตไม่ได้มาตรฐานเนื่องจากการระบาดของหอยทากศัตรูพืช ไส้เดือนฝอยคือสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กมีรูปร่างคล้ายหนอน ลำตัวไม่มีปล้อง ดำรงชีวิตแบบอิสระได้ทั้งในดิน และแหล่งน้ำ ทั้งยังพบในสิ่งมีชีวิตชนิดอื่น เช่น พืช และ สัตว์ ไส้เดือนฝอยมีประมาณ 23,000 สปีชีส์ บางสปีชีส์สามารถนำมาใช้เป็นตัวควบคุมการระบาดของหอยทากศัตรูพืชได้ เป็นหนึ่งทางเลือกแทนการพึ่งพาสารเคมี ในห้องปฏิบัติการของ อาจารย์ ดร.เกรียง กาญจนวตี มีไส้เดือนฝอยที่ผ่านการทดสอบความสามารถในการก่อโรคต่อหอยทากศัตรูพืชที่พบในสวนกล้วยไม้เรียบร้อยแล้ว ซึ่งคือไส้เดือนฝอย monoculture ที่ผ่านการแยกโดยการนำตัวเมียที่มีไข่ 1 ตัว ออกจากไส้เดือนฝอยที่แยกได้จากหอยทากที่ตาย (isolate) ทั้งหมด 17 สายพันธุ์ ได้แก่ 10B7, 10B2, 20B1, 12B8, 26A1, 17C1, 10C7, 10C8, 10C2, 10A12, 20A1, 16A1, 10A1, 16C5, 17B1, 10A3 และ 22A1 แต่ไส้เดือนฝอยดังกล่าวยังไม่ได้ผ่านการระบุชนิด ดังนั้นผู้วิจัยจึงต้องการระบุชนิดของไส้เดือนฝอยดังกล่าวโดยใช้วิธีทางชีววิทยาโมเลกุลมาเป็นตัวบ่งชี้ความแตกต่างของไส้เดือนฝอยจากลำดับเบสบนยีนไรโบโซมหน่วยย่อยขนาดเล็ก (SSU หรือ 18S rRNA) ดังต่อไปนี้ 1) เพิ่มปริมาณดีเอ็นเอด้วยคู่ไพรเมอร์ที่มีความจำเพาะต่อดีเอ็นเอของไส้เดือนฝอย คือ SSU18A (5'-AAAGATTAAAGCCATGCATG-3') และ SSU26R (5'-CATTCTTGGCAAATGCTTTCG-3') 2) ตรวจสอบดีเอ็นเอโดยวิธี agarose gel electrophoresis 3) ทำผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ให้บริสุทธิ์โดยใช้ MiniElute® PCR Purification Kit (QIAGEN) 4) ส่งวิเคราะห์เพื่อหาลำดับ นิวคลีโอไทด์ โดยวิธี Sanger sequencing method 5) ตรวจสอบและเปรียบเทียบกับข้อมูลใน Genbank nucleotide BLAST tool และ 6) สร้างแผนภูมิต้นไม้ (phylogenetic tree) โดยจัดกลุ่มด้วยวิธี neighbor-joining พบว่าไส้เดือนฝอยสายพันธุ์ 10A1, 10B7, 10C7, 12B8, 17B1, 17C1, 20A1, 20B1 และ 22A1 คือ Acrobeloides sp., สายพันธุ์ 10A3, 10A12, 10B2, 10C2 และ 10C8 คือ Cephalobus cubaensis, สายพันธุ์ 16A1 และ 16C5 คือ Panagrolaimus sp. และสายพันธุ์ 26A1 ซึ่งยังไม่สามารถระบุได้ว่าอยู่ในสกุล Acrobeloides sp. หรือ Cephalobus sp. ซึ่งควรมีการศึกษาลักษณะทางสัณฐานวิทยาเพิ่มเติมในภายหลัง โดยจากงานวิจัยก่อนหน้าพบว่ามีความสอดคล้องกับงานวิจัยชิ้นนี้ เนื่องจากพบว่า Acrobeloides sp. Cephalobus cubaensis และ Panagrolaimus sp. มีความสามารถในการก่อโรคในหอยทากศัตรูพืช	en_US
dc.description.abstractalternative	Orchid is one of the major economic crops in Thailand because of its colourful flowers and fragrant in some species. Over the past several years, the export of orchids in Thailand is likely to increase, but there are still problems that need to be solved. The yield was not up to the standard due to an infestation of pest snails. Nematodes are non-segmented round worms living within terrestrial or aquatic environments and can be found in other organisms. About 23,000 species have already been described, some species can be used as a biocontrol for pest snail infestation. In the laboratory of Dr. Krieng Kanchanawatee, there are nematodes that have been tested for the ability to cause diseases against pest snails, found in the orchid farms, which are monoculture nematodes. Monoculture nematodes were established by culturing a single female nematodes with eggs that were found in dead pest snails. There are in total of 17 strains: 10B7, 10B2, 20B1, 12B8, 26A1, 17C1, 10C7, 10C8, 10C2, 10A12, 20A1, 16A1, 10A1, 16C5, 17B1, 10A3 and 22A1. However, these nematodes have not been yet identified. Therefore, the objective of this research is to identify the species of these nematodes using molecular biology methods. To differentiate nematode species, the small subunit ribosome (SSU or 18S rRNA) gene was chosen to construct the phylogenetic trees which can be divided in six steps as follows 1) amplifying a segment of DNA using PCR with SSU18A primer (5'-AAAGATTAAAGCCATGCATG-3') and SSU26R primer (5'-CATTCTTGGCAAATGCTTTCG-3') 2) examining DNA by agarose gel electrophoresis 3) purifying PCR products using MiniElute® PCR Purification Kit (QIAGEN) 4) analyzing by Sanger sequencing method 5) comparing nucleotide sequences to sequence databases in Genbank nucleotide BLAST tool and 6) constructing phylogenetic trees by neighbor-joining method. This study suggests that the 10A1, 10B7, 10C7, 12B8, 17B1, 17C1, 20A1, 20B1 and 22A1 strains are Acrobeloides sp., the 10A3, 10A12, 10B2, 10C2 and 10C8 strains are Cephalobus cubaensis, the 16A1 and 16C5 strains are Panagrolaimus sp. and the 26A1 strain could be both Acrobeloides sp. or Cephalobus sp. The 26A1 strain could not be identified solely by molecular biology techniques; therefore, the further morphology studies of these nematodes is suggested. Moreover, the previous studies of Acrobeloides sp. Cephalobus cubaensis and Panagrolaimus sp. indicated that these nematodes were pathogenic to pest snails. This supported the identification of the present study.	en_US
dc.language.iso	th	en_US
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.subject	กล้วยไม้ -- โรคและศัตรูพืช	en_US
dc.subject	หอยทาก	en_US
dc.subject	ไส้เดือนดิน	en_US
dc.subject	Orchids -- Diseases and pests	en_US
dc.subject	Snails	en_US
dc.subject	Earthworms	en_US
dc.title	การระบุชนิดของไส้เดือนฝอยที่สามารถกำจัดหอยทากศัตรูพืชในสวนกล้วยไม้	en_US
dc.title.alternative	Identification of pathogenic nematodes of pest snails in orchid farms	en_US
dc.type	Senior Project	en_US
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US