การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนในกลุ่มไฮบริดฮิสทิดีนไคเนส ภายใต้ภาวะความเครียดจากเกลือใน Halothece sp. PCC7418

พัชร์สิตา ศิรยศอลงกรณ์

dc.contributor.advisor	รุ่งอรุณ วาดิถี สิริศรัทธา
dc.contributor.author	พัชร์สิตา ศิรยศอลงกรณ์
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์
dc.date.accessioned	2022-06-27T02:31:24Z
dc.date.available	2022-06-27T02:31:24Z
dc.date.issued	2563
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/78983
dc.description	โครงงานเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษาตามหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต ภาควิชาจุลชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปีการศึกษา 2563	en_US
dc.description.abstract	ไซยาโนแบคทีเรียประเภทเอ็กซ์ทรีโมไฟล์ (extremophile) มีความสามารถในการปรับตัวเพื่อให้อยู่ในสิ่งแวดล้อมที่สุดขั้วที่ไม่เหมาะสมต่อการดำรงชีวิต ปัจจัยด้านความเค็มเป็นหนึ่งในปัญหาจากสิ่งที่ไม่มีชีวิตที่สามารถส่งผลกระทบต่อเซลล์ของไซยาโนแบคทีเรีย เมื่ออาศัยอยู่ภายในสภาพแวดล้อมที่ได้รับความเค็มในปริมาณสูงหรือได้รับเป็นเวลานานก่อให้เกิดความเครียดภายในเซลล์ได้ส่งผลให้เซลล์ต้องมีการปรับตัวเพื่อรับมือกับความเครียดเพื่อป้องกันความเสียหายที่เกิดขึ้น โดยการแสดงออกของยีนบางกลุ่มที่มีความสามารถในการควบคุมสมดุลของปฏิกริยาภายในเซลล์ให้เป็นไปตามปกติ Halothece sp. PCC7418 เป็นเอ็กซ์ทรีโมไฟล์ไซยาโนแบคทีเรียที่มีระบบ Two-Component System (TCS) ซึ่งเป็นระบบของโปรตีนที่ใช้ในการแสดงออกของเซลล์และยีนต่าง ๆ ในการตอบสนองต่อสภาพแวดล้อมภายนอกเซลล์ ประกอบด้วยโปรตีน 2 ชนิด คือ Histidine kinase (HK) เป็นการทำงานร่วมกันของ Dimerization and phosphor-acceptor (HisKA), Histidine kinase ATPase (HATPase) Response regulator (RR) ที่เป็นการทำงานของ Aspartate-containing receiver ซึ่งเมื่อ Histidine kinase ทำงานร่วมกับ Response regulator ทำให้เกิดกลุ่มของยีนที่เรียกว่า ไฮบริดไคเนส (HyK) จากการสืบค้นข้อมูลพบว่ามียีนจำนวน 13 ยีนที่คาดว่าเป็นยีนในกลุ่มนี้ ได้แก่ PCC7418_0473, PCC7418_0496, PCC7418_0613, PCC7418_0909, PCC7418_1045, PCC7418_1124, PCC7418_1191, PCC7418_1731, PCC7418_1732, PCC7418_2221, PCC7418_2725, PCC7418_2951, PCC7418_3814 ภาวะที่ใช้ในการศึกษานี้ คือ การให้ความเครียดจากความเค็มที่ความเข้มข้น NaCl 2 โมลาร์ เป็นเวลา 0, 1, 3, 6 ชั่วโมง ตรวจสอบผลการแสดงออกของยีนได้โดยการนำมาสกัด RNA และเปลี่ยนเป็น Cdnaที่ความเข้มข้น 2500 นาโนกรัม นำไปรันเจลอิเล็กโทรโฟลิซิสเพื่อตรวจสอบผลลัพธ์ที่ได้ พบว่าการแสดงออกของยีนในกลุ่มนี้มีความแตกต่างกันโดยการแสดงออกของยีนแต่ละชนิด มีค่าไม่เท่ากันจึงจำเป็นต้องทำการศึกษาต่อในอนาคตถึงปัจจัยที่เหมาะสมในการแสดงออกของยีนแต่ละตัว	en_US
dc.description.abstractalternative	Extremophillic cyanobacteria have the ability to adapt to the extreme environments that are unsuitable for life. Salinity is one of abiotic stresses that can affect the cells, living in an environment that is exposed to high levels of salinity or for a long time can cause intracellular stress. That means the cells need to adjust themselves to cope with stress to prevent damage, by the expression of genes capable of regulating the equilibrium of normal intracellular reactions. Halothece sp. PCC 7418 is an extremophillic cyanobacteria that employ two-component system proteins to regulate cell activities and gene expression in response to the environmental changes. The two-component system consists of two types of proteins, histidine kinases (HK) and response regulators (RR) which are classified by the specificity of signatures domain in their structures. HisKA (dimerization and phosphoacceptor) and HATPase (histidine kinase ATPase) domain are known as component of HK and, aspartate-containing receiver domain are found in response regulators protein. The function cooperated by the three domain proteins is called hybrid kinase (HyK). From the entire genome analysis of Halothece sp. PCC7418, 13 putative genes encoding HyK were found. There are PCC7418_0473, PCC7418_0496, PCC7418_0613, PCC7418_0909, PCC7418_1045, PCC7418_1124, PCC7418_1191, PCC7418_1731, PCC7418_1732, PCC7418_2221, PCC7418_2725, PCC7418_2951, PCC7418_3814. The condition used in this study was salinity stress at NaCl 2 M concentration for 0, 1, 3, 6 hours. The gene expression effect was investigated by RNA extraction and conversion to cDNA at 2500 ng. concentration, was run with a gel electrophoresis to verify the results. The result show that expression level of genes in this group was differed.	en_US
dc.language.iso	th	en_US
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.subject	ไซยาโนแบคทีเรีย -- ผลกระทบจากความเครียด	en_US
dc.subject	การแสดงออกของยีน	en_US
dc.subject	Cyanobacteria -- Effect of stress on	en_US
dc.subject	Gene expression	en_US
dc.title	การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนในกลุ่มไฮบริดฮิสทิดีนไคเนส ภายใต้ภาวะความเครียดจากเกลือใน Halothece sp. PCC7418	en_US
dc.title.alternative	Gene expression analysis of hybrid histidine kinase in cyanobacteria Halothece sp. PCC 7418 under salt stress condition	en_US
dc.type	Senior Project	en_US
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US