Please use this identifier to cite or link to this item: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/49863
Title: Using whole exome sequencing to identify mutations of four different human diseases
Other Titles: การใช้เทคโนโลยีการหาลำดับเบสรุ่นใหม่ทั่วเอ็กโซมเพื่อหาการกลายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับโรคพันธุกรรม ๔ โรค
Authors: Wipa Panmontha
Advisors: Kanya Suphapeetiporn
Vorasuk Shotelersuk
Other author: Chulalongkorn University. Faculty of Medicine
Advisor's Email: Kanya.Su@Chula.ac.th,kanya.su@chula.ac.th
Vorasuk.S@Chula.ac.th
Subjects: Exomes
Mutation (Biology)
Genetic disorders
เอ็กโซม
การกลายพันธุ์
โรคพันธุกรรม
Issue Date: 2015
Publisher: Chulalongkorn University
Abstract: Whole exome sequencing (WES) is an application of the next generation sequencing (NGS). With this technique, the target regions such as coding sequences, splice site, non-coding RNA and highly conserved regions which are about 1 percent of the genome harboring about 85 percent of mutations with large effects on disease-related traits are sequenced. Here, two different Mendelian disorders were studied. The first is familial comedones, a rare autosomal dominant skin disorder. Two unrelated families affected with familial comedones were included. WES combined with whole genome linkage analysis using a single nucleotide polymorphism (SNP) array was conducted in the first family which identified a heterozygous mutation, c.84_85insT in the PSENEN gene. This mutation was also identified in the second family. Quantitative real-time PCR indicated increased expression of PSENEN mRNA in the patients. Another disease included in this study is an undiagnosed syndrome with intellectual disability in a non-consanguineous family. Two siblings were affected. Exome sequencing was performed in both patients and their parents. Neither pathogenic copy number variations nor SNVs/indels were identified. In summary, conducting WES led us to identify a novel gene underlying familial comedones. However, using WES to find a gene underlying a disease with genetic heterogeneity as intellectual disability remains a challenge.
Other Abstract: Whole exome sequencing (WES) เป็นการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีการหาลำดับเบสรุ่นใหม่ (Next generation sequencing, NGS) เป็นการหาลำดับเบสเฉพาะส่วนที่ต้องการ ได้แก่ coding sequence, splice site, non-coding RNA และ highly conserved regions ซึ่งเป็นประมาณร้อยละ 1 ของจีโนม และประมาณร้อยละ 85 ของการกลายพันธุ์ซึ่งส่งผลกระทบให้เกิดโรคอยู่ในบริเวณดังกล่าวนี้ โดยการศึกษาวิจัยนี้ มีวัตถุประสงค์เพื่อหาการกลายพันธุ์ในยีนที่เป็นสาเหตุของโรคจำนวนสองโรคที่มีการถ่ายทอดทางพันธุกรรมที่เกิดจากยีนเดียว โรคแรก คือ โรคแฟมิเลียลโคมิโดน (familial comedones) เป็นโรคทางผิวหนังที่มีการถ่ายทอดแบบยีนเด่นบนออโตโซม มีครอบครัวชาวไทยสองครอบครัวที่พบเป็นโรคนี้และเข้าร่วมการศึกษา ผู้วิจัยศึกษาครอบครัวแรกโดยใช้ whole exome sequencing ร่วมกับการศึกษาลิงค์เกจทั่วจีโนมโดยการใช้ SNPs array พบการกลายพันธุ์ที่สำคัญหนึ่งตำแหน่ง คือ c.84_85insT ในยีน PSENEN สำหรับครอบครัวที่สอง พบการกลายพันธุ์ชนิดและตำแหน่งเดียวกันกับที่พบในครอบครัวแรก ผลการศึกษาการแสดงออกระดับอาร์เอ็นเอของยีน PSENEN พบว่า มีระดับของอาร์เอ็นเอมากกว่าในผู้ป่วยเมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุมที่ไม่เป็นโรค อีกโรคหนึ่งที่ผู้วิจัยทำการศึกษา คือ กลุ่มอาการพัฒนาการช้าที่ไม่ทราบสาเหตุโดยพบในสมาชิกสองคนในครอบครัวที่ไม่มีการแต่งงานในเครือญาติ ซึ่งคาดว่ามีการถ่ายทอดพันธุกรรมแบบยีนด้อยบนออโตโซม ผู้วิจัยได้ทำ whole exome sequencing จากดีเอ็นเอของผู้ป่วยสองรายที่เป็นพี่น้องกันและพ่อและแม่ของผู้ป่วย อย่างไรก็ตามไม่พบยีนที่เกี่ยวข้องกับการเกิดโรคในครอบครัวนี้ ไม่ว่าจะเป็น copy number variations, single nucleotide variants หรือ indels โดยสรุปการใช้ WES นำไปสู่การค้นพบยีนใหม่ที่เป็นสาเหตุของโรคแฟมิเลียลโคมิโดน แต่อย่างไรก็ตามการหายีนที่เป็นสาเหตุของโรคที่มีสาเหตุทางพันธุรรมที่หลากหลายอย่างเช่นกลุ่มอาการพัฒนาการช้าที่ไม่ทราบสาเหตุยังคงเป็นความท้าทาย
Description: Thesis (Ph.D.)--Chulalongkorn University, 2015
Degree Name: Doctor of Philosophy
Degree Level: Doctoral Degree
Degree Discipline: Medical Science
URI: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/49863
Type: Thesis
Appears in Collections:Med - Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
5474160730.pdf4.54 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.