DSpace  
 

CUIR at Chulalongkorn University >
Faculty and Institute >
Faculty of Medicine - Med >
Med - Theses >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/52680

Title: The study of DNA methylation status of the interspersed repetitive sequences type LINE-1, ALU, HERV-E AND HERV-K in neutrophil of systemic lupus erythematosus patients and healthy controls
Other Titles: การศึกษาสภาวะดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นของส่วนเบสซ้ำชนิดไลด์1, อลู, เอชอีอาร์วี-อี และเอชอีอาร์วี-เค ในเซลล์นิวโตรฟิลของผู้ป่วยเอสเอลอีและผู้มีสุขภาพดี
Authors: Paramate Promnarate
Advisor: Nattiya Hirankarn
Advisor's Email: Nattiya.H@chula.ac.th
Subjects: Systemic lupus erythematosus
Blood cells
DNA
เอสแอลอี
เม็ดเลือด
ดีเอ็นเอ
Issue Date: 2012
Publisher: Chulalongkorn University
Abstract: The exact etiology of Systemic Lupus Erythematosus (SLE) is still obscure. Various report believe that the epigenetic, it important role that may cause SLE. One of the major mechanisms of epigenetic be DNA methylation, it is possible an important cause of the disease. Several papers report that abnormalities of DNA methylation level in some important immune cells and SLE-relate genes of SLE patients. It was found that leukocytes, PBMC, T-cell and CD4+ T-cell DNA of SLE patients are DNA hypomethylation comparing to healthy donor. Not only are PBMC and lymphocyte is those involve with pathogenesis of SLE but have also been neutrophil. Several papers reported that abnormalities in cell-death processes of SLE neutrophils. DNA methylation that involved the addition of a methyl group to cytosine within CpG pairs. That does not only occur in genes but also occur on the IRSs in human genome. Previous studies report that methylation levels of IRSs in PBMC and Lymphocyte of SLE’s patients but limited in Neutrophils. In this study we evaluated methylation level and patterns of LINE-1, ALU, HERV-E and HERV-K in SLE’s patient compared to healthy controls and examined the association between methylation level and patterns according to age and some clinical data of SLE patients. We observed that some methylation level and pattern of LINE-1 was significant difference, precise methylation (mC), hypermethylated (mCmC) in neutrophils from SLE patients were significantly lower than healthy controls. (p-value<0.0001, p-value<0.0001 respectively) and found that hypomethylation (uCuC) and %mCuC pattern in neutrophils from SLE patients were significantly higher than healthy controls. (P-value=0.0028, p-value<0.0001 respectively). However, the methylation level and pattern of Alu, HERV-E and HERV-K in neutrophils from SLE patients include active and inactive group compared to healthy control were not significantly different. Moreover, we investigate the correlation between intragenic LINE-1 and differential expressions in SLE neutrophils expression array. We explored higher prevalence of up-regulated of genes containing LINE-1s (p-value= 7.74X10-3; OR = 1.28). Moreover, genes with antisense LINE-1s were higher prevalence of up-regulated genes containing LINE-1s (p-value= 6.22X10-3; OR = 1.38). We also provided an evidence to propose the dynamics of DNA methylation levels and pattern of LINE-1 in Neutrophils might affect to pathogenesis of the SLE. However, this study is the first evidence that could lead to new knowledge related to the etiology of SLE.
Other Abstract: สาเหตุที่แท้จริงของการเกิดโรคเอสเอลอียังคงคลุมเครือ จากรายงานหลายฉบับเชื่อว่าภาวะเหนือพันธุกรรม น่าจะมีบทบาทสำคัญที่อาจก่อให้เกิดโรคเอสเอลอี หนึ่งในกลไกสำคัญของภาวะเหนือพันธุกรรม คือ ดีเอ็นเอเมทิลเลชั่น ซึ่งมีความเป็นไปได้ว่าจะเป็นสาเหตุสำคัญของโรค โดยมีรายงานถึงความผิดปกติของระดับดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิด ลิวโคไซค์, พีบีเอ็มซี, ทีเซลล์และซีดีโฟทีเซลล์ในระบบภูมิคุ้มกันของผู้ป่วยเอสเอลอี ซึ่งพบว่ามีระดับดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นต่ำในผู้ป่วยเมื่อเปรียบเทียบกับผู้มีสุขภาพดี นอกจากนี้ยังพบว่าความสัมพันธ์ของการเกิดโรคเอสเอลอีนั้น ไม่ได้พบเฉพาะในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดลิวโคไซค์, พีบีเอ็มซี, ทีเซลล์และซีดีโฟทีเซลล์ เท่านั้นแต่ยังรวมถึงเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลด้วย เนื่องจากมีรายงานหลายฉบับรายงานถึงความผิดปกติของกระบวนการตายที่เกิดขึ้นในเซลล์นิวโตรฟิลของผู้ป่วยเอสเอลอีเมื่อเปรียบเทียบกับผู้มีสุขภาพดี กลไกการเกิดดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นเกี่ยวข้องกับการเติมหมู่เมทิลที่เบสไซโตซีนที่อยู่ติดกับเบสกวานีนนั้น ไม่ได้เกิดขึ้นเฉพาะในส่วนโปรโมเตอร์ของยีนเท่านั้นแต่ยังสามารถเกิดขึ้นในส่วนเบสซ้ำด้วย ซึ่งมีรายงานการศึกษาเกี่ยวกับระดับเมทิลเลชั่นของลำดับเบสซ้ำในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดโมโนนิวเคลียสและลิมโฟไซค์ แต่อย่างไรก็ตามยังไม่มีการศึกษาในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิล การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาระดับและรูปแบบของดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นในส่วนเบสซ้ำชนิดไลด์1, อลู, เอชอีอาร์วี-อี และเอชอีอาร์วี-เค ในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลของกลุ่มผู้ป่วยเอสเอลอีเปรียบเทียบกับกลุ่มผู้มีสุขภาพดีและศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างระดับและรูปแบบของดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นกับอายุและข้อมูลทางคลินิกของผู้ป่วย จากการทดลองพบความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติของระดับและรูปแบบ (mC) และ (mCmC) ของดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นในส่วนเบสซ้ำชนิด ไลด์1 ในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลของผู้ป่วยเอสเอลอีต่ำกว่าผู้มีสุขภาพดี (p-value<0.0001, p-value<0.0001 ตามลำดับ) และพบความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติของระดับและรูปแบบ ((uCuC)) และ (mCuC) ของดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นในส่วนเบสซ้ำชนิด ไลด์1 ในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลของผู้ป่วยเอสเอลอีสูงกว่าผู้มีสุขภาพดี (P-value=0.0028, p-value<0.0001 ตามลำดับ) แต่อย่างไรก็ตามไม่พบความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติระหว่างระดับและรูปแบบของดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นในส่วนเบสซ้ำชนิด อลู, เอชอีอาร์วี-อี และเอชอีอาร์วี-เค ยิ่งไปกว่านั้นเราได้ทำการค้นหาความสัมพันธ์ระหว่าง ไลด์1 ที่แทรกอยู่ในยีน กับข้อมูลการแสดงออกของยีนในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลเปรียบเทียบกับกลุ่มควบคุม พบว่ายีนที่มี ไลด์1 แทรกอยู่ ส่งเสริมให้มีการแสดงออกของยีนในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลเพิ่มสูงขึ้น (p-value= 7.74X10-3; OR = 1.28) นอกจากนี้เมื่อแยกวิเคราะห์ในแต่ละกลุ่มของไลด์1 พบว่ายีนที่มี ไลด์1 ชนิดแอนไทเซนแทรกอยู่ ส่งเสริมให้มีการแสดงออกของยีนในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลเพิ่มสูงขึ้นด้วย (p-value= 6.22X10-3; OR = 1.38) จากหลักฐานที่กล่าวมาแสดงให้เห็นว่าการเคลื่อนไหวของระดับและรูปแบบของดีเอ็นเอเมททิลเลชั่นในส่วนเบสซ่ำชนิด ไลน์-1 ในเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดนิวโตรฟิลของผู้ป่วยเอสเอลอีอาจส่งผลกระทบต่อการเกิดโรคเอสเอลอี แต่อย่างไรก็ตามการศึกษานี้เป็นหลักฐานแรกที่อาจนำไปสู่องค์ความรู้ใหม่ซึ่งเกี่ยวข้องกับสาเหตุของการเกิดโรคเอสเอลอี
Description: Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2012
Degree Name: Master of Science
Degree Level: Master's Degree
URI: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/52680
Appears in Collections:Med - Theses

Files in This Item:

File Description SizeFormat
paramate_pr.pdf2.76 MBAdobe PDFView/Open  (Chula only)
View Statistics

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.

 

Valid XHTML 1.0! DSpace Software Copyright © 2002-2010  Duraspace - Feedback