การหาลำดับเบสทั้งหมดของเชื้อไวรัส พี อาร์ อาร์ เอส สายพันธุ์ที่แยกได้ในประเทศไทย : รายงานวิจัย

อลงกร อมรศิลป์

Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/7839

Title:	การหาลำดับเบสทั้งหมดของเชื้อไวรัส พี อาร์ อาร์ เอส สายพันธุ์ที่แยกได้ในประเทศไทย : รายงานวิจัย
Other Titles:	The complete nucleotide sequence analysis of a Thai Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV) isolate
Authors:	อลงกร อมรศิลป์
Email:	Alongkorn.A@Chula.ac.th
Other author:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะสัตวแพทยศาสตร์
Subjects:	ไวรัส พี อาร์ อาร์ เอส -- ไทย
Issue Date:	2548
Publisher:	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
Abstract:	เชื้อไวรัสพี อาร์ อาร์ เอส เป็นเชื้อไวรัสที่เป็นสาเหตุของโรคพี อาร์ อาร์ เอส ในสุกร การวิจัยครั้งนี้เป็นการหาลำดับเบสทั้งหมดของเชื้อไวรัสพี อาร์ อาร์ เอส สายพันธุ์ที่แยกได้ในประเทศไทย คือ 01NP1 เชื้อไวรัส 01NP1 นี้มีขนาด 15412 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งประกอบด้วย 5’ UTR และ 3’ UTR (บริเวณที่ไม่มีการสร้างโปรตีน) และยีน (ORF) จำนวน 8 ยีน คือ ORF1a ORF1b และ ORF2-7 เพื่อที่จะเปรียบเทียบ ความแตกต่างของรหัสพันธุกรรมและความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม ของเชื้อไวรัส คณะผู้วิจัยได้เปรียบเทียบลำดับเบสทั้งหมดของเชื้อไวรัสสายพันธุ์ไทยกับเชื้อไวรัสสายพันธุ์จากอเมริกา (7 ตัวอย่าง) และ ยุโรป (1 ตัวอย่าง) ผลการวิจัยพบว่าเชื้อไวรัส 01NP1 มีลำดับเบสเหมือนกับเชื้อไวรัส MLV, VR2332, และ BJ-4 เท่ากับ 99.8%, 99.7% และ 99.7% ตามลำดับ ผลการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการพบว่า เชื้อ 01NP1 มีลักษณะทางพันธุกรรมใกล้เคียงกับเชื้อไวรัส BJ-4, MLV และ VR2332 โดยสรุปอาจกล่าวได้ว่าเชื้อไวรัสสายพันธุ์ไทย (1NP1) อาจมีต้นกำเนิดและมีวิวัฒนาการมาจากเชื้อไวรัสที่ใช้เป็นวัคซีน นอกจากนี้ยังผลการเปรียบเทียบลำดับเบสพบว่าบริเวณ 5’UTR และ 3’ UTR ของเชื้อไวรัส 01NP1 มีการเปลี่ยนแปลงของลำดับเบสไม่มาก โดยบริเวณที่พบว่ามีการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนมากที่สุด คือ ORF1a การวิจัยครั้งนี้เป็นรายงานแรกในประเทศไทยที่มีการรายงานลำดับเบสทั้งหมดของเชื้อไวรัสพี อาร์ อาร์ เอส สายพันธุ์ที่แยกได้ในประเทศไทย
Other Abstract:	Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is a causative agent of a disease in swine, Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS). In this study, the complete nucleotide sequences of a Thai PRRSV (01NP1) was determined. The PRRSV (01NP1) contains 15,412 nucleotides with 2 untranslated regions (5’UTR and 3’ UTR) and 8 open reading frames (ORFs) designated as ORF1a, ORF1b and ORF2-7 . In order to determine the genetic variation and genetic relatedness among PRRSV isolates, the complete nucleotide sequences of 01NP1 was compared with that of 7 US isolates and 1 EU isolate. Our results showed that the 01NP1 genome shares approximately 99.8% nucleotide identity with live vaccine strain (MLV) and 99.7% nucleotide identity with 2 other US isolates, VR2332 and BJ-4. Phylogenetic analysis also showed that the 01NP1 was closely related to BJ-4, MLV and VR2332. These finding suggested that Thai PRRSV (01NP1) may has originated and evolved from vaccine virus of its derivatives. The 5’ UTR and 3’ UTR and all 8 ORFs were very well conserved. However amino acid differences were mostly observed in ORF1a (nonstructural gene). This report is the first report of complete nucleotide sequences of PRRSV in Thailand.
URI:	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/7839
Type:	Technical Report
Appears in Collections:	Vet - Research Reports

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
alongkorn.pdf		1.48 MB	Adobe PDF	View/Open

Show full item record